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使用Transformer-Unet进行腹部多器官13类别分割的实践教程【含代码、数据集和训练成果】

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简介:
本教程详细介绍如何利用Transformer-U-Net模型对腹部CT图像中的13种器官进行精准分割,包含详细代码、高质量数据集及训练结果展示。 腹部多脏器包含13个类别:0. 背景 1. 脾脏 2. 右肾 3. 左肾 4. 胆囊 5. 食道 6. 肝脏 7. 胃 8. 主动脉 9. 下腔静脉 10.门静脉和脾静脉 11.胰腺 12右肾上腺 13左肾上腺 训练参数使用优化器AdamW,学习率衰减策略采用余弦退火算法,损失函数为交叉熵。 train脚本会生成针对训练集、验证集的loss曲线、iou曲线、学习率变化情况以及数据可视化图像,并且在完成整个过程后输出最终和最佳权重文件。 evaluate 脚本用于评估模型性能,在测试集中计算出iou值、召回率(recall)、精确度(precision)及像素准确率等指标。训练集用于网络拟合,验证集则用来调整参数设置,而测试集的作用在于评价整个模型的效能。 predice脚本负责推理图像处理,并生成预测结果与原始图像叠加后的掩膜图。 代码中包含详细注释,方便用户自行下载查看;若需使用自己的数据进行训练,请参考README文件中的指示操作即可实现简单快捷地运行流程。在经过100个epoch的训练后,模型在测试集上的表现达到了像素准确率98.8%,平均iou为75.5%。

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  • 使Transformer-Unet13
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    本教程详细介绍如何利用Transformer-U-Net模型对腹部CT图像中的13种器官进行精准分割,包含详细代码、高质量数据集及训练结果展示。 腹部多脏器包含13个类别:0. 背景 1. 脾脏 2. 右肾 3. 左肾 4. 胆囊 5. 食道 6. 肝脏 7. 胃 8. 主动脉 9. 下腔静脉 10.门静脉和脾静脉 11.胰腺 12右肾上腺 13左肾上腺 训练参数使用优化器AdamW,学习率衰减策略采用余弦退火算法,损失函数为交叉熵。 train脚本会生成针对训练集、验证集的loss曲线、iou曲线、学习率变化情况以及数据可视化图像,并且在完成整个过程后输出最终和最佳权重文件。 evaluate 脚本用于评估模型性能,在测试集中计算出iou值、召回率(recall)、精确度(precision)及像素准确率等指标。训练集用于网络拟合,验证集则用来调整参数设置,而测试集的作用在于评价整个模型的效能。 predice脚本负责推理图像处理,并生成预测结果与原始图像叠加后的掩膜图。 代码中包含详细注释,方便用户自行下载查看;若需使用自己的数据进行训练,请参考README文件中的指示操作即可实现简单快捷地运行流程。在经过100个epoch的训练后,模型在测试集上的表现达到了像素准确率98.8%,平均iou为75.5%。
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    本项目结合了Swin-Transformer与U-Net架构,通过创新性的自适应多尺度训练策略,实现了对腹部五种关键器官的精准自动分割。 项目介绍:数据集大小为234MB。 本项目使用的是腹部多脏器5类别分割数据集。 网络在训练了300个epochs后,全局像素点的准确度达到0.989,miou值为0.814。如果进一步增加训练epoch数,性能预计会更优。 代码介绍: 【训练】train 脚本自动执行模型训练任务,并将数据随机缩放至设定尺寸的0.5到1.5倍之间以实现多尺度训练。在utils中的compute_gray函数中保存了mask灰度值于txt文本段落件,同时自动生成网络输出层所需的通道数。 【介绍】学习率采用cosine衰减策略,在run_results目录下可以查看训练集和测试集的损失及IOU曲线图,这些图像由matplotlib库生成。此外还保存有训练日志、最佳权重等信息,其中包含每个类别的IOU值、召回率、精确度以及全局像素点准确率。 【推理】将需要进行预测的图片放置于inference文件夹下,并运行predict脚本即可完成预测过程。 具体使用方法可参考README文档。此项目设计简单易用,适合初学者操作。
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    本研究结合Unet和SAM模型,创新性地引入了提示框Prompt机制,专门应用于腹部多器官的精确分割。通过详细的数据集处理、模型训练以及实验结果分析,展示了该方法在提高分割精度与效率方面的优越性能。文中还提供了实战代码供读者参考学习。 本项目使用PyTorch实现,结合SAM的提示框功能对腹部多脏器进行分割训练与测试。代码包含完整的训练脚本以及一个提供用户界面(UI)的单张图片推理部分,允许通过绘制边界框来完成UNet和SAM模型的联合分割操作。
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