基于MATLAB的蛋白质功能预测关联规则代码-PFP

简介：
PFP是一款基于MATLAB开发的软件工具，用于通过挖掘生物信息学数据来预测蛋白质的功能。该工具利用关联规则分析技术，能够有效识别与特定蛋白功能相关的特征模式，并支持用户自定义参数以优化预测结果。 关联规则的MATLAB代码PFP用于蛋白质功能预测的MATLAB库。该软件包中的Matlab函数使用“pfp_”作为文件名前缀。 常用数据结构ONT代表本体结构，具有以下字段： - 必填字段： - term：术语结构列表（id, name）。 - rel_code：关系代码列表，例如{is_a, part_of}。 - DAG：关系矩阵。DAG(i,j)=k (k>0) 表示term(i)与rel_code(j)的第k个关系相关联。 - ont_type：本体类型，例如molecular_function。 - date：此结构的构建日期。 - 可选字段： - alt_list：替代术语ID列表。 另一个重要数据结构OA（本体注释）具有以下字段： - 必填字段： - object：对象（序列）列表。 - ontology：相关的本体结构。 - annotation：注解矩阵。annotation(i,j)=1表示对象(i)用term(j)进行注解。 - date：此结构的构建日期。 预测结果由PRED结构提供，具体细节请参阅相关文档。