《Ambertool使用指南手册》旨在为初次接触Ambertool软件的用户提供详尽的操作指导与技术支持，涵盖基础设置、高级功能及常见问题解答等内容。
AmberTools是一套用于分子动力学模拟的软件包，它是Amber软件的重要组成部分之一。该工具集由一系列独立开发且与Amber兼容的程序构成。
1. NAB（Nucleic Acid Builder）：由Thomas J. Macke等人研发，主要用于构建和编辑核苷酸模型。
2. sqm：一个半经验量子化学计算程序，用于分子能量的计算。
3. LEaP（Ligand Evaluation and Protocol）：负责准备、编辑及分析小分子配体在Amber模拟中的应用。
4. antechamber：处理多种分子格式，并进行参数化和电荷分配的工作工具。
5. amberlite：作为编程接口，使用户能够直接通过Python调用Amber功能。
6. ptraj 和 cpptraj：用于解析、分析及可视化分子动力学轨迹的程序。cpptraj是ptraj的一个替代品。
7. CHAMBER：专门处理胆固醇参数化的工具。
8. MTK++：一个服务于药物设计与生物模拟中的分子建模软件包。
9. MMPBSA.py 和 cpptraj-pbsa：用于计算分子机械和泊松-玻尔兹曼表面积的程序。
10. MTPB++ 和 MCPB.py：为量子力学及分子动力学结合自由能提供解决方案的应用。
11. paramfit：优化Amber力场参数的工具。
大部分AmberTools组件依据GNU通用公共许可证(GNU General Public License)进行分发和修改；但也有少数部分遵循其他开源许可协议。软件包以“无保证”的原则发布，即不包含任何明示或暗示的担保条款。
该套件中的某些力场程序是基于R. Elber等人开发的MOIL模拟宏分子的类似工具改进而来。“trifix”用于随机对角化元配对的功能是从Jay Ponder设计并改编自Tinker包中代码。计算分子表面积的应用“molsurf”则是从Paul Ber所写的程序改写而成。
Amber是一个广受认可的进行小分子与蛋白质、核酸及其他生物大分子相互作用研究的重要工具，它由两部分组成：用于模拟动力学操作的核心组件和辅助准备及分析数据的AmberTools。研究人员可以利用这些工具建立模型，设置参数，并运行复杂的分子动力学模拟。
通过使用AmberTools手册提供的指导，用户能够掌握如何有效运用这套软件包进行生物化学研究。这不仅为他们提供了在原子层面上理解复杂生物系统行为的机会，还提供了一个灵活且强大的平台以满足个性化的科研需求。
5星
