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基于抽样树的贝叶斯进化分析(Beast2).zip

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简介:
本资料包提供了一种基于抽样树进行贝叶斯进化分析的方法,采用Beast2软件实现,适用于研究物种进化历史与系统发生关系。 Beast2 是一种基于分子序列的贝叶斯推理程序,使用马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)方法进行跨平台计算。它能够完全向根的方向推导,并且可以通过严格的或宽松的分子时钟模型来测量和推断时间尺度下的系统发育树。此外,Beast2 既可以作为一种重构系统发育树的方法,也可以用于其他相关分析。

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  • Beast2).zip
    优质
    本资料包提供了一种基于抽样树进行贝叶斯进化分析的方法,采用Beast2软件实现,适用于研究物种进化历史与系统发生关系。 Beast2 是一种基于分子序列的贝叶斯推理程序,使用马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)方法进行跨平台计算。它能够完全向根的方向推导,并且可以通过严格的或宽松的分子时钟模型来测量和推断时间尺度下的系统发育树。此外,Beast2 既可以作为一种重构系统发育树的方法,也可以用于其他相关分析。
  • 网络故障
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    本研究提出了一种利用贝叶斯网络进行故障树分析的方法,旨在提高复杂系统中故障原因识别和风险评估的准确性和效率。 ### 基于贝叶斯网络的故障树分析 #### 一、引言 随着现代工业系统的日益复杂化,确保系统的可靠性和安全性成为了至关重要的任务。传统的故障树分析(FTA)方法虽然在系统可靠性和安全性评估方面取得了显著成就,但由于其固有的局限性,在面对具有不确定性和多态性的复杂系统时显得力不从心。贝叶斯网络作为一种新兴的概率图形模型,因其能够处理不确定性问题和多态性事件,在复杂系统分析领域展现出了巨大的潜力。 #### 二、贝叶斯网络的基本概念 **1. 贝叶斯网络定义** 贝叶斯网络是一种概率图模型,用于表达一组随机变量之间的条件独立性关系。每个节点代表一个随机变量,而边表示变量间的依赖关系。贝叶斯网络不仅能够直观地展示变量之间的相互作用,还能有效地进行概率推理。 **2. 构造原理** 构建贝叶斯网络分为两个步骤:定义网络结构和为每个节点指定条件概率分布。 - **确定顺序**:给定一组变量( X_1, X_2, ldots, X_n ),首先要确定一个变量排序( d )。 - **建立连接**:将( X_1 )作为根节点,并赋予其先验概率( P(X_1) )。对于后续的每个变量(如X_i),如果它与之前的某个或某些变量相关,则在它们之间建边并用条件概率表示;如果不相关,就直接给该变量分配一个独立的概率。 - **迭代构建**:重复上述步骤直到所有节点都被包含在网络中。 **3. 信念传播与更新** 贝叶斯网络的核心在于能够有效地进行概率推理。当某些节点的状态已知时,可以通过信念传播算法来更新其他节点的概率分布。这涉及应用贝叶斯定理根据先验知识和观测数据计算后验概率。 #### 三、故障树向贝叶斯网络的转换 **1. 结点与事件的映射** 故障树中的每个基本事件可以对应于贝叶斯网络中一个单独节点,例如,“电源故障”在两者的框架内均被定义为同一概念。这种一致性的保持有助于理解两者之间的关系。 **2. 逻辑门的转换** 故障树中的逻辑门(如AND、OR等)可以通过贝叶斯网络中的条件概率表来表示。比如,如果一个节点代表两个子事件通过AND连接的结果,则在贝叶斯网络中这个节点的状态会依赖于其输入状态的概率分布。 **3. 联接强度的映射** 故障树逻辑门和输出之间的因果关系,在贝叶斯网络中则以条件概率的形式体现。因此,联接强度转化为具体的数值表示形式。 #### 四、案例分析 为了更直观地理解转换过程,可以考虑一个包含顶事件(系统故障)及几个基本事件的简单例子。在将这些元素映射到贝叶斯网络时,首先定义每个基本事件作为节点,并根据它们之间的逻辑关系建立条件概率表。例如,如果部件A和B同时出现故障会导致整个系统的失效,在对应的贝叶斯模型中,该系统状态的概率分布会反映出这种多因素影响。 #### 五、结论 通过详细探讨贝叶斯网络的构造原理及将故障树转换为贝叶斯网络的过程,可以看出作为概率图模型它在处理复杂系统可靠性与安全性评估方面具有明显的优势。不仅能更好地描述事件间的动态关系和不确定性逻辑结构,还能利用概率推理有效分析系统的潜在风险点。未来研究可以进一步探索更多实际应用场景下的可能性,以提升整体的可靠性和安全水平。
