
HistoQC:数字病理切片的开源质量控制工具
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简介:
HistoQC是一款开源软件,专为评估和优化数字病理学图像的质量而设计。它提供了一系列自动化分析功能,帮助研究人员及临床医生快速准确地识别高质量样本,从而提高诊断效率与准确性。
组织质量控制工具HistoQC是用于数字病理切片的开源质量控制解决方案。
**要求**
- 经过Python 3.6测试
需要以下其他python包:
- python-openslide
- matplotlib
- numpy
- scipy
- skimage
您可以使用类似的方法(注意Python 3+版本的要求)安装所需的Python库,例如:
```
pip3 install -r requirements.txt
```
库的版本已与当前验证过的版本关联。更高版本可能可以正常使用,但可能会导致跨站点版本不可重复性问题,在质量控制中这通常是一个缺点。
- Openslide二进制文件需要根据单独的操作系统说明进行安装
使用随附的基本Dockerfile(7行)可创建最基础的Docker镜像。
**基本用法**
在命令提示符下输入:
```
C:\Research\code\qc>python qc_pipeline.py --help
usage:
```
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