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Covid-CXR:利用神经网络模型根据存在特征对胸部X光片进行COVID-19分类

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简介:
Covid-CXR项目采用先进的神经网络模型,专注于分析胸部X光图像中的特定特征,以实现对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的精准诊断和分类。 该项目的目标有三个方面:(1)开发一种机器学习算法来区分COVID-19阳性个体的胸部X射线与其他类型的胸部影像;(2)促进模式发现;以及(3)构建一个更健壮且可扩展的基础架构,用于训练各种类型数据上的机器学习模型,以帮助全球应对COVID-19。我们希望吸引机器学习从业者和医疗保健专业人士贡献他们的专业知识来参与此项目。如果您有兴趣提供支持或通过共享数据的方式加入,请联系我们;否则,您可以自由地尝试这个仓库中的代码库。 最初由加拿大伦敦市的市政人工智能应用实验室的Blake VanBerlo开发了模型,并且该模型已经在包含标记为COVID-19感染呈阳性的X射线、正常胸部影像以及描述其他肺炎证据的影像的数据集上进行了训练。目前,我们使用可解释性方法(如LIME)来帮助理解这些模型的工作原理。 该项目需要更多专家的知识和贡献以进一步发展和完善。

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客服
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  • Covid-CXRXCOVID-19
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    Covid-CXR项目采用先进的神经网络模型,专注于分析胸部X光图像中的特定特征,以实现对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的精准诊断和分类。 该项目的目标有三个方面:(1)开发一种机器学习算法来区分COVID-19阳性个体的胸部X射线与其他类型的胸部影像;(2)促进模式发现;以及(3)构建一个更健壮且可扩展的基础架构,用于训练各种类型数据上的机器学习模型,以帮助全球应对COVID-19。我们希望吸引机器学习从业者和医疗保健专业人士贡献他们的专业知识来参与此项目。如果您有兴趣提供支持或通过共享数据的方式加入,请联系我们;否则,您可以自由地尝试这个仓库中的代码库。 最初由加拿大伦敦市的市政人工智能应用实验室的Blake VanBerlo开发了模型,并且该模型已经在包含标记为COVID-19感染呈阳性的X射线、正常胸部影像以及描述其他肺炎证据的影像的数据集上进行了训练。目前,我们使用可解释性方法(如LIME)来帮助理解这些模型的工作原理。 该项目需要更多专家的知识和贡献以进一步发展和完善。
  • CNNCT扫描中的COVID-19:基于卷积的技术
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    本研究探讨了利用卷积神经网络(CNN)技术对胸部CT影像进行新冠肺炎(COVID-19)分类的应用与效果,提供了基于深度学习的诊断新思路。 请通过创建新期刊或发送电子邮件的方式提供反馈!如果您喜欢这个项目,请为该存储库点赞! 此仓库包含两个Jupyter笔记本(位于notebooks文件夹中): 1. 卷积神经网络简介:本笔记本向不熟悉深度学习领域的人介绍了深度神经网络(DNN)和卷积神经网络(CNN)。我解释了DNN中的关键组件,以及为什么需要使用CNN进行图像分类,并说明了使CNN在这一任务上表现强大的功能。 2. 基于CT扫描的COVID-19分类:本笔记本介绍了一个由我们团队基于tensorflow.keras构建的用于对胸部CT扫描进行COVID-19分类的卷积神经网络(CNN)。该工作是为INFORMS QSR竞赛准备的一个项目。我们的团队成员包括A/P、另一位同事以及我自己。 所使用的CT扫描数据集来自一个公开的数据源,关于此工作的详细信息可以在预印本中找到。
  • ChestRayXNet: 微调密集X图像
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    ChestRayXNet是一种基于微调密集网络架构的模型,专门用于胸部X光影像的自动分类。该系统在处理医疗数据时展现了高精度与高效性,在疾病诊断中具有广泛应用前景。 基于NIH ChestX-ray14的肺部疾病诊断项目是一种高性能的胸部X射线图像多标签分类算法,有助于放射科医生更准确地诊断肺部疾病。该项目为我提供了大量关于如何训练DenseNet121的信息。 所有在NIH ChestX-ray14数据集上进行训练的模型都可以下载,并通过解压缩*.tar.gz文件来快速开始使用该数据集。具体操作是在终端中运行`tar -xvzf *ZIPFILENAME*`,其中*ZIPFILENAME*是您要解压的.tar.gz文件名。 为了确保程序正常运行,请在shell/write_all.sh脚本中的--dataset_dir标记处修改图像路径以匹配您的工作环境设置。完成这些步骤后,将当前的工作目录更改为ChestRayXNet,并执行`write_all.sh`命令来处理所有112,120幅胸部X射线影像。
  • Covid-19检测X影像:深度析以诊断新冠肺炎病症...
