PIDiff 的完整文档+可运行项目代码

简介：
PIDiff是一种基于特定识别能力、运用物理扩散机制进行分子生成，其空间结构特征是$3\text{D}$。该模型基于蛋白质与配体相互作用的基本物理化学规律构建，其核心机制是$3\text{D}$空间结构优化。通过该模型生成的分子具有最低的自由能。PIDiff源自于延世大学计算机科学系Sanghyun Park教授作为通讯作者的论文。该研究介绍了一种称为PIDiff的新方法，用于生成蛋白质空位区特异的三维分子模型。本文档完整地提供了PIDiff项目的全生命周期评估流程及相关成果。具体包括：经过训练获得的稳定模型，优化后的新版本代码（程序运行时可能出现的问题及其定位与解决方案），缺少的模块组件以及相关的测试样例等。修正后的项目代码基于特定的蛋白口袋体系，由 PIDiff 模型生成相应的分子结构，并通过分析计算 vina_score、vina_docking_score、qvina_score、QED 和 SA 等评估指标。 经过修改的代码可以基于自定义数据集进行微调训练。其中还包括了个人分析标注的信息。