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心肌细胞视频计量量化的BeatMap-MATLAB开发

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简介:
本项目致力于通过MATLAB开发的心肌细胞视频量化工具BeatMap,实现对心肌细胞收缩行为的高效分析与可视化。 BeatMap是一款专为心肌细胞运动量化设计的MATLAB App Designer应用。该工具利用快速傅里叶变换(FFT)互相关技术对AVI格式视频数据进行分析,旨在研究和理解心肌细胞收缩与舒张过程,这对于心血管疾病的研究、药物筛选及教学具有重要意义。 MATLAB是MathWorks公司开发的一种强大的数值计算和编程环境,在工程、科学计算和数据分析领域广泛应用。App Designer是MATLAB中的一个图形化用户界面(GUI)开发工具,允许非专业程序员通过拖放组件创建交互式应用程序而无需深厚的编程基础。BeatMap使用App Designer使视频分析变得简单易用。 FFT互相关是一种信号处理技术,用于估计两个信号之间的相似性或关联程度。在BeatMap中,此技术被用来比较连续帧间的细胞运动变化以检测微小位移。具体来说,它首先对每一帧进行快速傅里叶变换,然后计算每帧与参考帧的互相关函数来识别心脏细胞周期性搏动模式。 心肌细胞视频计量量化过程包括以下关键步骤: 1. **预处理**:消除噪声并提高后续分析准确性和可靠性。这可能涉及灰度转换、去噪和平滑滤波。 2. **细胞分割**:通过图像处理技术(如阈值分割、边缘检测或区域生长算法)将心肌细胞从背景中分离出来。 3. **特征提取**:确定用于追踪运动的关键点,通常包括计算质心和边界点等信息。 4. **FFT变换**:对每一帧的细胞特性进行快速傅里叶变换以分析频率成分。 5. **互相关性评估**:比较每帧与参考帧来识别最佳匹配位置并测定相对位移变化。 6. **结果可视化**:将运动模式呈现为图形,如位移曲线、速度图或力图等便于理解的形式。 7. **数据分析**:计算平均速度、振幅和周期参数以提供科学研究的定量指标。 压缩文件`code_20170518_beatmap.zip`可能包含了BeatMap应用源代码及示例数据,通过查看运行这些资源可以帮助用户深入了解其工作原理并进行定制或扩展。总体而言,BeatMap结合了MATLAB和App Designer的优势,在心血管生理学研究中提供了高效直观的研究平台。

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客服
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  • BeatMap-MATLAB
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    本项目致力于通过MATLAB开发的心肌细胞视频量化工具BeatMap,实现对心肌细胞收缩行为的高效分析与可视化。 BeatMap是一款专为心肌细胞运动量化设计的MATLAB App Designer应用。该工具利用快速傅里叶变换(FFT)互相关技术对AVI格式视频数据进行分析,旨在研究和理解心肌细胞收缩与舒张过程,这对于心血管疾病的研究、药物筛选及教学具有重要意义。 MATLAB是MathWorks公司开发的一种强大的数值计算和编程环境,在工程、科学计算和数据分析领域广泛应用。App Designer是MATLAB中的一个图形化用户界面(GUI)开发工具,允许非专业程序员通过拖放组件创建交互式应用程序而无需深厚的编程基础。BeatMap使用App Designer使视频分析变得简单易用。 FFT互相关是一种信号处理技术,用于估计两个信号之间的相似性或关联程度。在BeatMap中,此技术被用来比较连续帧间的细胞运动变化以检测微小位移。具体来说,它首先对每一帧进行快速傅里叶变换,然后计算每帧与参考帧的互相关函数来识别心脏细胞周期性搏动模式。 心肌细胞视频计量量化过程包括以下关键步骤: 1. **预处理**:消除噪声并提高后续分析准确性和可靠性。这可能涉及灰度转换、去噪和平滑滤波。 2. **细胞分割**:通过图像处理技术(如阈值分割、边缘检测或区域生长算法)将心肌细胞从背景中分离出来。 3. **特征提取**:确定用于追踪运动的关键点,通常包括计算质心和边界点等信息。 4. **FFT变换**:对每一帧的细胞特性进行快速傅里叶变换以分析频率成分。 5. **互相关性评估**:比较每帧与参考帧来识别最佳匹配位置并测定相对位移变化。 6. **结果可视化**:将运动模式呈现为图形,如位移曲线、速度图或力图等便于理解的形式。 7. **数据分析**:计算平均速度、振幅和周期参数以提供科学研究的定量指标。 压缩文件`code_20170518_beatmap.zip`可能包含了BeatMap应用源代码及示例数据,通过查看运行这些资源可以帮助用户深入了解其工作原理并进行定制或扩展。总体而言,BeatMap结合了MATLAB和App Designer的优势,在心血管生理学研究中提供了高效直观的研究平台。
