Advertisement

RHF_Microbial：包含用于在RHF微生物序列上执行QIIME2脚本，以及用于QIIME2输出的R分析脚本的源代码。

  •  5星
  •     浏览量: 0
  •     大小:None
  •      文件类型：None

简介：
QIIME2分析的16S和ITS存储库提供了用于执行QIIME2步骤的BASH脚本，这些脚本涵盖了解复用、去噪、聚类、系统发育以及多样性分析的关键参数。此外，该存储库还包含聚类特征表的.tsv文件和Newick系统发育树。同时，EnvironmentalAnalyses部分包含了与RHF现场站点相关的环境数据，以CSV格式呈现，并附带一个R脚本（AspectAnalysis.R），该脚本能够将所有这些信息整合为简洁易懂的关联分析结果。

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~
客服
客服
客服关闭
  • RHF_Microbial：适用于RHF微生物序列的QIIME2运行脚本及QIIME2输出的R分析脚本-源码
    优质
    RHF_Microbial是一款专为右心室肥大（RHF）相关微生物群落设计的QIIME2插件，包含运行脚本和针对QIIME2输出结果的R语言数据分析工具。 QIIME2分析数据16S和ITS存储库包含用于运行QIIME2步骤的BASH脚本，包括解复用、去噪、聚类、系统发育和多样性分析的相关参数。此外还包括聚类特征表的.tsv文件以及Newick格式的系统发育树。EnvironmentalAnalyses目录包含了与RHF现场站点相关的环境数据csv文件，还有一个名为AspectAnalysis.R的R脚本，该脚本将所有这些信息整合为简单的关联关系。
     
  • P-MFC:基于QIIME2和R的16S排序管线与分析
    优质
    P-MFC是一款集成了QIIME2和R语言工具包的高效微生物群落数据分析平台，专注于简化16S rRNA基因测序数据的处理流程，提供多样性和系统发育分析功能。 P-MFC v0.1版本是Gene Drendel博士在应用和环境微生物学小组LTU项目中的生物信息脚本存储与版本控制的一部分。初始上传的脚本涵盖了HPC（高性能计算）及R数据的准备、处理和分析工作，具体如下： - **基本HPC设置命令**：包括Daniel Rice提供的原始脚本模板及其修改后的基础脚本。 - 数据导入：从原始测序数据开始使用QIIME2进行初步处理。 - 主要输出： - 分类表 - OTU/ASV（操作分类单元/扩增子序列变体）表格 - 系统发育树 R脚本方面，Base Script文件夹内有Jennifer Wood提供的原始模板及其修改版本。这些基础脚本用于处理从HPC输出导入的数据。 主要使用的分析软件包括： - 菲洛塞克（Phyloseq） - AmpVis2 - 皮克斯（Pixie）
     
  • 分享用于在多台远程主机上同时执行命令的Shell脚本代码
    优质
    这段Shell脚本允许用户在一个控制台上向多台远程服务器发送和执行命令，简化了管理多个服务器的过程。适合系统管理员及运维工程师使用。 本段落主要介绍了如何使用shell脚本同时在多台远程主机上执行命令，并提供了详细的代码示例。相信这对大家会有所帮助，有需要的朋友可以参考一下。
     
  • 通用版本的输出脚本.zip
    优质
    通用版本的输出脚本.zip包含了一系列可适用于多种编程环境和操作系统的标准输出功能脚本。这些资源帮助开发者简化程序中数据展示环节的编码工作。 Genesis各版本通用输出脚本的内容已经根据要求进行了调整，去除了所有联系信息及链接地址，保留了原有的核心内容与结构。如果有任何关于使用或理解该脚本的问题，请直接在相关讨论区提问或者咨询社区内的其他成员。
     
  • 可以用于生成TB的Perl脚本
    优质
    这段简介是关于一个能够帮助用户自动生成Twitter Bootstrap (TB) 文件的Perl语言编写脚本。它提供了一种便捷的方法来加速前端开发流程。 可以直接生成tb的perl脚本。
     