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    本研究探讨运用胸部X光影像进行COVID-19检测的有效性与准确性,并深入分析其在诊断新冠肺炎方面的应用潜力。 该项目通过胸部X射线图像利用深度学习技术诊断COVID-19疾病。项目使用了Flask Web GUI,并附有相关屏幕截图展示。在这一研究中,DenseNet121架构被应用于图像分类任务,达到了高达99%的准确率。此外,还提供了模型的分类报告和混淆矩阵以供参考。
  • WHO-COVID-19:WHO的COVID-19
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    这段简介可以这样写:“WHO-COVID-19数据”提供世界卫生组织关于全球新型冠状病毒肺炎疫情的关键统计数据和报告,包括感染、死亡及疫苗接种情况等信息。 标题中的“WHO-COVID-19数据:WHO COVID-19数据”指的是世界卫生组织(WHO)发布的关于COVID-19大流行的数据集。这个数据集包含了全球范围内COVID-19疫情的相关统计信息,可能包括病例数、死亡数、康复情况和疫苗接种等关键指标,用于研究、监测和报告疫情的发展。 描述虽然简洁,但暗示了这是一个与COVID-19疫情相关的数据资源,由WHO提供,并且可能是以结构化数据格式(如CSV或JSON)存储的。这些数据通常会定期更新,以便反映最新的疫情状况。 标签“Python”表明这个数据集可能涉及使用Python编程语言进行处理、分析和展示这些COVID-19数据。Python是数据科学领域广泛使用的语言之一,因为它拥有丰富的库和工具,如Pandas用于数据处理,Matplotlib和Seaborn用于数据可视化。 在压缩包文件“WHO-COVID-19-Data-master”中,“master”通常指代主分支或主版本,这可能是一个Git仓库的名称。这意味着这个数据集可能有一个源代码管理历史,并包含不同时间点的更新记录。用户可以从中获取到数据的最新版本和历史版本,以便进行时间序列分析或比较不同时期的疫情趋势。 在这个数据集中,用户可能会找到以下知识点: 1. 数据结构:了解如何读取并解析各种数据文件格式,如CSV、JSON或XML。 2. 数据清洗:学习处理缺失值、异常值以及重复数据以确保分析结果准确无误。 3. 时间序列分析:通过Pandas的date_range函数来处理日期,并研究每日、每周和每月疫情的变化情况。 4. 数据探索:使用描述性统计方法,如均值、中位数及标准差等,理解数据的基本特征。 5. 数据可视化:利用Matplotlib或Seaborn创建图表以展示病例随时间变化的趋势(折线图)、各国之间病例数量的对比分析(条形图)以及疫情分布情况(热力图)。 6. 地理空间分析:如果数据包含地理位置信息,可以使用geopandas和folium库进行地图绘制与地理数据分析。 7. 统计建模:应用回归模型预测未来趋势或死亡率,并采用ARIMA、LSTM等时间序列模型对疫情发展做出准确的预判。 8. 数据交互:构建Web应用程序(如Flask或Django框架)将分析结果展示为互动式仪表板,使公众能够实时查看最新的疫情数据。 通过学习和实践这些知识点,研究人员及分析师可以更好地理解和应对全球公共卫生危机,并且提高个人在数据分析与处理方面的能力。
  • 使MATLAB绘制covid-19 SEIAR的拟合图形-covid-19-SEIAR
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    本项目利用MATLAB软件,构建并模拟了Covid-19疫情下的SEIAR(易感、暴露、感染、隔离、恢复)流行病学模型,并绘制相应的数据拟合图。 在MATLAB中使用拟合出的代码绘制图形需要先安装并克隆名为dataAndModelsCovid19的存储库。可以通过命令行输入`git clone https://github.com/gasilva/dataAndModelsCovid19.git`或通过GitHub桌面应用进行操作。 使用方法:直接在源.py文件中修改变量opt来选择不同的选项,如下: - `opt=0`: 显示所有图表 - `opt=1`: 绘制冠状病毒对数图 - `opt=2`: 逻辑模型预测 - `opt=3`: 增长率的柱状图显示 - `opt=4`: 对数图+柱状图组合显示 - `opt=5`: SEAIR-D模型 当`opt=0`时,可以选择要绘制在对数图表中的国家以分析增长率。所有国家都可用。 准备绘图数据: ```python country1=US country2=Italy country3=Brazil ``` 以上是使用MATLAB进行COVID-19数据分析和图形展示的基本步骤。