  • OpenCV
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    本项目运用OpenCV技术进行图像处理和分析,专注于自动统计显微镜下的细胞数量。通过优化算法提高识别精度与效率,为生物医学研究提供有力工具。 使用轮廓跟踪方法统计细胞的面积、周长以及数量等信息,在OpenCV中实现。
  • 基于MATLAB.zip
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    本项目为一个利用MATLAB开发的自动化工具,旨在精确统计医学图像中的红细胞数量。通过图像处理技术优化血细胞分析流程,提高诊断效率和准确性。 基于MATLAB的红细胞计数方法能够高效准确地完成血液样本中的红细胞数量统计工作。通过使用图像处理技术,可以自动识别并计算显微镜下拍摄到的血涂片中红细胞的具体数目,从而帮助医生进行快速诊断和病情评估。这种方法不仅提高了工作效率,还减少了人为误差的可能性,在临床医学研究及日常诊疗活动中具有重要应用价值。
  • MATLAB代码-AR-DIC:用于跳动时空分析自适应参考数字图像关联(AR-DIC)
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    MATLAB代码-AR-DIC提供了一种先进的自适应参考数字图像相关方法,专门针对心肌细胞搏动的时空特性进行精确量化和可视化分析。 自适应参考数字图像关联(AR-DIC)技术能够对移动的生物组织样本进行无偏且准确的力学测量。该方法适用于整体测量功能性心肌组织的发展,并能分析心肌细胞搏动的空间时间和形态特征。 我们研发了一种自适应参考DIC方法,这种创新的方法扩展了传统DIC的功能,使得在缺乏明确参照系的情况下也能对生物样品做出稳健、精确和无偏见的运动学及应变测量。此外,该技术还提供了先进的组织机械特性分析以及数据可视化手段,有助于实验室培养的心肌和其他体内诊断中获得标准化的机械功能评估(例如光声成像、超声斑点追踪和磁共振弹性成像)。 通过结合AR-DIC技术和组织表征方法,我们为研究人员与临床医生提供了一种非侵入性的工具来评估生物力学特性。我们将这种技术应用于自发搏动的心肌模型的分析中,以研究心肌细胞活动的位置、同步性和发展过程中的变化。
  • 基于图像边缘检测算法比较及
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    本研究对比了多种边缘检测算法在细胞图像处理中的效果,并提出了一种高效的细胞数量自动统计方法。 对一幅包含大量细胞的图片进行边缘检测,并标出其中的所有细胞,然后统计细胞的数量。
  • Matlab跳动脏代码 - CaCLEAN: 恢复中Ca2+释放图像CaCLEAN方法(或活性CRU)
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    简介:CaCLEAN是一种专为Matlab设计的方法,用于恢复心肌细胞内钙离子(Ca2+)释放单位(CRU)的清晰图像。该技术能有效减少噪声,揭示心脏跳动过程中钙信号的细微变化,助力科研人员深入理解心肌功能与疾病机制。 在跳动的心肌细胞内,从ryanodine受体(RyR)簇同步释放的局部Ca2+是决定心脏收缩力及输出量的关键因素之一。研究这些单个簇的释放可靠性对于理解心律不齐和心力衰竭等心脏病的发展至关重要。 为了解析跳动的心肌细胞中由RyR簇引发的钙离子(Ca2+)释放行为,科研人员结合天文CLEAN算法与已知的Ca2+扩散特性开发了创新性的分析方法——CaCLEAN算法。该算法能够揭示心肌细胞内局部钙瞬变现象及其背后的机制。 以下是使用此算法的主要功能列表: - **CICRcleanSimp**:执行为CaCLEAN核心运算,计算出表示钙释放模式的图像。 - **CICRrebuildSimp**:基于通过上述方法获得的钙释放图,重建并模拟心肌细胞内钙瞬变上升过程中的关键特征。 - **CICRsimulation**:创建模仿共聚焦显微镜记录的心脏Ca2+活动模型,用于进一步研究和验证算法的有效性。 - **CRUProps**:从生成的钙释放图像中分割出单个钙释放单位(CRUs),并计算其属性以供分析使用。 - **generatePSF**:一个内部函数,负责创建“分析清洁对象”(ACO),该对象类似于点扩展功能,在算法处理过程中扮演重要角色。 这些工具共同构成了CaCLEAN算法框架的基础,为深入理解心肌细胞内钙瞬变机制提供了强大的技术手段。
