flair: RNA全长异构体分析

简介：
RNA全长异构体分析专注于研究和解析生物体内复杂的RNA分子变异形式，通过先进的测序技术和计算方法，揭示RNA在基因表达调控中的重要作用及其生物学功能。 FLAIR（RNA的全长替代异构体分析）用于校正、定义同工型并进行嘈杂读段的替代剪接分析。它主要用于纳米孔cDNA、天然RNA和PacBio测序读取数据中。目录示例文件提供了相关参考。 概述：FLAIR可以与短时读数的数据一起运行，以提高长时读数拼接点的准确性。通过使用多个对齐步骤和拼接位点过滤器，FLAIR能够增强根据嘈杂数据定义同工型的信心。该工具设计用于识别Tang等人在2018年论文中提到的纳米孔数据中的细微剪接变化。 建议首先将校正后的读取psl或bed文件合并在一起，在进行天赋崩溃之前完成异构化组装，然后才对所有样品进行处理。创建同工型参考之后，后续步骤会分别将每个样品的读数分配给组合组件的同工型，以便于下游分析。 此外，请注意可以使用kentUtils工具（如bedToPsl或pslToBed）来转换文件格式。