
基于MATLAB的偏最小二乘法检验代码- GeneExp_and_CNV_FCsignatures
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简介:
本项目基于MATLAB开发,实现偏最小二乘法(PLS)用于分析基因表达和拷贝数变异的标志物信号强度数据集,以揭示二者间的潜在关联。
这段文字描述了一个用于再现偏小二乘法(PLSR)分析的MATLAB代码包,名为GeneExp_and_CNV_FCsignatures。该代码旨在重现AHBA基因表达的空间模式与16p11.2缺失及22q11.2缺失功能特征之间的关联结果。
依赖关系:
此代码是在R2019b版本中编写和测试的,并包含了再现报告分析所需的数据,以用于重现偏最小二乘回归(PLSR)分析以及每个基因的相关性分析。运行script_call_PLSR_and_CorrPerGene.m脚本将调用两个子脚本:
- codescript1_call_PLSR_nodal_and_regional.m
- codescript2_call_CorrPerGene.m
最终,偏最小二乘回归(PLSR)的结果包括解释的百分比方差(PCTVAR)和p值,以及每个基因相关性分析结果中的Pearson r、p值及FDR p值。这些结果将被保存为.xlsx文件在data文件夹中。
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