MSFragger：在蛋白质组学中实现极速且全面肽段识别的质谱工具

简介：
MSFragger是一款先进的质谱分析软件，专门设计用于蛋白质组学研究中的高速和高覆盖率肽段鉴定。 MSFragger 是一款用于基于质谱的蛋白质组学肽段鉴定的超快速数据库搜索工具，在各种数据集和应用中表现出色。适用于标准shotgun蛋白质组学分析及大型数据集（如timsTOF PASEF 数据），支持无酶限制搜寻、开放性数据库搜寻以及修饰肽鉴定，其Glyco模式能够识别N链与O链糖肽。MSFragger 使用跨平台的 Java 编程语言编写，并可通过三种方式使用：图形用户界面（GUI）、独立Java可执行文件(JAR)或命令行。该工具输出格式为表格和pepXML，便于与其他蛋白质组学分析管道集成。示例参数文件可在相关文档中找到。 MSFragger 支持多种仪器及文件格式，包括 mzML 和 mzXML 格式的数据输入。