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基于SHAP值的COX模型变量间关系分析:boruta+treeshap+立方样条拟合

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简介:
本研究采用Boruta算法与TreeSHAP方法结合立方样条拟合技术,深入探究了基于SHAP值的Cox模型中变量间的复杂关系,旨在提高生存数据分析的透明度和可解释性。 使用Boruta算法筛选变量后,构建随机森林模型,并通过treeshap计算SHAP值。再利用rcs拟合变量间的关系,以展示一个特定变量对结局变量贡献度随其自身取值变化的模式及其关键转折点,从而为决策提供支持。 传统的RCS分析仅能探究连续型自变量之间的关系及斜率的变化点;而基于SHAP值进行的RCS分析则能够处理包含分类和连续混合类型的数据集,并且可以确定某个特定变量对结局变量贡献方向转变的关键节点,这是传统方法所不具备的功能。

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  • SHAPCOXboruta+treeshap+
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    本研究采用Boruta算法与TreeSHAP方法结合立方样条拟合技术,深入探究了基于SHAP值的Cox模型中变量间的复杂关系,旨在提高生存数据分析的透明度和可解释性。 使用Boruta算法筛选变量后,构建随机森林模型,并通过treeshap计算SHAP值。再利用rcs拟合变量间的关系,以展示一个特定变量对结局变量贡献度随其自身取值变化的模式及其关键转折点,从而为决策提供支持。 传统的RCS分析仅能探究连续型自变量之间的关系及斜率的变化点;而基于SHAP值进行的RCS分析则能够处理包含分类和连续混合类型的数据集,并且可以确定某个特定变量对结局变量贡献方向转变的关键节点,这是传统方法所不具备的功能。
  • Boruta+SHAP回归R语言Shiny应用程序构建
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    本研究利用R语言开发了一个集成Boruta算法和SHAP值的特征选择模块,并结合立方样条回归模型,创建了交互式的Shiny应用,以优化数据预测精度。 Boruta+SHAP分析与立方样条回归分析流程结合成一个快速发现变量间关系的数据分析过程,并将其整合到一款APP中,实现了便捷高效的数据处理功能。同时该应用展示了shinyAPP的构建方法,采用流行的shiny和bslib库技术,包含isolate语法、主题切换及忙碌指示等功能元素。推荐对数据分析与shinyAPP开发感兴趣的人士下载使用。
  • Matlab代码Cox-R:
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    本资源提供利用MATLAB实现Cox比例风险模型的代码,适用于生存分析中的数据拟合与模型评估。通过R语言接口增强功能,便于科研和数据分析人员使用。 这是我为客户、同事或我自己编写的各种R和其他代码的地方,用于学习和演示。 尽管许多成熟的R包可以轻松实现大多数功能,但我仍尝试将一些注释良好且概念清晰的代码组合在一起以从头开始构建。 通常使用这些程序包提供示例来比较结果。 最近,我一般创建某种类型的文档而不是标准的*.R文件,因此您也可以检出该存储库。 模型拟合 与各种型号的拟合相关的代码: 一因素随机效应、二因素随机效应... 贝叶斯(主要是斯坦) 具有beta响应的混合模型等 SC和TR 仓库的这一部分已被弃用,但曾经是“短期课程”和“技术报告”的一部分。 请改为查看信息库或转到网站的相关部分,在其中可以找到成品。 其他 一些随机的小项目: FizzBuzz测试、递归地反转字符串、递归换行等。
  • 杂波
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    本文探讨了针对复杂信号环境中杂波特性进行建模与拟合的方法,旨在提高目标检测和识别精度。通过理论分析与实验验证相结合的方式,对比多种模型的有效性及适用场景,为雷达系统优化提供依据。 该代码详细介绍了海杂波的各个模型的拟合方法,包括锐利分布、威布尔分布、对数正态分布以及k分布。
  • 用R绘制Cox回归限制性代码
    优质
    本代码示例展示如何使用R语言进行Cox比例风险模型中的限制性立方样条分析,并绘制相关图形。适合生物统计和医学研究中数据分析需求。 R绘制cox回归限制性立方样条图的代码示例可以这样描述:使用R语言编写用于创建Cox回归模型限制性立方样条图的脚本。这样的代码通常会包括加载必要的库,如`spline`或`survival`包,并定义数据集、拟合模型以及绘制图形的具体步骤。
  • 配准法实现
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    本研究提出了一种利用样条插值技术进行时间序列数据配准的方法,有效提升了不同时间尺度数据间的对齐精度和连续性。 使用样条插值法实现时间配准的MATLAB仿真。
  • MATLAB中三次
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    简介:本文介绍了在MATLAB环境下进行三次样条插值的方法与技巧,帮助用户实现数据的平滑拟合和高效分析。 选用三次样条插值函数作为拟合函数可以保证拟合函数的二阶导数连续,并且能够获得较为精确的拟合结果。
