AKtoolbox：一个用于多序列比对协同进化分析的Matlab工具箱（开源）

简介：
AKtoolbox是一款基于MATLAB开发的开源软件工具箱，专门设计用于执行复杂的多序列比对和协同进化分析。该工具提供了丰富的功能模块与灵活的操作界面，极大地简化了生物信息学研究中相关数据处理流程，并支持用户自定义参数设置以适应不同科研需求。 AK工具箱是一个用于蛋白质多序列比对（MSA）协同进化分析的Matlab工具箱，根据简化的BSD许可证分发。它的目标是提供一组独立于Matlab生物信息学工具箱的函数，专门用于进行MSA的协同进化分析。 当前可用在该软件包中的协同进化方法包括：统计耦合分析（SCA）、子集协方差的显式似然（ELSC）、互信息（MI）、实测负期望平方法（OMES）、基于麦克兰伦替代相关性的方法（MCBASC），直接耦合分析（DCA）以及logR。此外，该软件包还包含多种生物信息学矩阵的存档。