  • 执行程序的 app.sh 脚本
    优质
    app.sh 是一个用于自动化执行特定任务或程序的 Bash 脚本文件，通过编写一系列命令和逻辑控制结构来实现高效便捷的操作流程。 应用程序需要与启动程序名称对应，原理类似于设置环境变量 `export LD_LIBRARY_PATH` 来指定依赖库的目录。这样，程序会根据指定路径下的依赖库来运行。
     
  • 基于C++的类C语言脚本解析与执行（含源码）20090121
    优质
    该资源提供了一个基于C++实现的类C语言风格脚本解析和执行引擎的完整源代码，发布于2009年1月21日。适合需要嵌入式脚本功能的开发者研究与使用。 新版本修正了上一版本的某些错误，并减少了全局变量的使用量。此外，增加了对变量引用情况的判断功能，在格式化公式组时确定是否释放其中的变量，从而避免在删除内存中的公式时产生野指针的问题。 本组件主要用于解析预先编写的类C脚本并在程序中执行这些脚本。通过调用外部提供的函数读取输入变量并进行计算，最终将结果写入输出变量供用户获取。 脚本可以调用多种类型的函数：系统内置的和自定义的两种。其中，系统函数可以直接被使用；而自定义函数则需要在编写脚本时自行定义。
     
  • 循环执行的.cmd脚本WindowTitle: 循环执行的.bat脚本
    优质
    简介：此批处理文件（.bat）脚本设计用于周期性自动运行特定命令或程序。通过设置内部循环机制，可以实现定时任务、重复操作等自动化功能，提高工作效率。 点开一个可以让CMD窗口循环10000次的整人小程序，可以自定义名字，在同事或同学之间恶作剧使用。不过要注意，这可能会导致电脑死机，请记得保存好重要文件。
     
  • Python 3.85 使用 pyinstaller 在 Win7 x64 上执行脚本失败
    优质
    本文介绍了在Windows 7 (x64)操作系统下使用pyinstaller将Python 3.8.5脚本打包成可执行文件时遇到的问题及解决方法。 在使用Python 3.85版本的pyinstaller工具将应用程序打包后，在Windows 10 x64系统上运行正常，但在Windows 7 x64环境下则会出现错误提示“failed to execute script pyi_rth_ pyi_rth_xxx”。此问题的原因可能是由于不同操作系统之间的兼容性差异导致。为了解决这个问题，可以尝试更新pyinstaller到最新版本，并检查打包时所用的Python环境与目标系统上的Python环境是否完全一致。如果错误依旧存在，则需要进一步排查依赖库在Windows 7下的安装情况和配置设置。
     
  • MeshLabXML:利用Python编写及执行MeshLab XML脚本-源码
    优质
    MeshLabXML 是一个利用 Python 编写的工具，允许用户创建和运行 MeshLab 的 XML 脚本，从而实现对三维模型处理操作的自动化。包含了全部源代码。 MLX（或M ESH-b中的XML）是一个用于处理和编辑3D三角形网格的Python脚本接口，支持Python 2.7及更高版本。在后台，MLX生成XML筛选器脚本，并可以通过meshlabserver可执行文件无头模式下运行该脚本，或者直接在MeshLab GUI中执行它。此外，MLX还能解析某些MeshLab输出的结果，例如measure_geometry和measure_topology函数的输出。 MLX以.meshlabxml为扩展名命名（虽然这个名称已经在PyPI上被另一个不相关的机器学习库使用），因此正式注册的名字是MeshLabXML。安装MLX可以通过pip进行： ``` pip install meshlabxml ``` 注意，从PyPI发布的版本可能比git存储库中的稍旧一些；若需获取最新功能，请直接通过git克隆项目并安装。 此外，MLX也可以在其他Python环境中运行和使用。