Advertisement

PSF的MATLAB代码-HR-FLFM:用于体积多色活细胞成像的高分辨率傅里叶光场显微镜

  •  5星
  •     浏览量: 0
  •     大小:None
  •      文件类型:None


简介:
本项目提供了实现高分辨率傅里叶光场显微镜(HR-FLFM)的MATLAB代码,适用于体积多色活细胞成像研究。 PSF的Matlab代码用于高分辨率傅里叶光场显微镜的数据处理。该软件包包括数据预处理、图像背景减法、ACsN去噪算法以及HR-FLFM三维重建代码。使用前需要准备具有足够GPU内存的Nvidia GPU,安装Matlab 2020或更高版本,并确保多核CPU有足够的CPU内存。 对于PSF校正部分,该软件包提供了生成用于3D重建的混合FLFM PSF的方法。在运行程序之前,请准备好模拟和实验性的PSF数据并调整参数以适应您的显微镜系统。使用DataProc4HRFLFM.mlapp文件可以开始进行初步操作;同样地,在处理PSF校正时,可以通过PSFCorrManual.mlapp文件来启动工作流程。

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~
客服
客服
  • PSFMATLAB-HR-FLFM
    优质
    本项目提供了实现高分辨率傅里叶光场显微镜(HR-FLFM)的MATLAB代码,适用于体积多色活细胞成像研究。 PSF的Matlab代码用于高分辨率傅里叶光场显微镜的数据处理。该软件包包括数据预处理、图像背景减法、ACsN去噪算法以及HR-FLFM三维重建代码。使用前需要准备具有足够GPU内存的Nvidia GPU,安装Matlab 2020或更高版本,并确保多核CPU有足够的CPU内存。 对于PSF校正部分,该软件包提供了生成用于3D重建的混合FLFM PSF的方法。在运行程序之前,请准备好模拟和实验性的PSF数据并调整参数以适应您的显微镜系统。使用DataProc4HRFLFM.mlapp文件可以开始进行初步操作;同样地,在处理PSF校正时,可以通过PSFCorrManual.mlapp文件来启动工作流程。
  • MatlabPSF-MicroscPSF-Matlab:适效精确3D PSF计算
    优质
    MicroscPSF是一款用于荧光显微镜的Matlab工具箱,专门设计用于快速准确地计算三维点扩散函数(PSF),以支持高级成像分析。 PSF的Matlab代码用于荧光显微镜中的三维点扩展函数(3D PSF)计算,该方法基于Gibson-Lanni模型,并在《Journal of the Optical Society of America》A卷第34期第6页发表了一篇文章,具体页面为1029-1034。这一组代码旨在提供荧光显微镜中三维点扩展函数的快速近似计算方法。 该算法比现有的511x511x255尺寸工具快约498倍。PSFGenerator使用的是具有多线程功能的Java语言,而推荐的方法则完全采用纯Matlab编写,并未包含任何编译过程。如果在运行时没有指定显微镜参数,默认设置将会被加载。 具体用法如下: ```matlab params.size = [256 256 128]; tic; PSF = MicroscPSF(params); toc ``` 此外,还有一个图形用户界面版本提供更快的计算速度。最后一步插值操作通过mex文件实现,能够将时间成本降低约50%。 ```matlab cd Utilities mex transformation.cpp params.size=[256 256 128]; params.fastcom=1; tic; PSF = MicroscPSF(params); toc ``` 以上是该代码的主要特性和使用方法说明。
  • fpm_sc_FPM.rar__FPM_叠层图恢复__
    优质
    FPM_sc_FPM.rar 是一个包含傅里叶叠层显微镜技术相关资源的压缩文件,适用于傅里叶显微领域中的图像恢复研究。 在傅里叶叠层显微技术中,用于图像恢复的方法参考了西安光机所的文献。
  • 归档 5.zip_变换及模拟
    优质
    本资料集探讨了傅里叶光学原理,包括傅里叶透镜的应用和基于该理论的光波成像模拟技术。通过深入分析,为理解光线传播提供全新视角。 使用傅里叶变换卷积的方法可以计算图像通过透镜后在特定距离的光屏上形成的像。
  • PSFMatlab-Deconvolution3D:三维反卷
    优质
    本项目为Python Software Foundation (PSF) 提供的Matlab代码库,专注于实现针对显微图像处理的三维反卷积算法,以增强图像清晰度和细节。 PSF的MATLAB代码用于3D反卷积显微图像处理项目。 1. 该项目使用深度学习技术由Abhijeet Phatak完成EE367最终项目。 2. 数据集包含一个尺寸为1904x1900x88的图像,名为1.36797.tif。通过运行反卷积函数进行处理,并在20次迭代后估算出44个宽视野(WF)和结构化照明(SIM)PSF。 3. 增加更多的迭代次数可能带来更好的结果,但在此过程中,请使用edgetaper来避免振铃效应的产生。请仔细阅读提示部分以获取更多细节信息。 4. 首先运行getPSF.m文件,它将利用MATLAB盲反卷积算法生成PSF,并横向缩放堆栈以加快计算速度。 5. 此外,该代码还将不同堆栈存储为.mat格式的文件,以便可以通过不同的方法直接使用它们。请确保已执行了此步骤后运行runRL.m和runADMM.m脚本分别进行迭代法和交替方向乘子算法处理。 对于这两种方法的具体了解,请参考相关白皮书。 6. 矩阵以MATLAB v6二进制格式存储,方便快速导入Python环境。 确保已安装tensorflow-gpu才能运行神经网络部分的代码。
