Patchseqtools提供转录组数据质量控制以及细胞类型分配功能。

简介：
Allen Institute Patch-seq 文档和工具 Patch-seq 是一种卓越的技术，能够对单个神经元进行多模态表征，涵盖电生理学、形态学和转录组学等多个维度。 在艾伦研究所，我们致力于对这项技术进行优化，以确保高效地收集高质量的数据。 本 GitHub 存储库中，您将能够查阅一份详细的手稿，该手稿描述了我们所进行的优化技术以及相关的实验数据。 此外，这里还提供了艾伦研究所的相关手稿、详细的实验协议以及用于访问艾伦研究所资源和软件的链接。 更进一步，这个仓库还包含一个 R 包，专门用于Patch-seq细胞的质量控制和细胞分型。 您可以在 protocol.io 平台上找到关于Patch-seq详细协议的缩减版本、高保真电生理学、形态学和转录组学细胞表征方法，以及使用多通道 Igor 电生理套件 (MIES) 的技术。 该项目还与艾伦研究所发表的关于鼠标视觉皮层和人类 L2/3 的 Patch-seq 论文相关联，并提供了艾伦研究所细胞类型网络产品 Morpho-Electric 数据库以及单细胞 RNA-se 的信息。