  • Matlab-HFSS代码-DPTBO:深度划
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    本项目为利用Matlab与HFSS结合进行电磁设计优化,采用DPTBO算法,即基于深度划分树的贝叶斯优化方法,有效提升参数优化效率。 Matlab-hfss代码具有深度划分树(DPT-BO)的高维贝叶斯优化版权(c)2020年3D包装研究中心电气与计算机工程学院佐治亚理工学院,与本段落相关的Matlab代码。这项工作部分由DARPACHIPS项目以N00014-17-1-2950资助以及ASCENT和半导体研究公司(SRC)计划的机器学习电子学(CAEML)资助。 如果您使用了该代码,请引用我们的论文:托伦 (HMTorun) 和斯瓦米纳坦(M.Swaminathan),用于高频电子设计的高维全局优化方法, 《IEEE微波理论与技术学报》,第1卷,2019年6月。 DPTBO_main.m函数提供该方法的示例用法,以最大化黑盒函数。请参阅其中的注释获取有关代码用法的详细信息。“DPTBO.m”是算法的实际实现功能。 系统要求:此代码已在Matlab R2018b和R2019a上进行测试,并依赖于统计和机器学习工具箱”。如果您没有所需的工,需要安装该工具箱。
  • LSTM模型.zip
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    本作品探讨了利用贝叶斯优化技术提升长短期记忆网络(LSTM)模型性能的方法,并提供了详尽实验分析。 LSTM_BayesianHyperparameterTuning.zip
  • Botorch:PyTorch
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    Botorch是一款建立在PyTorch上的库,专注于提供高效的贝叶斯优化工具,适用于机器学习模型的超参数调优和黑盒函数优化等问题。 BoTorch 是一个基于 PyTorch 的贝叶斯优化库,并且目前正处于积极开发的测试阶段。 选择 BoTorch 有几个原因:它提供了一个模块化、易于扩展的界面,用于构建贝叶斯优化原语,包括概率模型、采集函数和优化器。利用了 PyTorch 提供的功能,如自动微分以及对现代硬件(例如 GPU)的高度并行化的本地支持,并且使用的是与设备无关的代码。此外,BoTorch 支持基于蒙特卡洛方法的采集功能,这使得实现新思路变得简单明了而不必限制基础模型。 在 PyTorch 中可以无缝地集成 BoTorch 与深度和/或卷积架构。它还支持最新的概率模型,包括多任务高斯过程(GPs)、深度核学习、深层 GP 和近似推理等。 目标用户主要是贝叶斯优化和 AI 领域的研究人员以及资深从业人员。建议将 BoTorch 用作实现新算法的低级 API。
  • 数据
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    《数据的贝叶斯分析》是一本介绍如何运用贝叶斯统计方法进行数据分析和推断的书籍。它不仅阐述了贝叶斯理论的基础知识,还提供了丰富的实例来展示其在实际问题中的应用。无论是初学者还是专业人士都能从本书中获得宝贵的知识与见解。 贝叶斯思想在《数据分析:贝叶斯方法 第三版》一书中表现良好,在大数据分析中也展现了其优势。
  • Python中
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    《Python中的贝叶斯分析》是一本介绍如何利用Python进行概率统计与数据分析的书籍,重点讲解了贝叶斯理论及其在实际问题中的应用。 《贝叶斯分析与Python》是一本专注于使用Python进行贝叶斯统计分析的书籍,由Packt Publishing在2016年出版。作为一种强大的编程语言,Python因其丰富的库支持和易读性,在数据科学领域扮演着重要角色;而贝叶斯分析则是一种处理不确定性和概率推理的方法,在机器学习、人工智能及复杂数据分析中得到广泛应用。 该书的核心思想在于通过先验概率与观测数据来更新我们对未知参数的信念,并形成后验概率分布。这种分析方式允许在不确定性情况下做出决策,且随着新数据积累不断优化模型。Python中的PyMC3、pymc、Statsmodels和pystan等库为实现贝叶斯分析提供了便捷工具。 本书可能涵盖以下主要知识点: 1. **贝叶斯定理**:解释如何根据先验概率与似然性更新后验概率。 2. **概率模型**:介绍构建和理解离散及连续随机变量、联合分布、条件分布以及边缘分布的方法。 3. **采样方法**:讲解马尔科夫链蒙特卡洛(MCMC)技术,如Metropolis-Hastings算法与Gibbs采样等,以近似后验概率分布。 