
CRISPR Primer Designer v1.1.2 (x64版本)。
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简介:
CRISPR primer designer软件提供本地运行的单机版基因编辑引物设计工具,旨在提升基因编辑的特异性,并具备自动分析Blast比对结果的功能,从而直接生成最终的引物序列。该软件内置了拟南芥和水稻的基因组序列,同时支持用户自定义基因组,扩展到包括人、小鼠、果蝇、斑马鱼等多个物种的基因编辑引物设计。操作流程如下:首先,将目标基因的 CDS 序列(即编码区序列)粘贴到提供的文本框中,并勾选“Local blast”选项,然后点击“Search PAMs”按钮。随后,弹出的对话框中,用户需选择合适的背景基因组(软件内置了拟南芥和水稻的基因组序列,也可以上传其他物种的分子染色体基因组),并点击“Blast”按钮以启动系统搜索。系统将对所有匹配的 PAM 进行评分;评分越低表示脱靶概率越小,因此建议优先选择没有分值的 PAM。最后,选择一个分数最低的 PAM 作为候选者,再根据所使用的载体名称进行选择(软件内置了一些常用的载体接头序列,用户也可以自定义其他载体),系统便会直接输出最终的引物序列! 获得引物序列后,请将其复制并进行合成操作以完成整个过程。参考文献:Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.
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