TopoStats：一款用于批量数据分析和提取图像统计信息的AFM图像分析工具

简介：
TopoStats是一款专为原子力显微镜（AFM）图像设计的数据分析软件。它能够高效地处理大量数据，并快速准确地提取所需统计信息，助力科研工作者深入解析表面结构特性。 一个AFM图像分析程序被开发用于批量处理数据并提取统计信息。“pygwytracing”脚本通过递归搜索用户定义的目录来执行此任务，并且会排除格式为“_cs”的文件，这些是Nanoscope Analysis软件导出的裁剪文件。使用Gwyddion功能加载AFM图像，并利用choosechannels自动选择地形数据。imagedetails函数用于确定每个图像的实际像素大小和尺寸（以纳米值而非像素值表示），这对于处理分辨率变化的数据集尤为重要。 基本的图像处理操作在“功能编辑”文件中进行，包括：“对齐行”，用以消除扫描线之间的偏移；“水平调整”，去除样本倾斜作为一阶多项式修正；以及“扁平基础”，结合了方向和多项式的水平校正，并且具备自动屏蔽的功能。“zeromean”操作将图像的平均值（即背景）设置为零。这一系列处理中，采用3.5像素大小进行特定参数调整。