
PIV技术,由PIV:Stramer实验室开发,是粒子图像测速(PIV)的MATLAB图片叠加代码。
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简介:
该粒子图像测速(PIV)软件包,其代码位于matlab图片叠加中,由Stramer实验室(位于英国伦敦国王学院)开发。该软件包包含详细的文档,请查阅相关信息。已在MATLAB v2018B版本上进行测试,并需要安装“曲线拟合工具箱”才能正常运行。请注意,此PIV代码不具备图形用户界面(GUI),因此需要在MATLAB环境中作为脚本文件(.m文件)进行执行,通过打开文件并点击“运行”按钮来启动。以下是使用方法。为了获得更全面的参考,请参阅相应的文档。首先,对生物样品的分段堆栈进行必要的图像预处理步骤:在ImageJ中分离出各个通道(例如,绿色通道对应肌动蛋白、品红色通道对应原子核),并将包含要进行PIV测量的实体(例如,绿色通道对应肌动蛋白)的通道保存为[cb#_m.tif]格式,其中cb代表单元体、#是一个递增的整数、m代表移动的实体(例如,洋红色通道对应核),将其保存为[n#_m.tif]格式。如果处理的是细胞,则需要将细胞体(例如,绿色通道对应肌动蛋白)单独分离出来并保存为[no_cb#_m.tif]格式(无细胞体)。此操作对于后续使用的[eroded_heatmap.m]脚本至关重要(如文档所述)。最后,将[cb#_m.tif]、[n#_m.tif]和[no_cb#_m.tif]这三个图像文件一同用于进一步分析。
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