  • 稳定
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    稳定性的数值模拟条件分析专注于研究和探讨确保数值模拟过程中的稳定性因素与条件,包括算法选择、初始及边界条件设定等关键议题,旨在提高计算结果的准确性和可靠性。 ### 数值模拟稳定条件 #### 一、引言 在进行数值模拟时,尤其是在使用MATLAB等工具进行有限差分法求解偏微分方程的过程中,稳定性是确保计算结果可靠性和准确性的关键因素之一。本段落将围绕“数值模拟稳定条件”这一主题,详细介绍其在MATLAB有限差分中的应用及其重要性,并通过具体的理论分析和实例探讨来加深理解。 #### 二、数值模拟基础 1. **数值模拟概述**: 数值模拟是一种利用计算机对物理过程或系统的数学模型进行计算的方法。它能够解决许多复杂的实际问题,特别是在难以获得精确解析解的情况下更为有效。 2. **有限差分法简介**: 有限差分法是一种将连续的偏微分方程转化为离散形式的方法,适用于求解各种类型的偏微分方程。该方法通过将空间和时间域离散化为网格点,在这些点上用差分公式近似偏导数,从而得到代数方程组。 #### 三、稳定条件的概念 1. **稳定性定义**:在数值模拟中,稳定性指的是当时间步长和空间步长趋于无穷小的过程中,数值解不会无限制地增长或减小。即数值解的变化应在可接受范围内。 2. **稳定条件的重要性**: 稳定性是数值模拟中最基本的要求之一,不稳定的算法会导致计算结果发散,无法反映真实的物理现象。在实际应用中,选择合适的稳定条件可以帮助我们合理设置时间步长和空间步长,从而保证计算的有效性和效率。 #### 四、MATLAB有限差分中的稳定条件 1. **CFL条件**(Courant-Friedrichs-Lewy condition): CFL条件是判断显式有限差分方案是否稳定的必要条件。具体而言,对于一维问题,CFL条件可以表示为:\[ C = \frac{u\Delta t}{\Delta x} \leq 1 \] ,其中 \( u \) 表示速度,\( \Delta t \) 和 \( \Delta x \) 分别是时间步长和空间步长。该条件表明为了保证数值解的稳定性,信息传播距离(即速度乘以时间步长)不应超过一个网格单元的大小。 2. **其他稳定条件**: 除了CFL条件外,根据具体的偏微分方程类型,还可能涉及到其他类型的稳定条件。例如隐式方法的稳定条件通常比显式方法宽松得多。对于非线性问题或高维问题,则需要考虑更复杂的稳定条件和求解方法。 #### 五、案例分析 假设我们要使用MATLAB对一维热传导方程进行数值模拟: 1. **方程描述**:\[ u_t = D u_{xx} \],其中 \( u \) 表示温度,\( D \) 是热扩散系数。 2. **有限差分格式**: - 显式格式为:\[ u_i^{n+1} = u_i^n + r(u_{i+1}^n - 2u_i^n + u_{i-1}^n)\],其中 \(r = D \frac{\Delta t}{(\Delta x)^2}\)。 - 隐式格式为:\[ u_i^{n+1} - r(u_{i+1}^{n+1} - 2u_i^{n+1} + u_{i-1}^{n+1}) = u_i^n \]。 3. **稳定条件分析**: 显式格式的稳定条件为 \(r \leq 0.5\)。隐式格式则没有显式的稳定条件限制,但需要通过迭代求解来实现计算。 #### 六、总结 数值模拟中的稳定条件对于确保计算结果的可靠性和准确性至关重要。通过对MATLAB有限差分方法的介绍以及具体案例分析,我们可以更好地理解如何在实际应用中选择合适的稳定条件,并提高数值模拟的效率和精度。无论是初学者还是专业人士,掌握这些基础知识都将有助于更深入地探索数值模拟领域并解决更多复杂的问题。
  • 队列研究Cox比例风险
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    本研究运用队列研究数据及Cox比例风险模型,探讨特定因素与事件发生率之间的关系,评估风险比,为公共卫生决策提供依据。 本段落介绍了一项关于气候变化和空气污染对全球健康影响的研究。研究团队利用队列研究和Cox比例风险模型分析了来自世界各地的数据。结果显示,气候变化与空气污染显著增加了心血管疾病及呼吸系统疾病的患病率。此外,减少温室气体排放并改善空气质量可以有效降低这些健康问题的风险。这项研究为制定应对气候变化和空气污染的全球卫生政策提供了重要的科学依据。
  • 法:使用独...
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    本研究提出了一种新颖的模式分解技术,利用独立成分分析(ICA)有效分离混合信号中的独立源。该方法在数据分析中展现出强大的应用潜力和准确性。 此示例文件展示了使用受脉冲激励的2DOF系统的独立分量分析(ICA)进行模式形状识别的过程。需要注意的是: - 选择的2DOF系统具有正交模式。 参考文献: [1] Al Rumaithi, Ayad,“动态结构参数和非参数系统识别方法的应用”(2014年)。 [2] Al-Rumaithi、Ayad、Hae-Bum Yun 和 Sami F. Masri。 “Next-ERA、PCA 和 ICA 模式分解的比较研究。” 模型验证和不确定性量化,第 3 卷。Springer, Cham,2015 年。113-133。