MD-Analysis-Tools: 使用VMD脚本分析分子动力学轨迹

简介：
简介：MD-Analysis-Tools是一套利用VMD脚本开发的工具集，专门用于解析和分析复杂的分子动力学模拟数据，帮助科研人员深入理解生物大分子的行为。 使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本 描述： 该脚本会在提供 .gro 和 .xtc.trr 文件的情况下运行分析。（它期望 GROMACS 输出，但可以轻松调整以适应其他类型的 MD 包输出）。 大多数分析目录（例如 local-rmsd 目录）都有一个关联的 tcl 文件（如 local-rmsd.tcl），该文件实际上通过 vmd 传递。这会产生大量难以理解的输入数据。local-rmsd.py 脚本会处理这些输入，并以人类和“R”语言可读格式输出结果。 可以使用每个目录中的 run-me.sh 脚本来对多个文件进行分析。某些分析目录还包含 .R 文件，用于绘图或进一步的数据分析。