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关于“利用监督式深度学习技术实现OCT图像中的自动脉络膜分割”的论文代码:oct-choroid-seg

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简介:
本项目为oct-choroid-seg,采用监督式深度学习方法,旨在自动化处理光学相干断层扫描(OCT)图像中脉络膜的精确分割问题。该项目提供了一套完整的解决方案和源代码,致力于推动眼科医学影像分析技术的发展与应用。 在使用监督式深度学习方法对OCT图像中的脉络膜进行自动分割的研究论文“八脉络膜段”中,所使用的代码依赖于Python 3.6.4、Keras 2.2.4、TensorFlow GPU 1.8.0、h5py和Matplotlib等库。训练模型基于补丁数据集,并需要修改两个关键函数:`load_training_data` 和 `train_script_patchbased_general.py` 中的 `load_validation_data`,以加载特定的训练和验证数据(具体参考代码中的注释)。 在开始训练前,请选择以下其中一个选项作为第一个参数传递给模型: - model_cifar (使用Cifar CNN) - model_complex (复杂的CNN结构) - model_rnn (RNN) 默认情况下,采用的是 RNN 模型。此外,还可以根据需要调整补丁大小(PATCH_SIZE)和数据集名称(DATASET_NAME)。执行训练脚本 train_script_patchbased_g 时,请按照上述说明进行配置。 请注意,在实际操作中需确保所有相关库已正确安装并满足版本要求以顺利运行代码。

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客服
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  • OCToct-choroid-seg
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    本项目为oct-choroid-seg,采用监督式深度学习方法,旨在自动化处理光学相干断层扫描(OCT)图像中脉络膜的精确分割问题。该项目提供了一套完整的解决方案和源代码,致力于推动眼科医学影像分析技术的发展与应用。 在使用监督式深度学习方法对OCT图像中的脉络膜进行自动分割的研究论文“八脉络膜段”中,所使用的代码依赖于Python 3.6.4、Keras 2.2.4、TensorFlow GPU 1.8.0、h5py和Matplotlib等库。训练模型基于补丁数据集,并需要修改两个关键函数:`load_training_data` 和 `train_script_patchbased_general.py` 中的 `load_validation_data`,以加载特定的训练和验证数据(具体参考代码中的注释)。 在开始训练前,请选择以下其中一个选项作为第一个参数传递给模型: - model_cifar (使用Cifar CNN) - model_complex (复杂的CNN结构) - model_rnn (RNN) 默认情况下,采用的是 RNN 模型。此外,还可以根据需要调整补丁大小(PATCH_SIZE)和数据集名称(DATASET_NAME)。执行训练脚本 train_script_patchbased_g 时,请按照上述说明进行配置。 请注意,在实际操作中需确保所有相关库已正确安装并满足版本要求以顺利运行代码。
  • MATLAB视网及相-OCT-seg-papers:OCT研究献汇总
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    本项目汇集了多种基于MATLAB的视网膜图像(OCT)自动分割算法及其相关学术论文,旨在为研究人员提供一个全面的研究资源库。 在MATLAB环境下实现了一种图像分割代码OCT-seg。该代码与论文《2018年OCT血管造影中视网膜疾病相关的分割错误和运动伪影的发生率》及《2013年视网膜光学相干断层扫描(OCT)分割算法综述》相关联,同时结合了深度学习技术的应用。其中,《ReLayNet:使用全卷积网络的黄斑光学相干断层扫描的视网膜层和流体分割》于2017年发表,并提供了一种基于深度学习自动分割非渗出性AMD患者OCT图像中九个视网膜层次边界的代码。此外,Google DeepMind在2019年的研究《临床应用:用于视网膜疾病的诊断和转诊的深度学习》展示了全卷积边界回归预处理技术的应用,并提供了使用二维Unet及列方式softmax实现的方法。 同年,另一项由DeepMind发布的研究成果表明了湿性年龄相关性黄斑变性的转化预测可通过深度学习来完成。此外,《2014年利用全局形状正则化在3-DOCT图像中进行概率视网膜内层分割》的论文提供了一个代码示例(包括二维和三维实现),使用GR方法处理数据集中的问题。 最后,一篇于2018年发布的文章《基于条件随机场的视网膜光学相干断层扫描图像监督联合多层分割框架》,展示了如何利用CRF技术进行OCT图像分析。该研究提供了一个MATLAB代码示例,用于从单个OCTb扫描中提取和分析视网膜层次结构信息。 以上所有论文、代码及数据集的列表均与视网膜光学相干断层扫描(OCT)分割相关,并展示了近年来在这一领域的技术进步和发展。
