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MATLAB求导代码-TDDR:基于时间导数分布修复的fNIRS运动校正方法

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简介:
TDDR是一种利用时间导数分布修复技术改进的fNIRS(近红外光谱成像)运动校正方法,通过MATLAB实现高效计算和分析。 关于该存储库中的代码是TDDR算法的参考实现,如下所述:FishburnFA,LudlumRS,VaidyaCJ和MedvedevAV(2019)。时间导数分布修复(TDDR):一种用于fNIRS的运动校正方法。神经成像,184,171-179。 用法: Matlab: ```matlab signals_corrected=TDDR(signals,sample_rate); ``` Python: ```python from TDDR import TDDR signals_corrected = TDDR(signals, sample_rate) ``` 输入项: 信号:未校正的光密度数据的[sample x channel]矩阵 sample_rate:一个标量,反映以Hz为单位的采集速率 产出: signal_corrected:校正后的光密度数据的[sample x channel]矩阵 工具箱NIRS脑部分析 TDDR算法在nirs.modules.TDDR模块中实现。典型用法如下: % 构造预处理

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  • MATLAB-TDDRfNIRS
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    TDDR是一种利用时间导数分布修复技术改进的fNIRS(近红外光谱成像)运动校正方法,通过MATLAB实现高效计算和分析。 关于该存储库中的代码是TDDR算法的参考实现,如下所述:FishburnFA,LudlumRS,VaidyaCJ和MedvedevAV(2019)。时间导数分布修复(TDDR):一种用于fNIRS的运动校正方法。神经成像,184,171-179。 用法: Matlab: ```matlab signals_corrected=TDDR(signals,sample_rate); ``` Python: ```python from TDDR import TDDR signals_corrected = TDDR(signals, sample_rate) ``` 输入项: 信号:未校正的光密度数据的[sample x channel]矩阵 sample_rate:一个标量,反映以Hz为单位的采集速率 产出: signal_corrected:校正后的光密度数据的[sample x channel]矩阵 工具箱NIRS脑部分析 TDDR算法在nirs.modules.TDDR模块中实现。典型用法如下: % 构造预处理
  • Matlab-DerivativeEstimationToolbox: S-func工具箱
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    DerivativeEstimationToolbox是一个基于差分代数方法的MATLAB工具箱,旨在为Simulink S-Function提供高效的导数估计功能。该工具箱通过精确和灵活的方式计算复杂系统的导数值,增强了模型仿真与分析的能力。 Matlab求导代码衍生估算工具箱基于微分代数方法的Matlab Simulink导数估计功能开发。该存储库包含两个独立项目:derive.c 使用高斯面积公式解决积分问题;DETfunc.c 解决离散积分,需编译代码后才能在Matlab Simulink中使用。
  • MATLAB-RetroMoCoBox:用3D MRI k空回溯
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    RetroMoCoBox是一款专为MATLAB设计的数据校正工具箱,专注于通过回溯技术实现3D MRI k空间数据中的运动校正。 在MATLAB中使用Retro-MoCo-Box工具箱对3DMRI k空间数据进行追溯运动校正。我在利用3DFatNavs获取运动信息的工作中应用过此方法。有关FatNavs的更多信息,您可以查阅相关文献:Gallichan、Marques和Gruetter在2015年的MRM论文,Gallichan和Marques于2016年发表在MRM上的文章,Federau和Gallichan在PlosOne上发布的2016年研究,以及Glessgen、Gallichan、Moeller、Hainc和Federau的神经放射学2019年的论文。此外还有Gretsch、Mattern、Gallichan、Speck于MRM 2020发表的文章及Bazin、Nijsse、vanderZwaag、Gallichan、Alkemade、Vos、Forstmann和Caan在NeuroImage上的2020年的研究。 上述大部分工作(除了Bazin的2020年论文)都是基于西门子扫描仪收集的数据。对于适用于Philips扫描仪的代码,目前此GitHub仓库中尚未提供相关资源。
  • Matlab-FSAF相位恢频率子空幅度流实现
