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DockIt:利用Vina系列引擎实现多目标和配体的高通量分子对接

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简介:
DockIt是一款基于Vina系列引擎开发的软件工具,专注于大规模药物筛选与设计。它支持同时进行多个靶点及配体的高效分子对接计算,显著加速了新药研发进程。 Dockit 使用AutoDock Vina系列引擎执行与多个目标和配体的高通量分子对接。 产品特点: - 同时与多个靶标和配体进行分子对接。 - 灵活的目标残留声明。 - 可使用其他类似Vina的引擎。 - 配备原始PDBQT准备方法,随MGLTools分发。 - 自动化的PDBQT文件准备流程。 - 选项支持配体能量最小化处理。 - 输出CSV文件汇总所有模式下的停靠结果,便于访问和分析数据。 - 支持Docker容器环境。可以在任何地方运行Dockit。 安装方法(Docker或Conda): 对于使用Docker的用户,请确保已经安装了Docker及docker-compose工具后进行以下操作: 1. 克隆Dockit仓库 2. 进入克隆后的目录 或者,如果您更喜欢使用conda环境来管理依赖项,则可以按照如下步骤操作: 1. 安装必要的软件包。 2. 克隆Dockit仓库并进入相应的文件夹。

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客服
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  • DockItVina
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    DockIt是一款基于Vina系列引擎开发的软件工具,专注于大规模药物筛选与设计。它支持同时进行多个靶点及配体的高效分子对接计算,显著加速了新药研发进程。 Dockit 使用AutoDock Vina系列引擎执行与多个目标和配体的高通量分子对接。 产品特点: - 同时与多个靶标和配体进行分子对接。 - 灵活的目标残留声明。 - 可使用其他类似Vina的引擎。 - 配备原始PDBQT准备方法,随MGLTools分发。 - 自动化的PDBQT文件准备流程。 - 选项支持配体能量最小化处理。 - 输出CSV文件汇总所有模式下的停靠结果,便于访问和分析数据。 - 支持Docker容器环境。可以在任何地方运行Dockit。 安装方法(Docker或Conda): 对于使用Docker的用户,请确保已经安装了Docker及docker-compose工具后进行以下操作: 1. 克隆Dockit仓库 2. 进入克隆后的目录 或者,如果您更喜欢使用conda环境来管理依赖项,则可以按照如下步骤操作: 1. 安装必要的软件包。 2. 克隆Dockit仓库并进入相应的文件夹。
  • 进行 Autodock Vina
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    本项目介绍如何使用Autodock Vina软件进行大规模分子对接计算,旨在优化药物设计流程,提高虚拟筛选效率。 分子对接是生物计算领域中的一个重要技术,用于预测小分子(如药物候选物)如何与大分子(如蛋白质)结合,在药物设计和发现中至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件,能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象,并评估其结合亲和力。 在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina及相关工具包时,请确保系统是最新的,通过`sudo apt-get update`更新包列表。接着安装必要的依赖项,包括图形库、Python库等。下载并解压Autodock Vina及MGLTools(一套用于处理分子数据的辅助工具)。 创建一个目录存放这些软件,并按照以下步骤进行安装: 1. 安装Open Babel,这是一个多格式化学转换工具。 2. 解压并安装Autodock Vina二进制文件。 3. 使用`python install.py`脚本安装MGLTools。 4. 修改vina.sh脚本设置环境变量以包含Autodock Vina和MGLTools的路径。 5. 预处理受体和配体分子,使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本将其转化为Autodock Vina可读格式。 6. 使用配置文件conf.txt控制参数运行vina进行对接任务。 7. 输出结果通常为pdbqt格式,并可以进一步转换成其他格式如sdf以方便后续分析。 Slurm(Simple Linux Utility for Resource Management)是一种广泛使用的集群作业调度系统,特别适合高性能计算环境。安装和配置Slurm时,请先安装必要的库文件,包括munge服务进行安全身份验证。 启动munge服务并确保其正常运行后,再安装slurm-wlm、slurmd及slurmctld组件。 编写定义集群拓扑、资源分配策略等的`slurm.conf`文件,并根据实际硬件配置和需求调整。例如,指定节点名称、数量以及每个节点上的核心数、内存大小与网络设置。 完成这些步骤后启动Slurm服务: 1. 启动slurmctld(控制器)服务。 2. 启动slurmd(节点)服务。 至此,Autodock Vina和Slurm已安装并配置完毕,在Slurm调度系统上可以批量运行分子对接任务以有效利用集群计算资源,并提高研究效率。
  • SPI7FPGA置》
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    本文介绍了如何运用SPI接口技术,在7系列FPGA中实施多重引导配置方案,旨在为复杂系统设计提供灵活、高效的配置方法。 《MultiBoot with 7 Series FPGAs and SPI》是一本指导手册,详细介绍了如何使用SPI Flash配置7系列FPGA的步骤和技术细节,对希望学习SPI的人具有很高的参考价值。
  • 使Python进行Autodock Vina结果筛选及热图绘制
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    本研究利用Python编程语言自动化处理并分析Autodock Vina软件生成的大规模分子对接数据,通过开发算法筛选有效配体,并基于Matplotlib库创建热图展示关键信息。 请大家注意,在我的热图代码中使用的是txt文件倒数第10行的数据。如果你们的txt对接结果中有Writing output ... done.这句话,请用记事本打开py文件,将`for i in f.readlines()[-10]` 改为 `for i in f.readlines()[-9]`,这样才能确保最上面的对接结合能是正确的。 另外,我已经对数据进行了筛选,只保留了结合能小于-7.0的数据。如果不需要这个筛选条件,请去掉以下这行代码: ``` df = df.loc[df[affinity] < -7.0] ```
  • 搜索
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    本课程旨在教授如何有效使用搜索引擎进行信息检索与管理,涵盖高级搜索技巧、关键词优化及数据挖掘策略等内容。 当我们遇到问题时通常会第一时间上网搜索答案,但有时却发现找不到自己需要的信息。在众多搜索引擎中,百度是我们常用的工具之一,但它往往将访问量最多的文章放在最前面展示。然而这些文章常常是过时的,并不能解决当前的问题。 最近我发现了一个提高搜索效率的方法:使用百度高级搜索功能。通过这一设置可以限定搜索结果的时间范围,从而找到更新、更相关的信息。在进行关键词查询后,在“搜索工具”中选择时间限制为一年内发布的文章会更加可靠和实用。如果不使用高级搜索的话,搜到的文章可能就比较老旧了。 此外还有一些技巧可以帮助提高搜索引擎的效率:比如利用一些特定符号来优化搜索结果等方法也可以尝试学习应用。
  • threeJS 3D星空粒动态效果
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    本项目采用Three.js库构建了一个引人入胜的三维星空环境,其中包含动态变化的粒子系统,模拟了真实的星辰闪烁和移动效果。 Three.js 是一个用 JavaScript 编写的 WebGL 第三方库,提供了丰富的 3D 显示功能。它是一个运行在浏览器中的 3D 引擎,可以用来创建各种三维场景,包括摄影机、光影、材质等各种对象。 首先,在 HTML 文件中引入 Three.js 库: ```html Three.js 实现 3D 空间粒子效果