Tax4Fun2：基于16S rRNA宏基因组数据的功能谱预测工具-开源

简介：
Tax4Fun2是一款开源软件工具，专门用于从16S rRNA宏基因组数据分析中预测微生物功能谱。它为研究者提供了便捷的途径来解析复杂的微生物群落功能特性。 Tax4Fun2 正在不断开发中，并将取代旧版 Tax4Fun。新版本基于 275 个古细菌基因组和 12,102 个细菌基因组（这些数据来自 RefSeq 数据库中的完整或染色体状态）。我没有包括 MAG 或非常不完整的基因组，但 Tax4Fun2 的一个重要特点是它能够合并用户提供的数据，支持原核生物和真核生物。此外，我们还添加了一个功能来计算（多）功能冗余指数。我提供了一个示例展示如何预测功能配置文件和评估功能冗余。 更多详情请参阅预印本：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037 使用 Tax4Fun2 之前，您需要先安装 NCBI BLAST+。对于某些特定的功能，则还需要安装 R 包 ape 和 seqinr。 如果您有任何问题或疑问，请随时联系我。