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    本项目采用MATLAB语言实现了FSAF(Frequency Subspace Amplitude Flow)相位恢复算法,通过处理频率子空间中的幅度信息进行高效准确的信号重建。 Matlab求导代码FSAF阶段检索是用于相位检索的频率子空间幅度流算法(Frequency Subspace Amplitude Flow, FSAF)在Matlab中的实现。该方法适用于一维、二维相干衍射模式以及强度测量中自然图像的重构,版权归属2018年新加坡国立大学准伟所有。 Z. Wei, W. Chen和X. Chen于2018年发表论文《用于相位检索的频率子空间振幅流》,其中提出了FSAF算法。该代码基于E. J.Candes、X.D.Li及M.Soltanolkotabi设计并实现的WirtingerFlow(WF)算法,通过引入Frequency Subspace来降低初始化阶段所需的样本复杂度。 此外,此Matlab实现还采用了共轭梯度和最佳步长策略以加速收敛速度。这些方法既可以单独应用于FSAF也可以直接用于原始的Wirtinger Flow算法中。Z. Wei, W.Chen-C.W., Qiu及X. Chen于2017年在论文《基于Wirtinger导数的相位检索共轭梯度方法》中提出了这种策略。
  • MATLAB
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    本教程详细介绍如何使用MATLAB进行函数的解析和数值求导运算,包括利用diff函数求多项式或符号表达式的导数,以及通过有限差分法实现数值逼近。 MATLAB的简单应用输入方式包括: 1. 求一阶导数:`dy = diff(y)` 或 `dy = diff(y,v)` 2. 求高阶导数:`dy = diff(y,n)` 或 `dy = diff(y,v,n)`
  • Matlab入Excel-序列(TimeSeries)
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    本教程提供详细的步骤和示例代码,展示如何使用MATLAB读取并处理来自Excel文件的时间序列数据。适合数据分析与科学计算入门者学习。 在数据目录中提供了实验所需的所有数据以及MATLAB Simulink的数据生成器来生成机电工程数据。cute.py文件包含了一些方法,用于比较我们的方法与其他方法的性能。granger.py文件则包含了进行Granger因果关系测试的方法。Util.py提供了一系列将在DISC和实验过程中使用的功能函数。Disc.py中实现了DISC的核心算法。 此外,在synthesis_data_test.py和real_data_test.py这两个脚本分别提供了合成数据与实际数据下的测试结果分析。 在Composite_data_test.py文件里,包含了以下主要的代码实现: - time_window():处理时间窗口内的相关操作。 - time_weighted():进行加权的时间序列处理。 - time_weighted_window():结合了时间和权重因素对特定时间段的数据进行计算和分析。 为了验证编码方法的有效性,在Composite_data_test.py中还设有以下测试函数: - test_causality_consistency():检验因果关系的一致性和稳定性; - test_no_causality_consistency():评估在无明确因果联系的情况下,算法的可靠度。
  • MATLAB-CRootBox:CRootBox
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    CRootBox是一款基于MATLAB开发的工具箱,它提供了便捷的方法来导出和管理MATLAB代码。利用CRootBox,用户能够优化其编程流程,并有效地将代码转化为可执行文件或其他格式。这款强大的软件支持多种操作模式,适用于各种复杂的科学计算项目。 在MATLAB中编写代码以使用CRootBox升级为CPlantBox的过程如下:由于不再开发CRootBox,它已经演进成为更高级的版本——CPlantBox。相较于其前身,CPlantBox保持了完全向后兼容性,并增加了枝条和叶子模拟功能,从而提供了更为复杂且全面的植物模型。对于根系统建模的具体说明,请参考文档中的相关章节。 若想快速上手使用CRootBox,建议首先阅读提供的教程并查看示例代码。在C++环境下操作时,只需从examples/main.cpp文件中取消注释所需的例子部分,并按照以下步骤进行: 1. 使用cmake配置项目。 2. 运行make命令以构建库和相应的C++示例。 3. 转入到examples目录并执行./test_crootbox来运行该示例。 项目的文件结构如下: - /docs:包含有关CRootBox的文档资料 - /examples: 提供了多种使用CRootBox进行操作的例子代码 - /external:存放外部库的路径 通过以上步骤,可以顺利地开始利用CPlantBox或其前身CRootBox进行植物建模工作。
  • Matlab入Excel-截面面积序列:MATLAB...
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    本项目通过MATLAB编写代码从Excel文件中读取数据,并进行截面面积的时间序列分析。适用于工程、科研等领域数据处理与可视化需求。 MATLAB代码用于导入Excel文件中的河岸和水位深度的xy坐标数据,并将时间作为函数进行处理。该代码每10分钟采样一次。它计算每个水位深度下的截面积,然后将日期/时间、水位深度以及对应于不同水位深度的截面积写入Excel中。
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    本项目提供了一个基于MATLAB环境下的六轴机器人的正向和逆向运动学求解程序。通过该代码可以方便地进行机器人臂的位置姿态分析与规划,适用于工业自动化、机械工程及相关研究领域。 以UR5为例,展示机器人的正逆运动学求解源码,并使用PeterCorke的robotics toolbox进行计算结果验证。同时提供robotics toolbox的GitHub源码以及本地、在线安装包。
  • Matlab接自PID控制源
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    本作品提供了一套基于MATLAB实现的间接自校正PID控制器的完整源代码,适用于自动控制系统的优化与设计。 运行过啦,可以很好地跟踪,有注释。