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从MIMIC在线数据库(PhysioBank ATM)获取PPG和ABP信号的爬虫代码

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简介:
这段Python爬虫代码用于自动从MIMIC在线数据库(PhysioBank ATM)下载心电容血压(PPG)和动脉血压(ABP)信号数据,方便研究人员进行健康数据分析。 本代码仅供学习使用!科研中需要获取MIMIC数据库的PPG、ABP数据,在PhysioBank ATM的在线网站中只能一条一条下载,非常耗费时间。此代码可实现自动化批量下载,输入所需下载的文件夹数量即可完成任务。在下载过程中可能会因为访问频率过高而中断,为此本代码提供了日志功能以记录已完成下载的文件夹位置,并支持“断点续传”功能,在程序重新启动时可以继续之前的进度。

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客服
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  • MIMIC线PhysioBank ATMPPGABP
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    这段Python爬虫代码用于自动从MIMIC在线数据库(PhysioBank ATM)下载心电容血压(PPG)和动脉血压(ABP)信号数据,方便研究人员进行健康数据分析。 本代码仅供学习使用!科研中需要获取MIMIC数据库的PPG、ABP数据,在PhysioBank ATM的在线网站中只能一条一条下载,非常耗费时间。此代码可实现自动化批量下载,输入所需下载的文件夹数量即可完成任务。在下载过程中可能会因为访问频率过高而中断,为此本代码提供了日志功能以记录已完成下载的文件夹位置,并支持“断点续传”功能,在程序重新启动时可以继续之前的进度。
  • NS_Repo1: PPG心率与呼吸率
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    NS_Repo1项目提供了一套用于分析PPG(光电容积脉搏波)信号以提取心率和呼吸率的代码库,适用于研究及开发人员。 NS_Repo1 中的 Gittrial1.py 文件用于从 PPG 信号中提取心率和呼吸率,这是为了理解 Git 存储库的工作方式而创建的一个试验性文件。 在 New1.py 文件中,我首先进行了数据可视化。分别抽取了两列数据进行绘制,并对原始数据进行了初步周期图分析以寻找可能的信息价值。 对于心率的提取部分,在意识到需要过滤数据之后,尝试启动了一个带通滤波器来筛选出潜在的心率频率范围内的信号。选择的截止频率为:低截止频率 2 Hz 和高截止频率 8 Hz(考虑到所需的心率频谱在60-200Hz范围内)。将该滤波器应用于 PPG 数据,并绘制了原始和过滤后的数据图。 接着,我分析了滤波后信号的周期图以确定最大功率谱密度 (PSD) 对应的频率。计算并展示了与最大 PSD 相对应的频率值。最后,基于所得到的具体频率值进行了心率计算并显示结果。
  • Python入门:MySQL
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    本教程旨在为初学者介绍如何使用Python编写简单的网页爬虫,并将抓取到的信息存储进MySQL数据库中,同时也涵盖了从该数据库读取和处理信息的基础方法。 在Python爬虫开发过程中,将收集的数据存储到数据库是一种常见的做法,尤其是在数据量较大或需要进行深入分析的情况下更为重要。本段落旨在介绍如何使用Python3编写代码来抓取信息,并将其保存至MySQL数据库中。 选择MySQL作为我们的数据库系统是因为它是一款广泛使用的开源关系型数据库管理系统,具有良好的稳定性和性能表现。为了在Python程序与MySQL之间建立连接和执行操作,我们将采用`pymysql`这个第三方库来进行处理。 1. **安装pymysql** 首先,请确保已通过pip命令安装了`pymysql`库: ``` pip install pymysql ``` 2. **配置数据库连接信息** 使用`pymysql.connect()`函数建立与MySQL服务器的链接,需要提供以下参数设置: - `host`: 数据库所在主机地址,默认为本地127.0.0.1。 - `port`: 端口号,默认值是3306。 - `user`: 登录数据库所需的用户名。 - `password`: 用户密码(请注意安全)。 - `db`: 指定要连接的具体数据库名称。 - `charset`: 字符集编码,通常设置为utf8。 例如: ```python db_config = { host: 127.0.0.1, port: 3306, user: root, password: , db: pytest, charset:utf8 } ``` 注意,这里以空字符串来表示密码字段,在实际应用中请替换为真实的数据库登录凭证。 3. **创建并建立连接** 接下来,我们使用上述配置信息来初始化pymysql库的连接: ```python import pymysql conn = pymysql.connect(**db_config) cursor = conn.cursor() ``` 4. **执行数据插入操作** 假设我们要抓取简书网站上的文章标题和链接,并将这些内容存储在一个新的数据库表中。