Matlab喷泉码代码-DNA存储: DNA储存

简介：
本项目提供了基于MATLAB实现的喷泉码编码与解码算法，特别针对DNA数据存储场景进行了优化。代码旨在提高数据在DNA中的可靠性和效率。 在进行DNA存储研究的过程中，我使用了Matlab编写的一系列喷泉码代码。这些代码主要用于编码数据，并且遵循Erlich和Zielinski于2017年发表的《Science》杂志文章中提出的“DNAFountain实现了一个强大而高效的存储架构”的方法。 为了对数据进行编码，您可以参考LT_code.m文件，该文件位于编码器目录下。此文件是使用MATLAB R2019a版本编写的。在编写代码时，我们考虑了GC含量以及连续相同碱基的数量（即homopolymer-run）的限制条件，并通过调整Max_run_length、Min_GC_content和MAX_GC_content参数来进行约束设置。 对于非受限池，我们的设定为：Max_run_length=152, Min_GC_content=0 和 MAX_GC_content=1。而对于受限池，则使用了 Max_run_length=3, Min_GC_content=0.45 和 MAX_GC_content=0.55 的配置。 编码后的结果被保存在名为original_files的目录中，以便后续分析和研究使用。