SMCPP：基于全基因组序列数据的种群历史推断（SMC++）
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简介：
SMCPP是一款利用全基因组序列数据进行种群历史分析的软件工具，通过改进的SMC++模型精确估计多个群体间的分离时间和迁移率。
SMC ++是一个用于从整个基因组序列数据估算种群大小历史的程序。如果在使用过程中遇到问题，请参考安装指南。
为了将VCF文件转换为适合SMC++输入格式，可以使用vcf2smc命令：
```
$ smc++ vcf2smc my.data.vcf.gz out/chr1.smc.gz chr1 Pop1:S1,S2
```
此命令会解析样本S1和S2的重叠群chr1数据，并将它们作为总体Pop1成员处理。您需要为每个独立重叠群运行一次该命令，从而生成相应的SMC++输出文件。
接下来，使用以下命令拟合模型：
```
$ smc++ estimate -o analysis/ 1.25e-8 out/example.chr*.smc.gz
```
第一个强制性参数`1.25e-8`表示每代的突变率。其余参数为上一步生成的数据文件。
根据样本量和您的机器性能，整个安装过程可能会有所不同。
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