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夏末项目2020,基于SEIR传染病模型的Matlab代码。

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简介:
该“seir”传染病模型项目于2020年启动。此存储库提供了一个简化的模拟程序,并包含一些探索性的代码,旨在补充关于狄拉克型流行病的理论研究成果(可在其他文献中查阅)。该项目主要由两个部分构成:首先,R代码用于生成具有不同参数和假设的流行病模型。所有这些R代码均基于iGraph和[2,3](两者均位于主文件夹中)的灵感,它们是用于图论分析的强大工具。其次,Matlab代码(位于/R0目录中)用于模拟示例1.4.5的内容,包含了功能以及一个示例文件,以便用户深入了解运行机制和技术细节。R代码仅依赖于两个非标准程序包:iGraph(仅在探索性代码的一小部分中使用,不包含任何功能),以及collection包(请参考相关文档)。该R版本为3.6.1,较早的版本也可能满足需求。Matlab则使用R2020a版本开发,并充分利用了SymbolicMathToolbox中的vpasolve函数进行求解。我们通过假设个体具有随机的传染性来对流行病行为进行建模,例如模拟俱乐部访问等流行病事件。具体而言,每个个体被归类为两种类型的传染性:要么所有传染性都集中在一个时间点上;要么受感染的个体在一段时间内持续保持感染状态,随后最终结束感染过程。

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  • SEIRMATLAB - Summer Project 2020 (Tiainen)
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    这段简介描述的是一个在2020年夏天完成的研究项目,该项目基于SEIR(易感-暴露-感染-恢复)模型开发了用于流行病学分析的MATLAB代码。此代码由研究者Tiainen编写,为理解传染病传播动力学提供了有价值的工具和见解。 SEIR传染病模型项目2020介绍 该存储库包含一个简单的模拟以及一些探索性代码,以配合有关狄拉克型流行病的理论结果(在其他地方)。两个主要部分是: 1. 用R编写的代码用于生成具有不同参数和假设的流行病。所有代码都是使用iGraph包编写,并受到文献[2,3]中的启发。 2. 在/R0目录中,有Matlab代码用于探索示例1.4.5。这些文件包括功能和一个示例文件供您进行技术细节及运行方面的研究。 R代码仅依赖于两个非标准程序包:iGraph(在某些探索性代码部分使用)以及“collection”(请参阅参考资料)。使用的R版本为3.6.1,但较早的版本可能也能满足需求。Matlab是用R2020a版本编写,并且利用了Symbolic Math Toolbox中的vpasolve函数。 对于SEIR模型,我们通过假设个体在随机时间点具有传染性来对流行病的行为(或类似俱乐部访问等事件)进行建模。也就是说,在任何给定的时间,指示符变量属于两种类型之一:表示未感染状态和已感染但尚未传播的状态。因此,受感染者在一段时间内保持感染状态,之后他们将不再具备传染能力并结束其感染期。
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