PSPHybridDE：利用杂交差分演化算法优化蛋白质结构预测

简介：
PSPHybridDE是一种创新的计算方法，它结合了杂交差分演化算法，有效提升了蛋白质结构预测的准确性。通过优化搜索策略，该模型在处理复杂折叠模式时展现出卓越性能，为生物信息学研究提供了有力工具。 使用HybridDE预测蛋白质结构定义了一种差异进化与片段替换技术相结合的方法，用于蛋白质结构的预测。在这一过程中，Rosetta系统中的粗粒度原子模型被用来表示蛋白质。由于蛋白质能量分布图具有高维且多峰的特点，因此需要一种有效的搜索方法来以最低的能量获得天然状态下的结构。 然而，在使用Rosetta系统的能量模型时还面临一个问题：景观中最佳的能源区域不一定代表与自然构象最接近的状态。为了解决这个问题，一个策略是获取一系列多样化蛋白质构型集合，这些集合并对应于不同极小值点中的每一个。将拥挤位点的方法融入到混合进化算法当中有助于克服能量格局带来的误导性问题，并最终获得一组优化且多样化的蛋白质折叠。 此外，在安装该软件包时需要确保Python环境中包括以下依赖项：imageio版本2.9.0，matplotlib版本3.3.3，numpy版本1.19.4，pandas版本1.1.4以及seaborn版本0.11.0。同时还需要mpi4py的最新稳定版（即3.0.3）。