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PSF的MATLAB代码-Optics:用于光学仿真的工具箱,包含相位检索算法实现

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简介:
这是一个由PSF开发的MATLAB工具箱,专注于光学仿真,尤其擅长相位检索算法的实现,为科研人员提供了强大的计算资源。 PSF的MATLAB代码是用于显微镜数据处理的小型工具包,可与InControl软件包结合使用或单独进行数据分析。 作者提供的内容包括: - **PR(阶段检索)**:包含相位检索所需的代码,基于Hanser等人在《宽视野荧光显微镜中的相位检索瞳孔函数》(Journal of Microscopy, 216:32--48, 2004) 中提出的方法。 - **Oblique_aberration.py**:处理倾斜SPIM的.mat数据集的主要程序。所有检索到的瞳孔函数都被存储在字典中,并另存为.npz文件。 - **group_retrieval**:一个可以批量处理选定文件夹内所有.mat文件的主程序,返回斯特列尔比率和检索到的学生列表。 - **PSF_PF类**:包含核心算法。初始化时需要提供显微镜参数。 - **load_mat函数**:加载.mat文件(通过指定路径mat_path),并将其转换为numpy数组。需要注意的是MATLAB与Python中3D数组的维度顺序不同,因此在其中一方可能需要进行转置处理以匹配另一方。 Phase_retrieval.py: 代码基于Ryan软件包中的p进行了改编。

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  • PSFMATLAB-Optics仿
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    这是一个由PSF开发的MATLAB工具箱,专注于光学仿真,尤其擅长相位检索算法的实现,为科研人员提供了强大的计算资源。 PSF的MATLAB代码是用于显微镜数据处理的小型工具包,可与InControl软件包结合使用或单独进行数据分析。 作者提供的内容包括: - **PR(阶段检索)**:包含相位检索所需的代码,基于Hanser等人在《宽视野荧光显微镜中的相位检索瞳孔函数》(Journal of Microscopy, 216:32--48, 2004) 中提出的方法。 - **Oblique_aberration.py**:处理倾斜SPIM的.mat数据集的主要程序。所有检索到的瞳孔函数都被存储在字典中,并另存为.npz文件。 - **group_retrieval**:一个可以批量处理选定文件夹内所有.mat文件的主程序,返回斯特列尔比率和检索到的学生列表。 - **PSF_PF类**:包含核心算法。初始化时需要提供显微镜参数。 - **load_mat函数**:加载.mat文件(通过指定路径mat_path),并将其转换为numpy数组。需要注意的是MATLAB与Python中3D数组的维度顺序不同,因此在其中一方可能需要进行转置处理以匹配另一方。 Phase_retrieval.py: 代码基于Ryan软件包中的p进行了改编。
  • 内容图像MATLAB).zip - MATLAB图像
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    本资源提供了一个用于基于内容的图像检索的MATLAB工具包。包含多种算法和示例代码,便于用户理解和开发图像检索系统。 基于内容的图像检索的代码实现使用了完整的MATLAB程序。
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  • 流:流场估-MATLAB
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    本项目采用MATLAB实现基于相位的光流算法,用于准确估计视频帧间的光流场,具有计算效率高、抗噪能力强的特点。 该代码实现了 Gautama 和 Van Hulle (2002) 在 IEEE Transactions on Neural Networks 中描述的光流算法。此方法采用基于相位的空间滤波来估计光流场,并分为三个步骤:空间过滤、相位梯度估计以及使用循环网络进行 IOC 计算。
  • CORDIC测及其FPGA
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    本文探讨了利用CORDIC算法进行高效光学相位检测的方法,并详细介绍了其在FPGA上的实现过程和技术细节。 本段落提出了一种基于交流相位跟踪零差补偿技术的方法,并利用CORDIC算法来检测光相位的变化。在FPGA上设计了CORDIC算法的流水线结构,实现了对光相位变化的实时监测。同时,通过查找表和抛物线插值校正算法解决了CORDIC运算中“死区”问题,从而提高了光相位变化检测的精度。实验结果显示,该方法能够使光相位误差达到10^-4级别。此技术具有强实时性和高精度的特点,并且适用于大量数据的高速处理。
  • MATLAB
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    本简介介绍MATLAB中用于计算图像序列间运动信息的光流法工具箱的相关代码。此工具箱为视觉研究和开发提供了便捷高效的解决方案。 最新版本的光流法代码工具箱提供了用于机器视觉和图像识别的MATLAB代码。
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    简介:本文介绍了一种名为STliFT的相位检索算法,该算法基于半定松弛技术,并详细描述了其在MATLAB环境下的实现方法和开发过程。 这段代码是 K. Jaganathan 等人的 Matlab 实现“STFT 阶段检索:唯一性保证和恢复算法”,发表于 IEEE 信号处理选题杂志(第 10 卷,第 4 期,2016 年 6 月)。
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    MicroscPSF是一款用于荧光显微镜的Matlab工具箱,专门设计用于快速准确地计算三维点扩散函数(PSF),以支持高级成像分析。 PSF的Matlab代码用于荧光显微镜中的三维点扩展函数(3D PSF)计算,该方法基于Gibson-Lanni模型,并在《Journal of the Optical Society of America》A卷第34期第6页发表了一篇文章,具体页面为1029-1034。这一组代码旨在提供荧光显微镜中三维点扩展函数的快速近似计算方法。 该算法比现有的511x511x255尺寸工具快约498倍。PSFGenerator使用的是具有多线程功能的Java语言,而推荐的方法则完全采用纯Matlab编写,并未包含任何编译过程。如果在运行时没有指定显微镜参数,默认设置将会被加载。 具体用法如下: ```matlab params.size = [256 256 128]; tic; PSF = MicroscPSF(params); toc ``` 此外,还有一个图形用户界面版本提供更快的计算速度。最后一步插值操作通过mex文件实现,能够将时间成本降低约50%。 ```matlab cd Utilities mex transformation.cpp params.size=[256 256 128]; params.fastcom=1; tic; PSF = MicroscPSF(params); toc ``` 以上是该代码的主要特性和使用方法说明。
  • MATLAB质量引导解仿结果与运行方+仿结果.zip
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    本资源提供了一种基于MATLAB的相位质量引导解包裹算法的实现方式、详细仿真结果以及源代码,适用于科研人员进行深入研究和学习。 1. 版本:MATLAB 2014/2019a/2021a,包含运行结果示例。 2. 领域:智能优化算法、神经网络预测、信号处理、元胞自动机、图像处理和路径规划等多种领域的MATLAB仿真。 3. 内容:标题所示内容涵盖广泛,具体介绍可查阅博主主页的博客文章。 4. 适合人群:本科及硕士等层次的教学科研学习使用。 5. 博客介绍:热爱科学研究的MATLAB开发者,在技术提升的同时注重个人修养的成长。
  • OTT:——镊模拟MATLAB
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    OTT(Optical Tweezer Toolbox)是一款基于MATLAB开发的专业软件包,专为研究和教学设计,旨在简化并加速光镊系统的模拟与分析过程。 光镊工具箱可用于在矢量球面波基中使用 T 矩阵形式来计算粒子的光学力和扭矩。该工具箱包括用于计算 T 矩阵的代码、由矢量球面波函数描述的光线、以及用于计算力和扭矩的函数,此外还有模拟动力学过程的简单代码和示例。