  • MATLAB直方裁剪-OCT-tools:及视网OCT B扫描
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    这段代码是为使用MATLAB进行光学相干断层扫描(OCT)B扫描图像中脉络膜和视网膜层的精确分割而设计,提供详细的分层分析。 MATLAB裁剪直方图代码用于OCT工具,旨在从单个OCT B扫描图像中分割并分析视网膜层,重点在于计算脉络膜厚度。此代码由华盛顿大学的Sara Patterson开发。 使用方法如下:当所有图像都放在一个以数字命名的文件夹内时(例如1.png、2.png等),该代码运行效果最佳。经过处理和分析后的数据将以im1_、im2_等前缀保存。 若要比较同一只眼睛中的不同图像,首先需要将它们对齐。这可以通过alignImages.m函数实现,此函数会计算两个图像之间旋转所需的参数,并将其存储下来。完成分割后可以进一步确定沿X轴的平移量。 裁剪步骤:在OCT类中使用octImage属性返回经由特定角度旋转后的图像版本之后进行裁剪操作最为理想,在执行旋转处理后再裁减能取得更好的效果。MATLAB内置函数imcrop在此过程中非常有用。 用户可以在命令行输入ChoroidApp并选择所需分析的图像,或者直接将文件路径或OCT类作为第一个参数传递给该程序。 此外,代码还支持手动添加用于标记脉络膜-巩膜边界的控制点,并提供了一维直方图和峰谷检测功能以帮助更准确地定位这些边界。
  • MATLAB心线拟合 - AM-SAMIRIX:一款视网OCT开源工具
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    AM-SAMIRIX是一款专为半自动视网膜OCT图像分割设计的开源工具,它采用了先进的MATLAB中心线拟合算法,旨在提高医学影像分析的精确度和效率。 SAMIRIX是一款定制开发的视网膜内分割工具管线,它模块化地包括用于OCT数据导入的过滤器、第三方分割算法、用户界面以控制和校正分割结果以及处理多个OCT图像的批处理操作。当前版本与名为OCTLayerSegmentation的软件一同工作,并作为AURA工具包的一部分发布(不包含OCTLayerSegmentation源代码)。半自动OCT图像分割管线Motamedi等人在论文《规范数据和视网膜内层厚度的最小可检测变化》中介绍并详细描述了该软件。SAMIRIX更新版本有三个主要改动:现在可以从Zeiss Cirrus (.img文件) 和 Topcon (.fda 文件) OCT设备分割黄斑OCT体积,这些设备生成的分段卷以.bin文件格式存储,并且可以由SAMIRIX读取和编辑;新增了一种厚度输出模式——1至5毫米甜甜圈。在此模式下,中央凹为中心、内径为1mm外径为5mm的瓣环内的视网膜内部层厚度会被测量并报告。
  • 视网方法
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    本研究提出了一种基于深度学习技术的创新视网膜图像自动分割方法,旨在提升眼底疾病早期诊断与分析的准确性。 使用FCN、Unet、Unet++、Segnet、R2Unet、DenseNet、DenseUnet、Cenet、ChannelNet以及AttentionUnet等网络模型对视网膜血管进行分割。
  • 全场OCT研究
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    本文全面探讨了光学相干断层扫描(OCT)技术在医学领域的最新研究成果和应用进展,深入分析其在眼科及其他医疗诊断中的重要作用。 本段落探讨了全场光学相干层析成像(FF OCT)的信号分析及其试验研究。文章首先概述了FF OCT的基本工作原理,并深入讨论其信号生成、采集、处理及显示的过程。此外,作者还设计并实现了用于提高系统精度和稳定性的照明系统以及样品臂微位移平台,并优化了分光系统的结构。 论文的主要贡献包括: 1. 深入分析与探讨FF OCT的信号特征及其各阶段的技术细节; 2. 开发创新性硬件装置以增强实验设备的功能,如改进照明方案及建立精密移动机制等; 3. 通过搭建并完善测试系统获取验证性的干涉图样,证明了该技术的有效性和可靠性; 4. 分析影响FF OCT性能的关键因素,并提出相应的解决方案。 FF OCT作为一种基于光纤的成像方法,在生物医学、材料科学等多个领域展现出巨大的应用潜力。论文结论指出:随着进一步研究与开发工作的推进,FF OCT有望在未来的科学研究和技术革新中占据重要地位。 主要知识点涵盖: 1. FF OCT技术概述; 2. 信号生成至显示全流程解析; 3. 光学照明装置及样品臂微位移平台的构造细节和功能说明; 4. 实验系统搭建与优化过程及其成果展示; 5. 技术的应用前景分析。
  • MATLAB残差绘制 - OCT类:OCT-classification项目
