Matlab与CCS生成的代码-ManifoldEM_Matlab: 歧管EM算法的Matlab实现

简介：
ManifoldEM_Matlab项目提供了歧管EM（期望最大化）算法在MATLAB中的实现，并包含如何将其代码集成到CCS环境的相关说明。 ManifoldEM是一个独立的MATLAB程序，用于从单粒子低温电子显微镜数据提取连续构象变化。该工具由威斯康星大学密尔沃基分校（UWM）Ourmazd研究小组开发，并已在多项研究成果中介绍其基础方法。 如果您使用ManifoldEM，请引用以下论文： - Dashti, A. 等人，《核糖体的轨迹为布朗纳米机》，美国国家科学院院刊，111，17492-7（2014）。 - Dashti, A., Mashayekhi, G., Shekhar, M. 等人，《从单粒子快照中检索生物分子的功能途径》。NatCommun 11, 4734 (2020)。 ManifoldEM需要具有特定方向和散焦值的Cryo-EM快照（对准文件）。预处理数据并提取方向和其他相关参数可以使用任何适当的软件工具完成。在本存储库中，提供了一个MATLAB函数getStarFile.m用于从.star文件中提取信息，并将其转换为ManifoldEM所需的格式。 默认情况下，图像堆栈采用.mrcs 文件格式，但可根据需要调整以支持其他数据格式。