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Funannotate：真核基因组的注释工具管道

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简介：
Funannotate是一款专为真核生物基因组设计的全面基因预测和功能注释软件套件。它整合了多种算法与数据库资源，提供从头预测、RNA-seq辅助转录本构建及细致的功能描述等功能，助力研究人员深入解析复杂真核基因组信息。 funannotate 是一个用于基因组注释的管道工具，特别为真菌设计但也可适用于高级真核生物。有关安装、使用及更多信息，请参考快速启动Docker的相关指导。 您可以利用funannotate在Docker环境中运行该软件。需要注意的是，GeneMark组件并未包含在这个Docker镜像中（这是由于许可问题导致难以分发和使用）。此外，我还编写了一个bash脚本，这个脚本能自动检测并绑定正确的用户/卷以运行docker映像。 此Docker镜像是基于master分支的最新代码构建而成，因此它比标记版本更早。该镜像包含了所需的所有数据库；如果您希望在没有这些数据库的情况下进行注释工作，则可以使用名为nextgenusfs/funannotate-slim 的轻量级镜像。 综上所述，您可以通过以下方式来实现上述流程： # 下载/拉取相关资源

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  • Funannotate：真核基因组的注释工具管道
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    Funannotate是一款专为真核生物基因组设计的全面基因预测和功能注释软件套件。它整合了多种算法与数据库资源，提供从头预测、RNA-seq辅助转录本构建及细致的功能描述等功能，助力研究人员深入解析复杂真核基因组信息。 funannotate 是一个用于基因组注释的管道工具，特别为真菌设计但也可适用于高级真核生物。有关安装、使用及更多信息，请参考快速启动Docker的相关指导。 您可以利用funannotate在Docker环境中运行该软件。需要注意的是，GeneMark组件并未包含在这个Docker镜像中（这是由于许可问题导致难以分发和使用）。此外，我还编写了一个bash脚本，这个脚本能自动检测并绑定正确的用户/卷以运行docker映像。 此Docker镜像是基于master分支的最新代码构建而成，因此它比标记版本更早。该镜像包含了所需的所有数据库；如果您希望在没有这些数据库的情况下进行注释工作，则可以使用名为nextgenusfs/funannotate-slim 的轻量级镜像。 综上所述，您可以通过以下方式来实现上述流程： # 下载/拉取相关资源
     
  • Prokka：高效的原核基因组注释工具
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    Prokka是一款用于快速、高效地对原核生物基因组进行自动注释的软件工具。它能够迅速处理大规模数据集，并提供高质量的功能预测和分类信息，是生物信息学研究中的重要资源。 全基因组注释是指识别一组基因组DNA序列中的重要特征，并用有用的信息对其进行标记的过程。Prokka是一种软件工具，可以快速注释细菌、古细菌和病毒的基因组，并生成符合标准的输出文件。 安装Bioconda时，请使用以下命令： ``` conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka ``` 如果您使用的是Homebrew或Docker，则分别执行以下命令进行安装： 对于Homebrew，您可以运行： ``` brew install brewsci/bio/prokka ``` 对于Docker，请先拉取最新镜像： ``` docker pull staphb/prokka:latest ``` 然后创建并启动容器实例查看帮助信息： ``` docker run staphb/prokka:latest prokka -h ``` 使用Singularity时，可以构建Prokka的sif文件如下所示： ```shell singularity build prokka.sif docker://staphb/prokka:latest ```
     
  • VIGOR3：开源病毒基因组注释工具
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    简介：VIGOR3是一款先进的开源软件工具，专门用于自动化病毒基因组的功能注释和分析。它能够处理大量数据，提供准确、高效的基因预测及功能分类，助力病毒学研究的深入发展。 VIGOR 是一款用于识别病毒基因组编码基因的工具。它由 Jeff Hoover 和 Wang Shiliang 为 JCVI 传染病基因组测序中心（GSCID）开发。相关研究详情请参阅文献：http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-11-451.pdf
     
  • PM_DICOT基因组的MAKER2注释: 四个基因组的研究
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    本研究采用MAKER2工具对四个不同PM_DICOT植物基因组进行深入注释分析，旨在揭示这些物种独特的遗传信息与进化关系。 MAKER2_PM_genome_annotation 使用 MAKER2 对四个 DICOT PM 基因组参考进行注释的软件与数据： **软件先决条件：** - RepeatModeler（版本 1.0.4），包括所有依赖项，如 NCBI BLAST。 - RepeatMasker（版本 4.0.5）和 RepBase（使用的是2015年8月7日版）。 - MAKER 版本 2.31.9 或其他任何版本 2 发行版均可。 - Augustus 版本 3.3 - BUSCO 版本 3 - SNAP - BEDtools（版本为2.24.0） **原始数据/资源：** 1. 基因组支架文件： - > Genome.fa: 使用 CLCbio 从头组装的参考基因组。 - 脱氨修饰 = 是 - 脱氨限制 = 2 - 质量修剪 = 是 - 质量限
     
