
依赖图的精确子图匹配算法——Exact Subgraph Matching Algorithm: 开源
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简介:
简介:本项目提供了一种高效的精确子图匹配算法,用于在大规模图形数据中寻找特定模式。该开源工具包易于集成和扩展,适用于网络分析、生物信息学等领域的复杂查询任务。
子图匹配问题(即子图同构)属于NP完全问题范畴。为此类问题设计了一个精确的回溯方法算法——ESM算法,并特别针对依赖图进行了优化。在最坏的情况下,该算法的时间复杂度为O(n^2 * k^n),其中n代表顶点的数量,k则是顶点的最大度数。
我们通过三种生物医学关系和事件提取的应用实例验证了ESM的有效性:BioNLP 2011的事件识别任务、蛋白质-残基关联检测以及蛋白质间相互作用的确定。此外,该算法采用Java语言实现,并且在学术研究中使用时建议引用以下文献:
Liu Haibin, Vlado Keselj 和 Christian Blouin 的 Exploring Subgraph Matching Techniques for Biomedical Event Extraction from Literature (Computational Intelligence, 2013)。
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