abagen：处理艾伦人脑图谱微阵列表达数据的工具箱

简介：
Abagen是一款专为研究者设计的Python工具箱，用于简化和优化对艾伦人脑图谱中基因表达数据的操作与分析。 abagen：艾伦大脑图谱遗传数据的工具箱 该软件包提供了一个Python界面，用于获取和使用AHBA（Allen Human Brain Atlas）微阵列表达数据。 2013年，艾伦脑科学研究所发布了这一数据集，包含从六个人脑中收集到的微阵列表达数据。此数据集提供了前所未有的机会来研究人脑的遗传基础，并已经产生了关于大脑区域和网络的新见解。然而，在大多数分析中有效利用AHBA微阵列表达数据通常需要（1）将其折叠到感兴趣的区域（例如包裹或网络）中，以及（2）跨供体进行组合。 尽管这可能看起来简单，但这些步骤中的许多分析选择会极大地影响所得数据及任何下游分析。Arnatkevičiūte等人在一项研究中对此进行了详细的探讨，证明了用于准备原始AHBA数据的技术和代码在已发布的报告中有很大的不同。 当前的Python软件包abagen旨在提供可重现的工作流，以处理和准备AHBA微阵列表达数据。