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使用Python进行Autodock Vina多对多分子对接结果的筛选及热图绘制

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简介:
本研究利用Python编程语言自动化处理并分析Autodock Vina软件生成的大规模分子对接数据,通过开发算法筛选有效配体,并基于Matplotlib库创建热图展示关键信息。 请大家注意,在我的热图代码中使用的是txt文件倒数第10行的数据。如果你们的txt对接结果中有Writing output ... done.这句话,请用记事本打开py文件,将`for i in f.readlines()[-10]` 改为 `for i in f.readlines()[-9]`,这样才能确保最上面的对接结合能是正确的。 另外,我已经对数据进行了筛选,只保留了结合能小于-7.0的数据。如果不需要这个筛选条件,请去掉以下这行代码: ``` df = df.loc[df[affinity] < -7.0] ```

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  • 使PythonAutodock Vina
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    本研究利用Python编程语言自动化处理并分析Autodock Vina软件生成的大规模分子对接数据,通过开发算法筛选有效配体,并基于Matplotlib库创建热图展示关键信息。 请大家注意,在我的热图代码中使用的是txt文件倒数第10行的数据。如果你们的txt对接结果中有Writing output ... done.这句话,请用记事本打开py文件,将`for i in f.readlines()[-10]` 改为 `for i in f.readlines()[-9]`,这样才能确保最上面的对接结合能是正确的。 另外,我已经对数据进行了筛选,只保留了结合能小于-7.0的数据。如果不需要这个筛选条件,请去掉以下这行代码: ``` df = df.loc[df[affinity] < -7.0] ```
  • 批量 Autodock Vina
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    本项目介绍如何使用Autodock Vina软件进行大规模分子对接计算,旨在优化药物设计流程,提高虚拟筛选效率。 分子对接是生物计算领域中的一个重要技术,用于预测小分子(如药物候选物)如何与大分子(如蛋白质)结合,在药物设计和发现中至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件,能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象,并评估其结合亲和力。 在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina及相关工具包时,请确保系统是最新的,通过`sudo apt-get update`更新包列表。接着安装必要的依赖项,包括图形库、Python库等。下载并解压Autodock Vina及MGLTools(一套用于处理分子数据的辅助工具)。 创建一个目录存放这些软件,并按照以下步骤进行安装: 1. 安装Open Babel,这是一个多格式化学转换工具。 2. 解压并安装Autodock Vina二进制文件。 3. 使用`python install.py`脚本安装MGLTools。 4. 修改vina.sh脚本设置环境变量以包含Autodock Vina和MGLTools的路径。 5. 预处理受体和配体分子,使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本将其转化为Autodock Vina可读格式。 6. 使用配置文件conf.txt控制参数运行vina进行对接任务。 7. 输出结果通常为pdbqt格式,并可以进一步转换成其他格式如sdf以方便后续分析。 Slurm(Simple Linux Utility for Resource Management)是一种广泛使用的集群作业调度系统,特别适合高性能计算环境。安装和配置Slurm时,请先安装必要的库文件,包括munge服务进行安全身份验证。 启动munge服务并确保其正常运行后,再安装slurm-wlm、slurmd及slurmctld组件。 编写定义集群拓扑、资源分配策略等的`slurm.conf`文件,并根据实际硬件配置和需求调整。例如,指定节点名称、数量以及每个节点上的核心数、内存大小与网络设置。 完成这些步骤后启动Slurm服务: 1. 启动slurmctld(控制器)服务。 2. 启动slurmd(节点)服务。 至此,Autodock Vina和Slurm已安装并配置完毕,在Slurm调度系统上可以批量运行分子对接任务以有效利用集群计算资源,并提高研究效率。
  • AutoDock指南手册
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    《AutoDock分子对接指南手册》是一本详细指导用户如何使用AutoDock软件进行药物设计中关键步骤——分子对接操作的手册。它不仅涵盖了基础理论知识,还提供了丰富的实践案例和技巧分享,帮助研究人员高效掌握这一技术,加速新药研发进程。 这是一份非常不错的分子对接教程,内容形象易懂。
  • Autodock Vina软件
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    AutoDock VINA是一款用于分子对接的强大且灵活的开源软件工具,广泛应用于药物设计和蛋白质工程领域。 Autodock Vina软件非常好用,计算也很方便。
  • 使C# WPF
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    本项目利用C#与WPF技术框架,实现多样化图形绘制功能,涵盖基本几何形状、复杂曲线及动态图像处理等多种应用场景。 使用Visual Studio 2010自带的相关引用实现各种图形的绘制,包括柱状图、曲线图、饼图等。
  • 使WPF和DevExpress
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    本项目利用WPF框架及DevExpress控件库开发了一套功能强大的多图形绘制系统,支持多种复杂图形实时渲染与交互操作。 使用WPF结合DevExpress实现了柱状图和折线图的混合图形,并且每个图形对应不同的Y坐标轴。希望这能对大家有所帮助!