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    本段代码属于OCT-classification项目,用于在MATLAB环境中绘制残差图,辅助评估模型预测效果和诊断异常值。 画残差图的MATLAB代码使用的是OCT-classification运行环境,在MATLAB R2017a版本上进行开发,并且兼容Python 3.7与Pytorch 1.1.0。项目中的主要文件包括: - BM3DBM3D.m:这是用于在MATLAB中实现BM3D去噪的代码。 - BM3D_progress.m:该脚本负责加载数据集,选择需要处理图片的具体路径和数量。 此外,在Python部分包含以下程序: - ImageProcessImagePreprocess.py: 一个图像预处理工具; - BM3D.py:实现了与MATLAB版本对应的BM3D去噪算法。 - Binaryzation.py:用于进行图像填充及阈值过滤操作的模块; - MedianFilter.py:执行中值滤波并保留最大连通域的功能程序; - MorphologicalOpening.py: 负责形态学开运算处理; - MorphologicalClosing.py: 专门负责形态学闭运算任务。 - Fitting.py:进行线性拟合和二阶多项式拟合的工具模块; - Normalization.py:执行归一化及图像裁剪操作的功能程序; - FeatureExtractionSIFT.py:使用SIFT特征提取与K-Means聚类,训练支持向量机(SVM)以及随机森林模型来完成分类任务。 - Predict.py: 利用之前训练好的支持向量机和随机森林模型对图像进行预测。
  • SSL4MIS: 医献综述与合集
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    简介:本文献综述和代码库汇集了医学图像分割领域内半监督学习方法的研究进展,旨在为研究者提供全面资源。 近年来,半监督图像分割在医学图像计算领域变得越来越重要。然而,由于隐私策略等因素的影响,目前仅有少数开源代码及数据集可供使用。为了方便评估与公平比较的目的,我们正在努力创建一个专门用于半监督医学图像分割的基准平台,并借此推动该领域的研究进展。如果您对此感兴趣,请随时将实现成果或想法提交至我们的存储库。 该项目最初是为支持先前的研究工作而设立的。如果本项目对您的科研活动有所助益,请考虑引用以下文献: @article{luo2020urpc, title={Efficient Semi-supervised Gross Target Volume of Nasopharyngeal Carcinoma Segmentation via Uncertainty Rectified Pyramid Consistency}, author={Luo, Xiangde and Liao, Wen}
  • 卷积神经网语义研究-
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    本论文探讨了在图像处理领域中,利用深度卷积神经网络进行弱监督下的图像语义分割方法的研究。通过分析现有技术局限性,并提出创新解决方案以提高模型准确性和效率,为该领域的进一步发展提供理论支持和实践指导。 图像语义分割是计算机视觉领域中的一个重要任务,其目的是为图片的每一个像素分配一个类别标签以识别该像素所属的目标物体或背景。近年来深度卷积神经网络(DCNNs)成为解决这一问题的主要技术手段。然而,在训练过程中需要大量带有精确标注的数据集来支持模型的学习过程,而现有的数据集中由于注释成本高昂导致了标注数量和多样性的限制。 为应对这些问题,研究人员开始探索使用弱监督学习方法进行图像语义分割的研究方向。这种方法利用的是较为简单的标签信息如图片级分类标签或物体框等,在获取难度上远低于像素级别的精确边界标注。这使得模型可以基于更易获得的“弱”注释数据集来训练。 在实施弱监督图像语义分割的过程中,主要挑战在于这些较粗略的标记无法提供足够的细节用于学习精准度较高的分类器。然而,这种方法的优势在于它大大减少了对大量像素级精确标注的需求,并且能够利用现有的大规模数据集进行模型训练。这为实现更高效的深度卷积神经网络提供了可能。 为了克服弱监督语义分割中的限制并提升性能,研究者们探索了多种策略和技术手段,如多尺度特征融合、注意力机制和生成对抗网络(GANs)。这些方法旨在通过引入额外的图像信息或增强模型对关键区域的关注来改进识别效果。例如,利用GAN可以增加训练数据的数量,并且帮助减少对于标注样本的高度依赖性。 文章中详细介绍了弱监督语义分割的方法及其潜在的研究方向,包括如何优化现有的技术手段以更好地支持这一任务的需求。通过分析现有方法的优劣点和未来可能的发展趋势,作者提出了改进模型结构设计、损失函数调整等策略来进一步提高图像语义分割的效果。
  • 视网OCT预处理方法
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    本研究探讨了针对视网膜光学相干断层扫描(OCT)图像的高效预处理技术,旨在提高图像质量与分析准确性,为眼科疾病的早期诊断提供支持。 光相干层析技术(OCT)是一种新兴的成像技术,能够生成清晰的视网膜及黄斑区图像。本段落主要探讨了在开发视网膜OCT图像识别与临床诊断系统中采用的预处理方法。通过应用图像分割和增强等技术,实现了自动边缘检测与轮廓提取功能。对视网膜OCT图像进行预处理后,为后续的图像识别及分析奠定了坚实的基础,并且针对黄斑囊样水肿、黄斑裂孔以及正常情况下的视网膜OCT图像进行了实验验证,均获得了良好的效果。