这是一个由PSF开发的MATLAB工具箱,专注于光学仿真,尤其擅长相位检索算法的实现,为科研人员提供了强大的计算资源。
PSF的MATLAB代码是用于显微镜数据处理的小型工具包,可与InControl软件包结合使用或单独进行数据分析。
作者提供的内容包括:
- **PR(阶段检索)**:包含相位检索所需的代码,基于Hanser等人在《宽视野荧光显微镜中的相位检索瞳孔函数》(Journal of Microscopy, 216:32--48, 2004) 中提出的方法。
- **Oblique_aberration.py**:处理倾斜SPIM的.mat数据集的主要程序。所有检索到的瞳孔函数都被存储在字典中,并另存为.npz文件。
- **group_retrieval**:一个可以批量处理选定文件夹内所有.mat文件的主程序,返回斯特列尔比率和检索到的学生列表。
- **PSF_PF类**:包含核心算法。初始化时需要提供显微镜参数。
- **load_mat函数**:加载.mat文件(通过指定路径mat_path),并将其转换为numpy数组。需要注意的是MATLAB与Python中3D数组的维度顺序不同,因此在其中一方可能需要进行转置处理以匹配另一方。
Phase_retrieval.py: 代码基于Ryan软件包中的p进行了改编。