SortMeRNA：新一代序列筛选与比对软件

简介：
SortMeRNA是一款高效的新一代测序数据处理工具，专门用于rRNA去除、多样本rRNA定量及序列映射，助力深入解析微生物群落结构。 SortMeRNA 是一个用于过滤、定位和聚类的本地序列比对工具。 其核心算法基于近似种子技术，能够对高通量测序（NGS）读数进行敏感分析。SortMeRNA 的主要应用是从转录组数据中去除rRNA。该软件接受读取文件（支持fasta, fastq, fasta.gz, fastq.gz格式）和一个或多个rRNA数据库文件作为输入，输出两个文件：对齐的读取和未通过过滤的读取。此外，SortMeRNA 还能提供聚类结果及分类分配信息。它适用于处理Illumina、Ion Torrent 和PacBio 数据，并可生成SAM格式以及类似BLAST的比对结果。