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日本晴的参考基因组

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简介：
《日本晴的参考基因组》一文提供了对水稻品种日本晴全面而详尽的遗传信息，为研究及改良水稻作物提供重要资源。 粳稻参考基因组日本晴主要常用的有两个版本，分别为The Rice Annotation Project (RAP) 和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）。这两个版本分别由不同的团队维护，因此它们的注释基因数量和登录号也不相同。在RAP中，格式为“Os-Chr-g-number”，而在MSU中的格式则是“LOC_Os-Chr-g-number”。

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  • 日本晴的参考基因组
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    《日本晴的参考基因组》一文提供了对水稻品种日本晴全面而详尽的遗传信息，为研究及改良水稻作物提供重要资源。 粳稻参考基因组日本晴主要常用的有两个版本，分别为The Rice Annotation Project (RAP) 和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）。这两个版本分别由不同的团队维护，因此它们的注释基因数量和登录号也不相同。在RAP中，格式为“Os-Chr-g-number”，而在MSU中的格式则是“LOC_Os-Chr-g-number”。
     
  • 人参考基因组
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    人类参考基因组是指用于研究和比较的人类遗传信息的标准序列，它代表了人类基因组的基础模板，为遗传学、医学研究提供了重要依据。 人类参考基因组 一、人类参考基因组的来源 1. 人类基因组计划 - 2001年草图：绘制了人类基因组图谱。 2. 数据库名称： - UCSC: hg19, hg38 - NCBI: GRCH19, GRCH38 二、如何下载参考基因组 在 Linux 中，可以通过以下命令下载参考序列数据库： 1. 对于 hg38：使用 wget 命令下载 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz。 2. 对于 hg19：使用 wget 命令下载 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz。请注意，下载时间会有所不同。
     
  • SeqExtract: 根据基因名称从参考基因组中抽取序列
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    SeqExtract是一款高效的生物信息学工具，专门用于依据给定的基因名称自动从参考基因组数据库中提取目标DNA或RNA序列。 序列提取可以通过给出基因名称从参考基因组中提取相应的序列。 `rescue.py` 和 `seq_extract_rescue.py` 脚本用于从宇宙文件中恢复缺失的基因。 - `seq_extract.py` 只需要提供文件名作为输入参数。 - 使用 `seq_extract_rescue.py` 时，需要以下先决条件： - GTF 文件（基因转换格式） - 人类参考基因组 - 宇宙基因列表或特定基因名称列表 #### 先决条件系统环境包括： - pybedtools 库 - pysam 库 - Python 版本：2.7 ##### 使用说明： ``` usage: seq_extract_rescue.py [-h] -g file -t gtf_file -r ref_genome [-o STR] [-p STR] [-b INT] [-f] [-c] ``` 该命令用于提取目标基因并生成相关序列。
     
  • ILI2510参考设计资料（版本日期：20181113）.zip
    优质
    该文档包含ILI2510显示驱动芯片的参考设计资料，包括电路图、原理说明及相关配置信息，适用于需要使用此芯片进行开发的设计人员。版本更新至2018年11月13日。 奕力经典触摸IC-ILI2510最新参考设计包括原理图和PCB参考。
     
  • PM_DICOT基因组的MAKER2注释: 四个基因组的研究
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    本研究采用MAKER2工具对四个不同PM_DICOT植物基因组进行深入注释分析，旨在揭示这些物种独特的遗传信息与进化关系。 MAKER2_PM_genome_annotation 使用 MAKER2 对四个 DICOT PM 基因组参考进行注释的软件与数据： **软件先决条件：** - RepeatModeler（版本 1.0.4），包括所有依赖项，如 NCBI BLAST。 - RepeatMasker（版本 4.0.5）和 RepBase（使用的是2015年8月7日版）。 - MAKER 版本 2.31.9 或其他任何版本 2 发行版均可。 - Augustus 版本 3.3 - BUSCO 版本 3 - SNAP - BEDtools（版本为2.24.0） **原始数据/资源：** 1. 基因组支架文件： - > Genome.fa: 使用 CLCbio 从头组装的参考基因组。 - 脱氨修饰 = 是 - 脱氨限制 = 2 - 质量修剪 = 是 - 质量限
     
  • 晴天软件版本1.0
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    晴天软件是一款简洁实用的生活服务类应用，致力于为用户提供精准天气预报、实时气象更新及未来多日天气预测等功能，帮助用户轻松应对各种天气变化。 晴天软件1.0是一款专为用户设计的应用程序。它提供了多种功能和服务，旨在提升用户体验并满足不同需求。通过简洁直观的界面和强大的性能，该软件致力于帮助用户更高效地完成日常任务，并享受更加便捷的生活方式。
     
  • 基于Excel的日参考蒸散发(ET0)计算程序參考
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    简介：本软件是一款基于Microsoft Excel开发的日参考作物蒸散发（ET0）自动计算工具，采用Penman-Monteith公式，操作简便，结果精准。适合农业、气象等领域研究人员使用。 该Excel计算程序可以方便地计算日值参考蒸散发ET0。所需的数据包括气象站点的日纬度、高程以及每日的平均气温、水汽压、风速和日照时数。在将数据放置到相应位置后，点击计算按钮即可获得日参考蒸散量ET0。
     
  • 基于Sun方案的日本最大基因分析系统
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    本项目采用Sun公司的技术构建了日本规模最大的基因分析系统，大幅提升了遗传信息处理能力，推动生物医学研究进展。 人类基因组研究中心（HGC）是日本东京大学医学科学院的一个部门，配备了Sun Fire 15000服务器用于该中心的人类基因组分析系统。由于Sun高端64位服务器的卓越性能，此系统的运行自2003年1月1日起十分顺利。值得一提的是，东京大学这一基因组分析系统是全球第二大基于Sun Fire 15000服务器构建的超级集群系统之一。
     
  • rRNA的基因组预测
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    rRNA的基因组预测研究致力于通过生物信息学方法分析和识别特定物种基因组中rRNA（核糖体RNA）的编码区域。这项工作对于理解基因功能、进化关系及生命科学研究具有重要意义。 基因组核糖体RNA预测应用于真菌、细菌及线粒体，并统计rRNA的类型、拷贝数以及序列长度在基因组中的占比，同时能够输出rRNA序列。
     
  • 清华大学卓晴直立车设计参考方案（2011年版）.rar
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    本资料为2011年版《清华大学卓晴直立车设计参考方案》，涵盖直立车的设计理念、机械结构和控制策略等内容，适用于教育与研究。 第七届全国大学生“飞思卡尔”杯智能汽车竞赛电磁组的清华卓晴直立车参考设计方案（2011年）。