Lindemann是一个Python软件包，旨在计算Lammps轨迹的Lindemann指数。

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简介：
林德曼 (lindemann) 是一款 Python 软件包，专门设计用于计算 LAMMPS 轨迹中的 Lindemann 指数，并追踪每帧温度斜坡的 Lindemann 指数随时间的变化，从而为相变分析提供支持。为了方便使用，您可以使用 Python 3.7 和 pip 安装该软件包，具体命令为 `pip install lindemann`。或者，您也可以通过 Poetry 进行安装：`poetry add lindemann`。关于使用方法，可以参考 `lindemann [OPTIONS] TRJFILE`。请注意，即便使用了 `-t` 标志，在执行任何标志之前务必确认系统具备足够的可用内存。您可以通过 `-m` 或 `--mem_use` 选项来检查当前的内存使用情况。为了解决由于 numba 使用而可能出现的较高内存占用问题，建议采用带有轴的 numpy.nanmean() 函数进行处理。此外，为了提升效率，在本地计算机环境下运行时，我已添加了多处理功能以实现任务的并行化处理；如果您拥有可用于分配工作负载的高性能计算 (HPC) 环境，则可以充分利用其优势。

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Lindemann: 一个计算LAMMPS轨迹Lindemann指数的Python软件包

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Lindemann是一款用于计算分子动力学模拟中LAMMPS轨迹的Lindemann指数的Python工具包。它为分析晶格畸变和材料稳定性提供了便捷高效的解决方案。林德曼（Lindemann）是一个Python软件包，用于计算LAMMPS轨迹的Lindemann指数以及每帧温度斜坡上该指数的变化，以进行相变分析。安装方法如下： - 使用pip：`python 3.7 pip install lindemann` - 或者使用Poetry：`poetry add lindemann` 用法示例： ``` lindemann [OPTIONS] TRJFILE 或与Poetry一起使用： poetry run [OPTIONS] TRJFILE ``` 注意事项：尽管有-t标志，但在运行任何标志之前，请确保您有足够的可用内存。您可以使用-m 或 --mem_use 选项检查内存使用情况。对于高内存使用的修复方法，在使用带有轴的numpy.nanmean()函数时与numba兼容的情况下可以解决此问题。多处理功能：如果您没有可用于分配工作负载的HPC环境，则在本地计算机上，我添加了多处理来并行化任务。只需通过指定参数启用即可。

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