4. **PyMC3库使用详解**:深入探讨贝叶斯统计建模的高级接口——PyMC3,方便定义复杂模型并进行推断。 5. **应用案例分析**:展示回归、分类问题、生存分析及贝叶斯网络等实际应用场景中的贝叶斯方法运用。 6. **假设检验与模型比较**:讨论如何使用贝叶斯方法执行假设检验,并通过贝叶斯因子或预测性能评估不同统计模型的优劣。 7. **参数调优(贝叶斯优化)**:介绍高维空间和黑盒函数中的应用,用于优化复杂系统内的参数设置。 8. **贝叶斯预测技术**:讲解如何利用后验分布进行预测,并对不确定性做出合理估计。 9. **可视化与结果解释**:指导有效展示模型性能及局限性的方法。 此外,《贝叶斯分析与Python》还可能探讨更高级的主题,如非参数方法、深度学习中的应用以及复杂系统推理等。通过本书的学习,读者能够掌握使用Python进行贝叶斯统计分析的技能,并将其应用于实际项目中解决各种数据分析问题。对于希望提升数据科学能力的开发者和专业人士而言,《贝叶斯分析与Python》是一份宝贵的资源。
  • 网络改方案.zip__网络
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    本资料探讨了对贝叶斯网络进行优化和改进的方法,旨在解决现有模型中的局限性,并提升其在复杂数据环境下的应用效能。适合研究者和技术人员参考学习。 本程序是对贝叶斯网络的改进,具有非常好的效果与价值,希望与各位分享。
  • 使用MATLAB模型更新高级教程与实例.zip
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    本资料提供使用MATLAB实现贝叶斯模型更新及高级抽样技术的详细教程和实践案例,适合需要深入掌握贝叶斯统计方法的研究者和技术人员学习。 在本教程中,我们将深入探讨如何使用MATLAB来解决贝叶斯模型更新问题,并采用高级抽样技术。MATLAB是一种强大的数学计算软件,广泛应用于科学计算、数据分析和工程应用中,尤其适合处理复杂的统计和概率问题,如贝叶斯模型。 我们需要理解贝叶斯模型的基本概念。贝叶斯统计是以概率方式处理不确定性问题的方法,通过将先验知识(即我们对参数的初步理解)与观测数据结合,更新为后验分布。在模型更新过程中,利用贝叶斯公式来计算参数的后验概率分布: \[ P(\theta|D) = \frac{P(D|\theta) \cdot P(\theta)}{P(D)} \] 其中,\(\theta\) 是模型参数,\(D\) 是观测数据,\(P(\theta|D)\) 是后验分布,\(P(D|\theta)\) 是似然函数,\(P(\theta)\) 是先验分布,而 \(P(D)\) 是证据因子,通常作为归一化常数。 在MATLAB中实现贝叶斯模型更新时,可以使用多种高级抽样技术。这些技术包括马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)方法如Metropolis-Hastings算法和Gibbs采样,以及更现代的变分推理方法。这些抽样方法允许我们在高维空间中探索参数的后验分布,并获取其特性。 1. **Metropolis-Hastings算法**:这是一种通用的MCMC方法,用于生成后验分布的样本。它通过构造一个随机游走过程逐步接受或拒绝新状态,以保证样本来自目标分布。在MATLAB中可以使用`metropolis`函数来实现这一过程。 2. **Gibbs采样**:当模型参数间条件独立时,Gibbs采样是一种特别有效的方法。每个参数被依次更新,而其他参数固定不变。MATLAB提供了`gibbs`函数来执行Gibbs采样。 3. **变分推理**:对于大型复杂模型,MCMC方法可能效率低下。变分推理通过找到一个易于操作的概率分布来近似后验分布,从而加速计算。在MATLAB中可以使用`variationalInference`函数实现这一过程。 教程提供的资源包括: - 说明文件详细解释了如何使用MATLAB代码,包含具体步骤、所需的数据格式和结果解释。 - 包含了MATLAB脚本、函数、示例数据和结果分析的子目录。它可能包含了上述抽样技术的具体实现方法,并展示如何将这些方法应用到实际问题中。 通过学习和实践教程中的内容,你将能够掌握在MATLAB中运用高级抽样方法解决贝叶斯模型更新问题的能力。这有助于你在科研与工程实践中有效地处理不确定性问题、进行数据驱动的决策并提升模型预测性能。
  • LSSVM方法
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    本研究提出了一种基于贝叶斯优化的LSSVM(最小二乘支持向量机)方法,通过自动调参提升模型预测性能。 贝叶斯优化最小二乘向量机是一种有效的优化方法,并且相对少见。