  • 算-fun:总蓄水-MATLAB
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    本项目为MATLAB开发的水量计算工具,专注于计算系统的总蓄水量。通过输入相关参数,用户可以轻松获取精确的水量数据,适用于水利、环境科学等领域研究与应用。 标题“总蓄水量变化-MATLAB开发”表明这是一个关于使用MATLAB进行水文数据分析或模拟的项目。MATLAB是一种强大的数学计算软件,在科学与工程领域广泛应用,特别是在水资源管理方面用于数据处理、建模及可视化。该项目的重点可能是追踪并分析某一特定水域(如水库、湖泊或地下水)蓄水量随时间的变化。 “总蓄水量变化”这一描述指的是一个动态过程,可能包括监测和研究不同时间段内水体的蓄水量。这通常涵盖降雨量、蒸发率、流入与流出等因素对蓄水量的影响,在水资源管理中至关重要。在MATLAB里,这种变化可以通过导入并处理时间序列数据,并进行统计分析及可视化来实现。 压缩包文件“fun_point.zip”可能包含以下内容: 1. **函数文件** (function.m): 定义自定义操作的MATLAB代码,如计算蓄水量、处理数据或绘制图表。 2. **脚本段落件** (script.m): 包含执行一系列MATLAB命令来完成整个分析流程的代码。 3. **数据文件**: 存储实际的数据集,可能是CSV格式(用于文本数据)或MAT格式(适用于MATLAB内部使用的二进制数据)。 4. **配置文件** (config.txt等): 可能包含时间间隔、计算方法等参数设置信息。 5. **图文件** (figure.fig): MATLAB保存的图形文件,展示蓄水量随时间变化的趋势。 在使用MATLAB进行总蓄水量分析时,步骤可能包括: 1. 数据导入:利用`readtable`或`load`函数读取数据,并将其加载到工作空间中。 2. 数据预处理:清洗和准备数据,可能涉及单位转换、缺失值填充等操作。 3. 计算蓄水量:根据输入流量、输出流量及初始蓄水量计算每个时间点的水体容量变化。 4. 时间序列分析:应用统计方法来识别趋势或模式,如移动平均法或绘制趋势线。 5. 可视化:使用`plot`, `plotyy`, 或其他绘图函数创建图表展示结果。 通过这个项目,学习者可以掌握MATLAB的数据处理技巧、时间序列分析及水文学建模与可视化的技术。这对于从事水资源管理和环境保护的研究人员来说非常重要。
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    本项目基于MATLAB开发,专注于利用心脏扩散MRI技术进行心肌DWI及DTI成像分析,旨在深入研究心肌结构与功能。 此存储库包含或将包含以下内容: - 在MATHEMATICA中调整了自旋回波单极、自旋回波双极、受激回波采集模式单极、两次重新聚焦以及两次重新聚焦的序列图,包括bmatrix、M0-M1-M2、速度偏移和麦克斯韦梯度矩。 - C. Tous等人 (2020) 在 MATLAB 中发表的文章中介绍的先天性心脏病 (CHD) 标本的弥散加权图像 - 使用 MRTRIX 软件处理的,C. Tous 等人 (2020) 的文章中介绍的 CHD 标本的牵引成像 参考文献: Tous, C., Gentles, TL, Young, AA et al. Ex vivo cardiovascular magnetic resonance diffusion weighted imaging of congenital heart disease: microstructural insights into tetralogy of Fallot with double outlet right ventricle and tricuspid atresia in a single systemic right ventricular system. J Cardiovasc Magn Reson 22, 69 (2020). https://doi.org/10.1186/s12968-020-00662-8
  • 信号率测模块-MATLAB
    优质
    本项目专注于MATLAB环境下信号频率测量模块的开发与优化,旨在提供高效、精确的频谱分析解决方案。 此块使用计数器来计算每秒的周期数量,并从这些数据中得出频率值。该模块提供了三种选择: 1. 外部输入。 2. 工作区信号。 3. 测试信号。 希望这能对你有所帮助,请告知我这段描述是否存在问题。