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WFMASH:利用WFA与MashMap2实现精准碱基DNA序列匹配

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简介:
WFMASH结合了WFA和MashMap2算法优势,旨在提供高效且精确的DNA碱基序列比对解决方案,适用于大规模基因组数据分析。 wfmash 是一种基于MASH距离和波前比对算法的DNA序列读取作图工具。它使用了高效的底层匹配技术,并通过瓷砖波前全局比对算法进行优化,完善了MashMap的基本水平对比模块,使其能够处理非常大的序列。 在操作过程中,每个查询序列会被分割成由-s[N], --segment-length=[N]定义的非重叠部分。随后采用MashMap的滑动minhash映射算法和后续过滤步骤来定位这些片段。为了减少内存使用量,在初始映射阶段会生成临时文件存储结果。 一旦获取了初步位置信息,wflign 的波前开始算法就会被用来以每个映射点作为对齐目标进行进一步处理,并且最终的比对结果会在cg:Z:*标记中包含扩展的CIGAR格式。用户还可以通过-m, --approx-map选项来获得近似匹配(类似于MashMap2中的块长度过滤器)。 整个草图绘制、映射和对齐过程都可以使用可配置数量的线程并行执行,但必须手动设置线程数,默认情况下为1个线程。

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  • WFMASHWFAMashMap2DNA
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