MDTraj：一款开源工具，用于解析分子动力学轨迹-ITADN社区

优质

MDTraaj是一款强大的开源软件工具，专门设计用来高效解析和分析大规模的分子动力学模拟数据，助力科研人员深入探究生物大分子的动力学特性。 MDTraj：用于分子动力学轨迹分析的现代开放库仅使用几行Python代码即可读取、编写和分析MD轨迹。使用MDTraj，您可以： - 读取和写入各种各样的MD格式（如pdb, xtc, trr, dcd, binpos, netcdf, mdcrd, prmtop, gsd等）。 - 运行极快的RMSD计算（速度是原西奥博尔德QCP的4倍）。 - 使用大量的分析功能，例如键角二面体、氢键识别、二级结构分配以及NMR观测值。 - 利用轻量级API重点在于速度和矢量化操作。有关详细信息，请访问MDTraj网站。要参与其中，请查看相关文档或用户论坛。

MDAnalysis：用于解析分子动力学轨迹的Python库.zip

优质

简介：MDAnalysis是一款强大的Python库，专门用于分析和处理大规模的分子动力学模拟数据。它提供了丰富的工具来解析、操作及可视化复杂的生物分子系统轨迹文件，极大地促进了结构生物学的研究进展。 MDAnalysis 是一个用于分析分子动力学轨迹的 Python 库。它支持多种流行的模拟软件包，包括 DL_Poly、CHARMM、Amber（琥珀）、NAMD 和 LAMMPS。

化学轨迹分析器：一款开源软件包，用于处理和分析化学轨迹数据

优质

化学轨迹分析器是一款开源软件工具，专门设计用于高效处理与解析复杂的化学轨迹数据。这款软件能够帮助科研工作者深入研究分子动态行为及物质变化过程，促进化学、物理等相关领域的科学研究与发展。其模块化架构便于用户自定义功能以适应不同的实验需求，同时支持社区贡献新算法和改进措施，共同推动科学界的数据分析能力提升。 ChemTraYzer利用分子动力学模拟来创建React模型，并且它可以作为开放软件（MIT许可）使用。有关完整说明，请参阅相关文档。该工具的相关研究论文包括： 1. Döntgen M., Przybylski-Freund M.-D., Kröger L.C., Kopp W.A., Ismail A.E., Leonhard K.，“利用React分子动力学模拟自动发现反应路径、速率常数和过渡态”，《化学理论与计算》，2015年第11期，第2517-2524页。 2. Kröger L.C., Kopp W.A., Döntgen M., Leonhard K.，“评估React性分子动力学模拟中稀有事件的统计不确定性”，《化学理论与计算》，2017年第13期，第3955-3960页。 3. Döntgen M., Schmalz F., Kopp W.A., Kröger L.C., Leonhard K.，“通过混合React分子动力学和量子化学模拟”，相关论文未列出具体页面或卷数信息。

MD-Analysis-Tools: 使用VMD脚本分析分子动力学轨迹

优质

简介：MD-Analysis-Tools是一套利用VMD脚本开发的工具集，专门用于解析和分析复杂的分子动力学模拟数据，帮助科研人员深入理解生物大分子的行为。使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本描述：该脚本会在提供 .gro 和 .xtc.trr 文件的情况下运行分析。（它期望 GROMACS 输出，但可以轻松调整以适应其他类型的 MD 包输出）。大多数分析目录（例如 local-rmsd 目录）都有一个关联的 tcl 文件（如 local-rmsd.tcl），该文件实际上通过 vmd 传递。这会产生大量难以理解的输入数据。local-rmsd.py 脚本会处理这些输入，并以人类和“R”语言可读格式输出结果。可以使用每个目录中的 run-me.sh 脚本来对多个文件进行分析。某些分析目录还包含 .R 文件，用于绘图或进一步的数据分析。

非线性动力学.zip_动力学_庞加莱_轨迹_转子轨迹

优质

本资料深入探讨了非线性动力学领域中的核心理论与应用，特别聚焦于庞加莱映射及转子系统的复杂动态行为分析。针对转子系统非线性动力学图谱分析，可以绘制转子的轨迹图、相图、频谱图以及庞加莱图。

ContactCalculate.zip_rail contact_车辆动力学_轮轨力_轮轨接触_轨迹

优质

本资源包包含有关铁路车辆动力学、特别是轮轨接触力学的相关计算程序。内容涉及轮轨力分析及接触轨迹研究，适用于工程技术人员和研究人员使用。利用迹线法求解轮轨接触关系，并将其应用于计算轮轨力及车辆系统动力学分析。