  • 基于LSTM的中国境内COVID-19疫情建
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    本研究采用长短期记忆(LSTM)神经网络对中国境内新冠疫情进行建模和预测,旨在深入理解病毒传播规律并为防控策略提供科学依据。 使用Python的Keras包来构建LSTM模型(请先安装Keras包),用疫情前七天的数据作为训练集,通过LSTM神经网络实现对疫情的预测。
  • DiabetesNeuralNetwork: Keras健康数糖尿病风险
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    DiabetesNeuralNetwork是一款基于Keras开发的深度学习模型,通过分析个人健康数据来预测个体患糖尿病的风险。该模型利用神经网络技术对复杂的数据模式进行高效分类,为预防和早期诊断提供科学依据。 使用Keras构建的神经网络可以根据健康数据对糖尿病风险进行分类。
  • 【BPSPA的BP及Matlab代码
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    本研究采用基于BP(Backpropagation)神经网络的方法,并结合Sparse Principal Component Analysis (SPCA) 特征提取技术,实现了高效的光谱数据分类。文中不仅详细介绍了模型构建过程和算法原理,还提供了实用的Matlab代码供读者参考与实践。 光谱分类是遥感图像处理领域的重要任务之一,它涉及到分析物体的光谱特性以区分不同的地物类型。BP(Back Propagation)神经网络作为一种经典的监督学习模型,在解决复杂的非线性问题上表现出色,包括对光谱数据进行分类。 本教程将探讨如何结合SPA(Singular Value Decomposition for Projection Pursuit,奇异值分解投影追求)特征选择方法与BP神经网络来提高光谱分类的精度。首先简要介绍BP神经网络的基础知识:它是一种多层前馈结构的模型,通过反向传播算法调整权重以最小化预测误差。 SPA特征选择技术在处理高维光谱数据时十分有效,因为它利用奇异值分解(SVD)来降维并提取最有区分力的特征。这一过程包括将原始数据矩阵分解为三个矩阵乘积,并根据奇异值排序选取最重要的特征向量,从而简化了数据结构并且减少了过拟合的风险。 在实际应用中,可以通过以下步骤使用SPA与BP神经网络进行光谱分类: 1. 数据预处理:清洗并标准化光谱数据。 2. 特征选择:利用SPA方法对原始数据降维提取关键特征。 3. 网络构建及训练优化:基于MATLAB中的神经网络工具箱,设置合适的BP网络结构,并使用经过SPA处理的特征进行模型训练与参数调整以达到最佳性能表现。 4. 验证测试阶段:应用独立的数据集来验证分类器的有效性。 尽管深度学习技术(如卷积神经网络和递归神经网络)在许多领域取得了突破性的进展,但对于特定的小规模任务而言,传统的BP神经网络仍然是一种有效的解决方案。通过结合SPA特征选择与BP模型的使用方法不仅能够简化模型结构还能显著提高光谱分类的效果,在遥感、地球科学等领域中具有广泛的应用前景。 总结来说,本教程提供了一种有效的方法来处理光谱数据的分类问题,并利用MATLAB代码实现整个流程,便于学习和应用。
  • 美国的Covid-19预测(covid-us-forecasts)
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    Covid-US-Forecasts提供针对美国COVID-19疫情的专业预测和分析,包括感染率、住院人数及疫苗接种趋势等数据,为公众与政策制定者提供决策参考。 该存储库旨在对美国的Covid-19进行预测并做出贡献。我们使用了一组模型来预测各州内的死亡人数,这些模型包括: - rt估计(EpiNow2):位于models/rt目录下; - 作为案例卷积的死亡数估计(EpiNow2),位于models/deaths-conv-cases目录中; - 时间序列方法的平均集合,在models/timeseries目录内。 为了整合这些模型,我们采用了一种在特定视野和训练窗口范围内进行分位数回归的方法。最终预测结果是通过从scoringutils选择适当的评分规则来确定的。我们的团队每周都会对美国及选定州份未来一周内的累计死亡人数与事故相关死亡人数做出预测更新。 此外,对于更多正在进行的工作,请参见相应部分;其他国家或地区的Rt估算和预报信息也已在存储库中提供。本项目由伦敦卫生与热带医学院传染病数学建模中心的成员共同完成,包括山姆·雅培(@seabbs)及凯思·谢拉等贡献者。