  • PSFMATLAB-LightField-Deconvolution:反卷
    优质
    本项目为PSF(点扩散函数)下的MATLAB实现代码,专注于光场反卷积技术,旨在改善图像分辨率和清晰度,适用于光学成像领域的研究与应用。 用于光场显微镜的相空间反卷积的Matlab代码 作者:陆志、吴佳敏、乔慧、游洲等人 版本:1.0 版权:2019年,陆志等 根据参考文献[1]编写了这段Matlab代码。该软件包实现了文中描述的相空间反卷积算法:“用于光场显微镜的相空间反卷积”。如果使用本代码生成学术出版物中的数据(如图像、处理时间表),请引用我们的论文。 在Microsoft Xeon处理器和32GB RAM配置下,于Windows 10 64位版本及MATLAB R2018b (64bit)中对软件包进行了测试。要在Matlab路径内运行代码,请包含“code”子目录,并执行“main.m”文件以尝试示例。 使用说明: a)下载所需数据。 本段落参考图3的光场数据(B16细胞成像),保存在Raw文件夹中,可用于测试。 b)点扩展函数的数据存放在名为 PSF 的文件夹内。
  • 相机中切片定理
    优质
    本文探讨了傅里叶切片成像原理在光场相机中的应用,分析其如何实现高分辨率三维成像,并讨论该技术的优势与局限性。 光场相机1.0的渲染过程基于傅里叶切片成像定理进行操作。该原理允许通过捕获光线的方向与位置来重建场景中每一个像素点的所有可能视角,进而生成深度信息丰富的图像。 在光场成像过程中,首先采集包含所有入射光线方向和强度的数据,并将其转换为数字形式存储下来。然后利用傅里叶切片理论对数据进行处理,通过算法模拟不同角度的视图效果,最终实现高质量渲染输出。这种方法可以有效提高视觉体验,在虚拟现实、增强现实等领域具有广泛应用前景。 总之,光场相机能够借助先进的成像技术获取更加全面和立体的信息,并且可以通过复杂的数学模型重建出逼真的三维场景图像。
  • NMFMATLAB-Blind_Unmixing_NMF_RI:混合谱流和图计数MATLAB...
    优质
    这段MATLAB代码实现了基于非负矩阵分解(NMF)的盲解混算法,专门针对高复杂度的多光谱流式数据及图像进行高效的光谱解析与细胞自动计数。 动机:多重免疫染色与多光谱细胞术的最新进展为同时可视化液体及固体样品中的众多生物标记提供了可能。然而,正确地分解荧光线发射是一项具有挑战性的任务,并通常需要通过对照样本中各个荧光染料的表征来进行。 随着用于分析的荧光染料数量增加,实验所需的时间和试剂成本也随之上升。因此,在此我们提出了一种完全无监督的方法来实现盲谱解混,以分离高度混合的数据集中的荧光线发射,并且无需依赖对照样本进行操作。 为达成这一目标,我们在现有的非负矩阵分解方法基础上进行了扩展并引入了几个关键改进:基于理论光谱图的初始化、自动选择“稀疏”数据以及使用多层优化器来重新初始化。我们的算法已通过合成数据进行了详尽测试,并在不同水平上验证其有效性。
  • Matlab去卷 - Fourier-Deconv
    优质
    Fourier-Deconv项目提供了基于MATLAB实现的图像卷积和傅里叶变换去卷积的源代码,适用于图像处理领域中需要提高分辨率或恢复原始图像信息的研究者。 该存储库包含arXiv上技术报告“如何有效地解决傅立叶域中的凸像优化和反卷积”的实施内容。作者为弗雷德里克·邓布根与Sabine Süsstrunk教授。 本存储库包括以下脚本: - `python/Convolution.ipynb` 和 `matlab/Convolution.m`:用于可视化空间及傅立叶域中卷积的脚本。 - `python/Optimization.ipynb` 和 `matlab/Optimization.m`:解决Fourier域内图像模糊化示例问题的脚本。 - 其他工具,如Python下的`tools.py`, `psf2otf.py` 及Matlab中的 `sh_computation.m`, `vec2mat.m` 等用于绘图和基础操作。 我们欢迎任何形式的贡献(使用不同编程语言实现、改进现有代码等)。如果您希望在代码中添加内容,请提交请求或直接联系我们。 致谢:感谢Zahra Sadeghipoor博士,Nikolaus Arvanitopoulos博士以及Radhakrish对本项目的帮助和支持。
  • 数阶数阶变换MATLAB程序
    优质
    本项目提供了一套基于分数阶微积分理论实现分数阶傅里叶变换的MATLAB源代码。它为信号处理和光学等领域提供了强大的分析工具,适用于科研与工程应用。 【达摩老生出品,必属精品】资源名:基于分数阶微积分的分数阶傅里叶变换源代码matlab程序 资源类型:matlab项目全套源码 源码说明:全部项目源码都是经过测试校正后百分百成功运行的。适合人群:新手及有一定经验的开发人员