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P-MFC:基于QIIME2和R的16S排序管线与分析

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简介：
P-MFC是一款集成了QIIME2和R语言工具包的高效微生物群落数据分析平台，专注于简化16S rRNA基因测序数据的处理流程，提供多样性和系统发育分析功能。 P-MFC v0.1版本是Gene Drendel博士在应用和环境微生物学小组LTU项目中的生物信息脚本存储与版本控制的一部分。初始上传的脚本涵盖了HPC（高性能计算）及R数据的准备、处理和分析工作，具体如下： - **基本HPC设置命令**：包括Daniel Rice提供的原始脚本模板及其修改后的基础脚本。 - 数据导入：从原始测序数据开始使用QIIME2进行初步处理。 - 主要输出： - 分类表 - OTU/ASV（操作分类单元/扩增子序列变体）表格 - 系统发育树 R脚本方面，Base Script文件夹内有Jennifer Wood提供的原始模板及其修改版本。这些基础脚本用于处理从HPC输出导入的数据。 主要使用的分析软件包括： - 菲洛塞克（Phyloseq） - AmpVis2 - 皮克斯（Pixie）

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  • P-MFC:基于QIIME2和R的16S排序管线与分析
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    P-MFC是一款集成了QIIME2和R语言工具包的高效微生物群落数据分析平台，专注于简化16S rRNA基因测序数据的处理流程，提供多样性和系统发育分析功能。 P-MFC v0.1版本是Gene Drendel博士在应用和环境微生物学小组LTU项目中的生物信息脚本存储与版本控制的一部分。初始上传的脚本涵盖了HPC（高性能计算）及R数据的准备、处理和分析工作，具体如下： - **基本HPC设置命令**：包括Daniel Rice提供的原始脚本模板及其修改后的基础脚本。 - 数据导入：从原始测序数据开始使用QIIME2进行初步处理。 - 主要输出： - 分类表 - OTU/ASV（操作分类单元/扩增子序列变体）表格 - 系统发育树 R脚本方面，Base Script文件夹内有Jennifer Wood提供的原始模板及其修改版本。这些基础脚本用于处理从HPC输出导入的数据。 主要使用的分析软件包括： - 菲洛塞克（Phyloseq） - AmpVis2 - 皮克斯（Pixie）
     
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  • 基于R语言的时间序列分析与应用
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    本书《基于R语言的时间序列分析与应用》深入浅出地介绍了时间序列分析的基本概念、理论方法以及在R语言中的实现技巧，旨在帮助读者掌握利用R进行复杂数据预测和模式识别的能力。 本书以易于理解的方式介绍了时间序列模型及其应用，内容涵盖趋势、平稳时间序列模型、非平稳时间序列模型、模型识别与参数估计、模型诊断、预测方法以及季节性模型和时间序列回归等主题。
     
  • 基于R的数据的时间序列分析
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