
Prokka:高效的原核基因组注释工具
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简介:
Prokka是一款用于快速、高效地对原核生物基因组进行自动注释的软件工具。它能够迅速处理大规模数据集,并提供高质量的功能预测和分类信息,是生物信息学研究中的重要资源。
全基因组注释是指识别一组基因组DNA序列中的重要特征,并用有用的信息对其进行标记的过程。Prokka是一种软件工具,可以快速注释细菌、古细菌和病毒的基因组,并生成符合标准的输出文件。
安装Bioconda时,请使用以下命令:
```
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka
```
如果您使用的是Homebrew或Docker,则分别执行以下命令进行安装:
对于Homebrew,您可以运行:
```
brew install brewsci/bio/prokka
```
对于Docker,请先拉取最新镜像:
```
docker pull staphb/prokka:latest
```
然后创建并启动容器实例查看帮助信息:
```
docker run staphb/prokka:latest prokka -h
```
使用Singularity时,可以构建Prokka的sif文件如下所示:
```shell
singularity build prokka.sif docker://staphb/prokka:latest
```
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