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GBClustering: 源代码与示例展示代际甲基化位点的相关模式识别

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简介:
简介:GBClustering是一款用于分析和识别代际间DNA甲基化位点相关模式的工具,通过源码及实例演示其在遗传学研究中的应用价值。 GB集群存储库包含R代码及用于识别代际甲基化位点模式的示例源代码src.R,请将其下载到您的R或Rstudio工作目录中。“Example.R”文件提供了集成代码,其中包含了演示程序使用的实例。 本段落中的DNA数据尚未公开。以下是一个简单的例子:模拟了50个家庭的5000个CpG位点的母亲、父亲和后代的甲基化情况,并将这些信息分别存储在“mother.csv”,“father.csv”和“offspring.csv”中,其中群集的真实数量为4。此外还生成了一个名为Coordinates.csv的数据集,包含了这5000个CpG位点的名字、染色体编号以及坐标。 若要测试这个示例,请将上述提到的文件下载至您的工作目录内。 步骤1:清理内存,并安装(如果尚未安装)和加载所需的R包。

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    简介:GBClustering是一款用于分析和识别代际间DNA甲基化位点相关模式的工具,通过源码及实例演示其在遗传学研究中的应用价值。 GB集群存储库包含R代码及用于识别代际甲基化位点模式的示例源代码src.R,请将其下载到您的R或Rstudio工作目录中。“Example.R”文件提供了集成代码,其中包含了演示程序使用的实例。 本段落中的DNA数据尚未公开。以下是一个简单的例子:模拟了50个家庭的5000个CpG位点的母亲、父亲和后代的甲基化情况,并将这些信息分别存储在“mother.csv”,“father.csv”和“offspring.csv”中,其中群集的真实数量为4。此外还生成了一个名为Coordinates.csv的数据集,包含了这5000个CpG位点的名字、染色体编号以及坐标。 若要测试这个示例,请将上述提到的文件下载至您的工作目录内。 步骤1:清理内存,并安装(如果尚未安装)和加载所需的R包。
  • Funm6AViewer:功能性m6A差异因及单核苷酸差异
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    Funm6AViewer是一款用于识别和展示功能性m6A甲基化差异基因及其单核苷酸差异甲基化位点的在线工具,助力深入研究RNA修饰机制。 Funm6AViewer 用于鉴定和可视化功能性差异m6A甲基化基因(FDmMGenes)及单碱基DmM位点。我们还开发了 Funm6AViewer Web服务器,该服务器可以免费获取。 安装 Funm6AViewer 需要以下 R 软件包:GenomicFeatures、GuitarFeatures、Guitar、trackViewer、DESeq2、STRINGdb、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 和 org.Hs.eg.db。建议使用 R 版本 >= 3.6。 安装所需软件包: ```R if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(c(GenomicFeatures, GuitarFeatures, Guitar, trackViewer, DESeq2, STRINGdb)) ``` 然后安装 Funm6AViewer: ```R if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(Funm6AViewer) ```
  • 表格表格
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    本示例代码展示了如何实现和应用表格识别技术,帮助用户理解和开发基于计算机视觉的表格数据提取与解析系统。 表格识别示例代码 这是对“表格识别示例代码”这一主题的简化版本: 为了展示如何使用Python进行表格数据的OCR(光学字符识别)处理,下面是一个简化的例子。 首先需要导入必要的库: ```python import cv2 import pytesseract ``` 接下来加载图像并进行预处理以提高文本检测效果: ```python image = cv2.imread(path_to_your_image) gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY) thresh = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY_INV + cv2.THRESH_OTSU)[1] ``` 然后使用pytesseract库进行文本检测并定位表格: ```python data = pytesseract.image_to_data(thresh, output_type=pytesseract.Output.DICT) n_boxes = len(data[text]) for i in range(n_boxes): if int(float(data[conf][i])) > 60: (x, y, w, h) = (data[left][i], data[top][i], data[width][i], data[height][i]) cv2.rectangle(image, (x, y), (x + w, y + h), (0, 255, 0), 2) ``` 最后,可以将检测到的表格数据提取出来并进行进一步处理: ```python custom_config = r--oem 3 --psm 6 d = pytesseract.image_to_data(thresh, config=custom_config, output_type=pytesseract.Output.DICT) # 提取表格内容 for idx, word in enumerate(d[text]): if word != : print((d[left][idx], d[top][idx]), conf:, d[conf][idx]) ``` 以上代码示例展示了如何进行基本的表格识别,但根据实际需要可能还需要对特定场景下的图像做进一步优化。
  • Android人体检测APP.zip
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    本资源提供了一个基于Android平台的人体识别和关键点检测应用示例代码包,内含详细注释及运行实例。适合开发者研究学习人体姿态估计技术。 Android人体检测和人体关键点检测APP支持CPU多线程和GPU加速,能够实时进行检测。这是Demo APP的介绍,请参考《2D Pose人体关键点实时检测(Python/Android/C++ Demo)》中的相关内容。
  • 语音情感Matlab, 于Matlab语音
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    本项目提供了一套基于Matlab环境下的语音情感和内容识别源代码。其中包括了语音信号处理的基础算法、特征提取方法以及分类器设计,为研究人员提供了便捷的学习与开发平台。 利用MATLAB进行语音情感识别,通过分析特征空间来确定该语音包含的离散情感。
  • 于Matlab步态及视频序列PPT文献
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    本项目利用MATLAB开发了步态识别算法,并通过视频序列和PPT进行了详细展示。同时提供与研究相关的参考文献列表,以供深入学习和探讨。 基于Matlab的步态识别代码视频序列PPT展示及相关文献提供了详细的指导和技术支持。该资料深入探讨了如何利用Matlab进行步态分析,并详细介绍了相关算法的应用与实现方法,为研究者们提供了一个全面的学习资源平台。通过这些材料,研究人员可以更好地理解步态识别技术的核心概念和实际应用价值。
  • webcamsnap.zip_FlashMX/Flex_php_
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    webcamsnap.zip 是一个包含Flash MX/Flex代码及PHP技术实例的资源包,适用于网络摄像头截图功能开发。 Capture JPEG webcam images on your website and submit them to your server using a Flash + JavaScript library. This library allows you to display a variable-sized Flash movie in your page that captures Webcam snapshots (still frames). The Flash movie first activates the webcam, allowing users to make adjustments before submitting. All controls for displaying the device configuration panel and taking snapshots are handled from JavaScript, enabling full control over the user interface.
  • 习题
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    《模式识别习题示例》是一本专注于提供模式识别领域练习题目的参考书,通过丰富的示例帮助读者深入理解和掌握相关概念与技术。 蔡老师的模式识别例题提供了丰富的练习机会,帮助学生更好地理解和掌握相关概念与技巧。这些题目涵盖了各种类型的模式识别问题,并且难度逐渐递增,适用于不同水平的学习者进行深入学习和实践操作。通过解答这些问题,学生们可以加深对课程内容的理解,并提高解决实际问题的能力。
  • Java车牌
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    本项目提供了一系列基于Java语言实现的车牌识别代码示例,涵盖了图像处理、特征提取和模式匹配等关键技术环节。 基于图像处理的汽车车牌识别研究与实现:本项目专注于开发能够识别国内车牌的程序,通过先进的图像处理技术提高车牌识别准确率和效率。
  • HALCON车牌
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    本示例提供使用HALCON软件进行车牌识别的详细代码教程,涵盖图像预处理、特征提取及模式匹配等关键步骤。适合初学者快速上手。 一个自编的车牌识别HALCON例子,供大家相互交流学习。