首先,我们需要创建相应的表格结构定义语句(DDL): ```python create_table_sql = CREATE TABLE IF NOT EXISTS jianshu_articles ( id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, title VARCHAR(255), url VARCHAR(255) ); cursor.execute(create_table_sql) conn.commit() ``` 然后,每当从爬虫获取到新的文章信息时,就可以调用以下函数将其插入数据库: ```python def insert_data(title, url): sql = INSERT INTO jianshu_articles (title, url) VALUES (%s,%s) data = (title,url) cursor.execute(sql,data) conn.commit() # 假设已从爬虫代码中获取到变量article_title和article_url insert_data(article_title, article_url) ``` 5. **关闭数据库连接** 完成所有必要的操作后,记得调用`cursor.close()`来释放游标资源,并通过`conn.close()`断开与MySQL服务器的链接: ```python cursor.close() conn.close() ``` 6. **实现完整的爬虫逻辑** 在实际应用中,还需结合如requests和BeautifulSoup等库发起HTTP请求并解析网页内容。例如,你可以使用`requests.get(url)`来获取页面源代码,并利用`BeautifulSoup()`进行HTML文档的结构化处理与数据提取工作。 7. **异常处理及事务管理** 为了确保程序健壮性和防止因意外情况导致的数据不一致问题,在开发时应当添加适当的错误捕获机制。此外,考虑到可能存在的批量操作场景,建议采用数据库事务来保障整体性(ACID特性)。 通过以上步骤和指导原则,你可以利用Python爬虫技术轻松地将抓取到的信息存储进MySQL数据库中,并为后续的数据分析或应用开发打下坚实的基础。
  • Python:简单网页
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    本教程介绍如何使用Python编写简单的网络爬虫程序来抓取网站信息及数据,适合初学者入门学习。 学习并练习使用简单的爬虫技术来抓取淘宝网上的商品信息是一个很好的实践方式。例如,在搜索“耳机”这一关键词后,我们可以在URL中看到:https://s.taobao.com/search?q=%E8%80%B3%E6%9C%BA&imgfile=&commend=all&ssid=s5-e&search_type=item&sourceId=tb.index&spm=a21bo.2017.201856-taobao-item.1&ie=utf8&initiative_id=tbindexz_20170306。其中,斜体加粗的部分是搜索的商品名称。“耳机”对应的URL编码为“%E8%80%B3%E6%9C%BA”。观察到第二页的URL以‘&s=44’结尾,第三页则是‘&s=88’……以此类推。每一页展示的产品数量固定为44个。 爬虫是一种用于从互联网抓取数据的技术手段。简而言之,就是通过编写程序自动访问网站并获取所需信息的过程。在操作过程中,我们需要向爬虫提供一个网址(通常称为URL),然后由它发送HTTP请求给目标网页的服务器;随后,服务器返回相关数据给客户端即我们的爬虫。 根据以上原理和方法可以实现对淘宝网商品搜索结果页的数据抓取,并将获取到的信息保存至指定目录下的txt文件中。
  • Python招聘.zip
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    本资源提供使用Python编写爬虫程序来抓取招聘信息的方法和完整代码,帮助用户自动化收集各大平台上的职位信息。 该资源利用Python的爬虫技术自动爬取并批量下载与Python相关的招聘数据,并附有完整的爬虫代码及转换成exe应用程序的内容。
  • Python用于Boss直聘
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    本项目利用Python编写爬虫程序,旨在从Boss直聘网站高效采集招聘信息,为求职者和人力资源部门提供便利的数据支持。 使用Python编写网络爬虫来抓取Boss直聘网上的招聘信息。用户可以输入城市和职位名称进行搜索,默认学历要求为本科,但也可以根据需要调整学历条件。
  • 58同城招聘.pdf
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    本PDF文档详细介绍了一个用于从58同城网站抓取招聘信息的爬虫开发项目,包括技术实现、数据处理及应用分析。 在58同城网站上有很多招聘信息。进入软件工程师栏目后,可以使用Selenium编写程序来爬取该栏目的所有招聘信息。
  • Java网页
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    本项目旨在利用Java编程语言开发网络爬虫程序,自动化抓取互联网上的网页数据,为数据分析、信息提取提供便捷高效的解决方案。 此工具可用于网页数据的爬取,代码中包含一个示例供参考使用。
  • Python网络景点
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    本项目利用Python编写网络爬虫程序,自动从各大旅游网站收集热门景点的相关信息,如名称、地址、门票价格及开放时间等,并进行数据整理和存储。 以下是需要描述的内容:本段介绍了一个Python网络爬虫的源码示例,该代码用于从去哪儿网抓取景点的相关信息。获取的信息包括景点名称、类别、级别、地理位置(经度和纬度)、开放时间、简介、评论数量、游客评分、热度以及关键词等,并且还包括了图片路径。整个程序中包含详细的注释以方便理解和使用。
  • Python实例2:前程无忧网站
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    本实例教程讲解如何使用Python编写爬虫程序,从“前程无忧”招聘网站上抓取职位信息数据。适合初学者学习网络爬虫技术的实际应用。 Python爬虫案例2:从前程无忧网站爬取数据。资源包括爬虫程序、解析代码以及存储在Excel文件中的获取到的数据。