  • DockIt:利Vina系列引擎实现目标和配体高通量
    优质
    DockIt是一款基于Vina系列引擎开发的软件工具,专注于大规模药物筛选与设计。它支持同时进行多个靶点及配体的高效分子对接计算,显著加速了新药研发进程。 Dockit 使用AutoDock Vina系列引擎执行与多个目标和配体的高通量分子对接。 产品特点: - 同时与多个靶标和配体进行分子对接。 - 灵活的目标残留声明。 - 可使用其他类似Vina的引擎。 - 配备原始PDBQT准备方法,随MGLTools分发。 - 自动化的PDBQT文件准备流程。 - 选项支持配体能量最小化处理。 - 输出CSV文件汇总所有模式下的停靠结果,便于访问和分析数据。 - 支持Docker容器环境。可以在任何地方运行Dockit。 安装方法(Docker或Conda): 对于使用Docker的用户,请确保已经安装了Docker及docker-compose工具后进行以下操作: 1. 克隆Dockit仓库 2. 进入克隆后的目录 或者,如果您更喜欢使用conda环境来管理依赖项,则可以按照如下步骤操作: 1. 安装必要的软件包。 2. 克隆Dockit仓库并进入相应的文件夹。
  • AutoDock-Vina:AutoDock Vina工具
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    AutoDock-Vina是一款用于分子对接的强大开源软件,它能够预测小分子与生物大分子之间的相互作用方式和结合能力。 AutoDock Vina 是一个快速且广泛应用的开源对接引擎之一。它是一个集成式的计算对接程序,基于简单的评分功能以及高效的梯度优化构象搜索算法设计而成。该软件最初由分子图形实验室的博士 Oleg Trott 设计并实现,并现由斯克里普斯研究所 Forli 实验室维护和开发。 AutoDock Vina 具有以下特点: - 支持 AutoDock 4.2 和 Vina 的评分功能,可以同时对接多个配体; - 提供批处理模式以进行虚拟筛选; - 支持大环分子的对接操作; - 包含水合对接协议,可编写和加载外部 AutoDock 映射文件; - 具备 Python 3 绑定。 AutoDock Vina 根据 Apache 许可证版本 2.0 发行。有关文献资料、安装说明及教程,请参考官方文档或相关资源。
  • Python实例
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    本文章详细介绍了如何使用Python进行数据可视化,并通过具体代码示例展示了创建包含多个子图的图表的方法。适合初学者学习实践。 今天为大家分享一个关于使用Python绘制多个子图的实例。这个例子具有很好的参考价值,希望能对大家有所帮助。一起跟随这篇文章学习吧。
  • Python使socket全双工通信实现方法
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    本文介绍了在Python编程语言环境下,利用socket库实现复杂网络环境中多对多全双工通信的具体方法和技术细节。 在Python编程中,Socket是实现网络通信的基本工具。本段落将详细介绍如何使用Python的socket库来构建一个多对多全双工通信系统。全双工通信意味着数据可以在同一时间双向传输,即客户端和服务器之间可以同时发送和接收信息。下面我们将探讨实现这一功能的关键步骤和相关知识点。 我们要创建一个服务器端程序,它需要监听特定的端口以接收客户端的连接请求。在Python中,我们可以使用`socket`模块来创建一个socket对象,并调用`bind()`方法绑定到指定的IP(通常设置为``表示任意可用的本地地址)和端口。`listen()`方法设置服务器的连接队列长度,即最大可等待的客户端连接数。 ```python import socket HOST = # 使用空字符串代表所有可用接口 PORT = 12345 BACKLOG = 5 server = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_STREAM) server.setsockopt(socket.SOL_SOCKET, socket.SO_REUSEADDR, 1) server.bind((HOST, PORT)) server.listen(BACKLOG) ``` 为了支持多对多通信,服务器需要维护一个客户端列表,以便同时处理多个连接。在上面的示例代码中,`inputs`列表包含了服务器socket以及所有已连接的客户端socket。`select.select()`函数用于监听可读、可写和异常事件的socket,这样服务器可以并发处理多个客户端的请求。 ```python import select inputs = [server] print(Waiting for connections...) while True: readable, writeable, exception = select.select(inputs, [], []) for sock in readable: if sock == server: client, address = server.accept() # 处理新连接 else: # 处理已有连接的数据 ``` 全双工通信的关键在于有效地管理数据的发送和接收。在Python中,可以使用`cPickle`模块对Python对象进行序列化和反序列化,以便在网络中传输。序列化允许我们将Python对象转换为字节流,而反序列化则能将接收到的字节流恢复为原始对象。 ```python import cPickle def send(channel, *args): buffer = cPickle.dumps(args) value = htonl(len(buffer)) # 将长度转换为网络字节序 size = struct.pack(L, value) channel.send(size) channel.send(buffer) def receive(channel): size = struct.calcsize(L) size_data = channel.recv(size) try: size = ntohl(struct.unpack(L, size_data)[0]) except struct.error: return buf = while len(buf) < size: buf += channel.recv(size - len(buf)) return cPickle.loads(buf)[0] ``` 在上述示例中,`send()`函数先发送数据的长度(转换为网络字节序),然后发送实际的数据。`receive()`函数则先读取长度,根据长度接收数据并反序列化为Python对象。 此外,为了处理中断信号(如用户按下Ctrl+C),服务器可以使用`signal`模块来注册信号处理函数。在上述示例中,`signalhandler()`方法负责关闭所有客户端连接和服务器socket。 ```python import signal def signalhandler(signum, frame): print(Shutting down server...) for output in outputs: output.close() server.close() signal.signal(signal.SIGINT, signalhandler) ``` 客户端方面,它们也需要创建socket并与服务器建立连接。连接建立后,客户端可以使用`send()`和`receive()`方法进行全双工通信。客户端也需要处理中断信号,但通常只需要关闭自己的socket。 总结来说,Python的socket库提供了创建全双工多对多通信的基础。通过维护客户端列表、使用`select`实现并发处理以及序列化和反序列化数据,我们可以构建一个高效且灵活的通信系统。在实际应用中,可能还需要考虑错误处理、数据验证、加密安全以及其他网络编程相关的复杂性。