子弹轨迹计算工具

优质

简介：这款子弹轨迹计算工具软件能够帮助射击爱好者和专业射手精确计算不同条件下的弹道曲线，提供风速、海拔高度等多因素影响分析，优化射击精度。我发现了一款名为“strelok”的手机软件，中文名叫做“弹道计算器”，可以在安卓系统的手机上安装使用。在此之前只有苹果手机上有类似功能的弹道软件应用。不过考虑到苹果设备高昂的价格——算了，不提这个了。我意外地在自己的安卓市场中找到了这样一款弹道计算工具，并迅速下载和安装它——哎呀！居然是英文版的！真是可惜啊。

CQT-FW: 一款用于多音高识别的音频分析工具（开源）

优质

CQT-FW是一款开源音频分析工具，专为多音高识别设计。采用连续小波变换技术，提供准确、高效的音乐与声乐分析功能。 CQT-FW（具有固定长度窗口的恒定Q变换）是一种用于音频信号分析中的多个音高识别的时频变换方法。类似于音乐中的常数Q变换(CQT)，它以指数方式提供频率解析，但在时间分辨率方面存在问题。在CQT-FW中，我们保留了与CQT相同的频率解析度，并且通过使用固定长度窗口来获得恒定的时间解析度。此外，在时间和频率解析上，这种变化不像传统的DFT那样依赖于彼此。除了上述变换外，还建议进行后处理以消除高次谐波并仅保留基频音调。虽然该方法在较高的频率范围内表现良好，但在较低的频率下仍然存在一些问题。

MATLAB开发——转子动力学分析

优质

本项目运用MATLAB进行转子动力学分析，通过建立数学模型模拟转子系统的振动特性，旨在优化机械设计并提高设备运行稳定性。在MATLAB开发中，涉及到转子动力学的转子工具箱模型旋转问题。该模型包括一个带有圆盘的弹性轴。

一款用于ROC曲线分析的小工具

优质

这是一款专为科研人员和数据分析师设计的实用小工具，能帮助用户快速准确地绘制并分析ROC曲线，优化二分类模型性能评估。 ROC曲线（Receiver Operating Characteristic Curve）是评估二分类模型性能的重要工具，在医学、信号处理及机器学习等领域得到广泛应用。本软件提供了一个简单易用的平台，帮助用户直观地理解和分析ROC曲线。 ROC曲线的核心概念包括真正例率(True Positive Rate, TPR)和假正例率(False Positive Rate, FPR)。TPR指的是所有实际为正类样本中被正确分类的比例；FPR则是指在所有实际为负类的样本中，被错误地归入正类比例。随着决策阈值的变化，这两个指标形成了ROC曲线。 1. ROC曲线绘制：软件能够帮助用户根据TPR作为纵坐标和FPR作为横坐标的规则来绘制ROC曲线。一条完美的ROC曲线位于左上角，表明模型的分类性能最佳；而越接近此位置，则表示模型辨别能力更强。 2. AUC计算：Area Under the Curve（AUC）是衡量模型整体性能的重要指标，即ROC曲线下面积大小。通常情况下，AUC值越大代表预测效果越好。软件可能具备自动计算AUC的功能，帮助用户快速评估模型表现。 3. 比较不同模型：通过在同一图表上展示多个ROC曲线的方式，可以直观对比各种模型之间的差异性。如果某条曲线始终位于其他所有曲线上方，则说明该模型性能更佳。 4. 阈值选择：软件可能提供选取最佳阈值的功能，在实际应用中根据不同需求调整假阳性率或假阴性率的程度来优化模型表现。 5. 可视化界面设计：优秀的ROC分析工具应具备清晰直观的用户界面，使非专业人员也能方便地进行操作。这包括易于理解的数据标签、可调节参数选项以及详细的统计信息展示等元素。 6. 数据导入与导出功能：为了便于数据处理和管理，软件可能支持多种格式（如CSV或Excel）的数据文件导入，并允许用户将分析结果以报告形式或者图像方式输出并保存下来。 7. 实时更新与优化：随着技术进步和发展需求变化，这款工具会定期进行版本升级和完善更多类型的模型评估功能。例如计算partial AUC等高级特性支持。总的来说，该ROC曲线分析软件是一个实用且高效的工具，能够简化对二分类模型性能的评价过程，并有助于科研人员和工程师快速理解并优化他们的模型。

是否确定退出登录?

MDTraj：一款开源工具，用于解析分子动力学轨迹

全部评论 (0)