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R中的广义线性混合模型教程(glmm_tutorial)

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简介:
该存储库提供了一系列相对简短的教程,旨在介绍如何利用R语言对广义线性混合模型(GLMM)进行拟合和对比。 这些教程的内容灵感来源于Richard McElreath的优秀统计学课程“Statistical Rethinking”。 读者可以通过Richard McElreath的网站获取关于该材料的最新更新信息。 在编写此脚本时,我特别参考了课程期末考试中提出的若干问题,这些练习对我而言具有重要的启发作用,因为它清晰地表明了包含随机效应(也称为变化效应)不仅能够显著影响模型之间的相对排名,而且还能突出强调添加随机效应对固定效应估计的影响,通常情况下,我们关注模型中大部分参数。 本教程采用了R软件包lme4、AICcmodavg和rethinking。 为了比较不同拟合模型的优劣,我们使用了赤池信息准则(AIC)。 存储库中的glmm_tutorial_script.R文件包含了我的代码以及详细的教程注释和glmm_tutorial_d文件。

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客服
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  • GLMM:在R使用广线
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    本教程详细介绍如何利用统计软件R进行广义线性混合模型(GLMM)分析,适用于处理复杂数据结构的研究者和学生。 R中的广义线性混合模型教程该存储库包含(相对)简短的教程,介绍使用R拟合和比较模型的广义线性混合模型(GLMM)。 本教程的一般内容受到Richard McElreath出色的统计学课程“ Statistical Rethinking”的启发。有关该材料的最新信息可以在理查德的相关资源中找到。 特别是,在编写此脚本时,我借鉴了他在期末考试中提出的一系列问题。这些练习对我尤其有启示作用,因为它们说明包含随机效应(又称变化效应)不仅可以改变相对模型排名,而且还强调添加随机效应可以极大地影响我们对固定效应的估计(即通常情况下关心我们的模型中的大多数部分)。本教程使用R软件包lme4、AICcmodavg和rethinking。赤池的信息准则(AIC)用于比较拟合模型。 储存库内容包括: - glmm_tutorial_script.R:包含我的代码及教程注释 - glmm_tutorial_data: 相关数据文件
  • RSquared.GLMM: 广线效应R平方
    优质
    RSquared.GLMM是一款用于评估广义线性混合效应模型拟合优度的R包。它提供多种R平方计算方法,帮助研究人员全面评价模型解释数据变异的能力。 广义线性混合效应模型的R平方函数已被完全重写,并作为sem.model.fits包含在逐段sem.model.fits软件包中。此功能实现了Schielzeth和Nakagawa提出的用于广义线性混合效果模型的R2方法,通过为GLMER合并不同的链接函数并返回其他有用信息(例如模型规格)来改进MuMIn包中的r.squaredGLMM函数,以符合AIC值形式的标准。
  • 关于广线PDF文档
    优质
    本PDF文档深入探讨了广义线性混合模型(GLMM)的应用与理论基础,涵盖其在统计分析中的重要性和使用方法。 广义线性混合模型高清完整版的英文原版清晰度很高,主要介绍线性混合模型。
  • 基于软阈值MATLAB代码-GLMM:广线
    优质
    本作品提供了一种基于软阈值方法在MATLAB环境下实现广义线性混合模型(GLMM)的代码。该代码适用于处理复杂数据结构,尤其擅长于大数据集中的变量选择与参数估计。通过采用软阈值技术,有效提升了模型预测精度和计算效率。 软阈值MATLAB代码工具箱包含多个脚本和函数,用于使用广义线性混合模型(GLMM)处理高光谱数据的去混杂过程。该代码基于Lucas Drumetz及其同事提供的ELMM代码构建而成,并且可以出于非商业目的自由复制、使用及重新分发,只要保留此处提供的版权声明即可。 作者:Tales Imbiriba 日期:2018年4月 参考文献: [1] Imbiriba, T., Borsoi, R.A., Bermudez, J.C.M. (2018). Generalized Linear Mixed Models Considering Endmember Variability. 2018 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP). 内容包括: - GLMM_ADMM.m:执行与GLMM混合相关的功能 - GLMM_RealData.m:提供在实际高光谱数据集上使用该函数的示例 - real_data_1.mat:用于演示的实际数据集(DFC2013数据的一部分) - endmembers_houston.mat:演示中使用的参考端成员矩阵 - FCLSU.m:执行标准完全约束最小二乘分解的功能 - CLSU.m:执行标准部分约束的最小二乘分解的功能 - SCLSU.m:执行缩放版本的CLSU功能
  • MATLAB广线代码
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    本段落介绍如何在MATLAB中使用相关函数和工具箱来实现广义线性模型的构建与分析,包括数据准备、模型拟合及结果解释。 这段文字描述了一个关于广义线性模型的MATLAB代码集合(glmlab),其中包括了相关的使用说明。
  • 广线回归.zip
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    本资料介绍了广义线性回归模型的概念、原理及其应用。通过实例分析展示了如何使用该模型解决实际问题,并提供了相关的代码和数据集以供读者实践学习。适合统计学与机器学习领域的研究者及学生参考。 广义线性回归分析的MATLAB程序可以运行,并且代码中有详细的调用方法和示例。
  • 带有稀疏约束高光谱解广线
    优质
    本研究提出了一种基于稀疏约束的高光谱解混广义双线性模型,旨在提高高光谱图像中材料端元及丰度矩阵的提取精度。该方法通过引入稀疏表示,有效减少了噪声干扰和计算复杂度,为遥感领域提供了新的分析工具。 高光谱解混的稀疏约束广义双线性模型
  • 线效应分析
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    简介:混合线性效应模型是一种统计方法,用于处理数据中存在层次结构或相关性的复杂情况,适用于包含固定和随机效应的研究设计。 混合线性模型的应用介绍包括该模型的结构、固定效应项以及随机效应的意义。对于具有内部相关性的数据,推荐使用混合线性模型进行分析。通过一个具备聚集性结构的例子和另一个涉及重复测量的数据集来阐述如何应用这种方法及其步骤。
  • BRMS:基于Stan贝叶斯广多元非线多层次R
    优质
    BRMS是一款利用Stan引擎实现贝叶斯统计分析的R软件包,特别适用于构建复杂的广义多元非线性多层次模型,为用户提供灵活且高效的建模解决方案。 brms程序包提供了一个接口,使用Stan来拟合贝叶斯广义(非)线性多元多级模型。这个C++程序包执行完整的贝叶斯推理。公式语法与lme4软件包相似,为回归分析提供了熟悉且简单的界面。brms支持广泛的响应分布,使用户能够在多级上下文中拟合各种类型的模型,包括但不限于:线性、稳健线性、计数数据、生存时间、反应时间、有序和零膨胀等模型以及自定义混合模型。此外,它还提供非线性和光滑项的建模选项,并支持缺失值插补及自相关结构。 brms允许预测响应分布的所有参数以执行分布回归,并且可以拟合具有多个响应变量的多变量模型。用户可以根据自己的实际信念灵活地指定先验规范。该程序包提供了评估模型拟合度的方法,包括后验预测检查、交叉验证和贝叶斯因素比较等工具。