AutoDock-GPU：针对GPU及其他加速器的AutoDock版本

简介：
AutoDock-GPU是一款专为GPU和其他加速硬件设计的高效分子对接软件。它基于著名的AutoDock程序开发，旨在通过利用现代计算平台的强大功能来显著提升药物设计和生物化学研究中的虚拟筛选效率。 AutoDock-GPU 是 AutoDock 4.2.6 的加速版本，适用于 GPU 和其他加速器，并利用 OpenCL 和 CUDA 技术进行优化。通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿态，它能够高效地执行其令人尴尬的可并行 LGA（局部几何逼近）。OpenCL 版本是与 TU-Darmstadt 合作开发的，支持 CPU、GPU 和 FPGA 架构；CUDA 版本则是 NVIDIA 的合作成果，在 Oak Ridge 国家实验室 (ORNL) 峰会上展示了性能优势。该版本包含了 Jubilee Development 公司 Aaron Scheinberg 开发的批量配体管线，并采用基于梯度的局部搜索方法（例如 ADADELTA）以及改进版 Solis-Wets 方法来加速 AutoDock 4 的运行效率。