  • kSNP: 开源工具用于全基因组SNP发现与注释
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    kSNP是一款开源软件工具，专门设计用于从全基因组数据中识别和注释单核苷酸多态性（SNPs），助力遗传学研究。 kSNP 软件能够识别一组基因组序列中的全基因组单核苷酸多态性（SNP），并基于这些 SNP 估算系统发育树。该软件的 SNP 发现功能是通过 k-mer 分析实现的，不需要进行多重序列比对或选择参考基因组，因此可以处理多达一百多个微生物基因组的数据输入。每个 SNP 基因座由围绕中央 SNP 等位基因的一段长度为 k 的寡核苷酸定义。 kSNP 软件能够分析已装配的重叠群以及原始未装配读数中的完整（已完成）和不完整的基因组数据。它可以同时处理完成的和未完成的基因组，并且该软件可以自动下载 Genbank 文件，将这些文件的信息合并到 SNP 注释中。 Gardner 和 Hall 在 2013 年的研究指出，在全基因组比对不可行的情况下，kSNP v2 软件可用于无参考序列的 SNP 发现和处理数百种微生物基因组的数据。
     
  • Augustus: 基因组注释及AUGUSTUS应用程序
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    Augustus是一款强大的基因预测软件，用于真核生物的基因组注释。它能够准确地识别和定位基因，并提供用户友好的图形界面和命令行工具，方便研究人员进行深度分析。 AUGUSTUS是一种用于在一个或多个基因组中查找基因及其结构的程序。对于Windows用户来说，可以使用Linux的Windows子系统（WSL）完全按照针对Linux的说明来安装AUGUSTUS，并介绍了如何为该软件在WSL上进行设置。 目前支持的操作系统版本包括Ubuntu 18.04或更高版本。 此安装方法仅提供不具有比较基因预测功能的基本单基因组版。可以通过以下命令行安装： ``` sudo apt install augustus augustus-data augustus-doc ``` 若要获取最新的完整版本，可从GitHub克隆存储库： ``` git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git ``` 或者下载并解压缩AUGUSTUS源程序包： ``` tar -xzf augustus.current.tar.gz ```
     
  • SPAdes: 基因组组装工具
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    SPAdes是一款高效的基因组和转录组从头测序组装软件，尤其擅长处理微生物及复杂重复序列较多的基因组数据。 SPAdes 3.15.2手册 1.1 1.2 1.3 2.1 2.2 2.3 2.4 3.1 3.2 SPAdes命令行选项 3.3 组装IonTorrent读取 3.4 组装长的Illumina配对读取（例如：2x150和2x250） 3.5 HMM引导模式 3.6 SPAdes输出 3.7 质粒SPAdes输出 3.8 metaplasmidSPAdes和metaviralSPAdes输出 3.9 生物合成叶片输出 3.10 组装评估 4.1 在SPAdes软件包中发布的独立二进制文件 4.2 k聚体计数 4.3 k-mer覆盖度读取过滤器 4.4 k-mer基数估计 4.5 图的构造 4.5.1 长时间阅读以图对齐 4.5.2 hybridSPAdes对齐器和SPAligner 参考文献 反馈与错误报告 关于SPAdes
     
  • Linux内核详尽注释 Linux内核详尽注释 Linux内核详尽注释
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    《Linux内核详尽注释》一书深入剖析了Linux操作系统的核心组件与功能，为读者提供了全面而详细的代码解释和操作原理分析。 《Linux内核完全注释》是学习、掌握并运用Linux的必备书籍，在学院里人手一本。
     
  • 关于真核生物基因组基因分析与预测的代码
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    本项目致力于开发用于解析和预测真核生物基因组中基因特性的软件工具。通过先进的计算方法，为生物学研究提供强大支持。 通过研究真核生物基因组的基因分析和预测相关代码，可以加深对基因预测基本原理的理解（如密码子偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）。同时了解同源基因预测的意义，并熟悉现有的基因预测工具的应用（例如GenScan、GeneWise等）。
     
  • MEGAN宏基因组注释与可视化的入门指南
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    简介：本指南旨在为初学者提供关于如何进行宏基因组数据的注释和可视化操作的基本知识与实践技巧。通过学习，读者能够掌握使用Megan软件对大规模测序数据集进行全面分析的方法，从而更好地理解微生物群落结构及其功能潜力。 文章目录 MEGAN-宏基因组功能和物种分类 MEGAN功能简介 原理简要示意图 MEGAN特有文件格式：RMAM MEGAN下载 MEGAN使用 （Linux版本安装） MEGAN使用指南（Linux） 提取注释内容（物种和功能）: 提取物种注释数据: 提取功能: Win版安装和使用 MEGAN安装Win版使用指南 MEGAN主界面介绍 MEGAN输入介绍 MEGAN分析进阶 双样本比对 MEGAN界面可视化-两样本（.rma）比对 物种信息可视化 功能信息可视化 数据导出 MEGAN多个样本分析方案 猜你喜欢 写在后面