Advertisement

ATAC-pipe：用于ATAC-seq数据分析的管道

  •  5星
  •     浏览量: 0
  •     大小:None
  •      文件类型：None

简介：
ATAC-pipe是一款专为ATAC-seq数据设计的数据分析工具。它提供了一套全面且易于使用的流程，帮助研究人员高效地处理和解读表观遗传学信息。 关于ATAC-seq数据的分析管道，请参阅《Manual_for_ATAC-pipe.pdf》。

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~
客服
客服
客服关闭
  • ATAC-pipe：用于ATAC-seq数据分析的管道
    优质
    ATAC-pipe是一款专为ATAC-seq数据设计的数据分析工具。它提供了一套全面且易于使用的流程，帮助研究人员高效地处理和解读表观遗传学信息。 关于ATAC-seq数据的分析管道，请参阅《Manual_for_ATAC-pipe.pdf》。
     
  • ATAC-Seq数据分析管道
    优质
    ATAC-Seq数据分析管道是一种用于解析开放染色质区域的技术流程，通过分析基因组DNA的可接近性来研究转录调控机制。 ATAC-Seq分析管道由阿尔贝托·特曼尼尼开发。
     
  • Plate-scATAC-seq：一种快捷高效的板式单细胞ATAC测序技术
    优质
    Plate-scATAC-seq是一种创新性的单细胞染色质可及性分析技术，采用平板处理方式大幅提升了实验效率与通量，适用于大规模单细胞表观遗传学研究。 快速而强大的基于板的单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）方法：此处的存储库仅为了复制对原始数据的分析。 现在，我们有了蛇形制作管道的一个更新版本，专门用于处理数据。它具有更灵活的设置，并且输出模仿了10x Genomics格式，可以将其直接放入各种下游scATAC-seq数据分析包中。 这种方法的意义何在？引用荷兰计算机科学家的话来说：简单性是可靠性的前提。 用法（两个阶段：数据处理+数据分析）： 1. 数据处理（从fastq到数据质量信息和计数矩阵） 所有步骤均使用相应目录中的Snakefile执行。要开始工作流程，请下载ArrayExpress的fastq文件，并将它们放在mSp_scATAC-seq/rep{1..11}/fastq/ 和 other_cells_methods/*/fastq 目录下。
     
  • RNA-seq数据的分析实用技巧（2015）
    优质
    本课程介绍RNA-seq数据分析的基本方法和实用技巧，涵盖2015年最新的技术进展与应用实例。适合生物信息学初学者及研究人员参考学习。 RNA-seq数据分析实用方法涵盖了该领域的各个方面。
     
  • Pipe管道程序
    优质
    Pipe管道程序是一款高效的数据处理工具，它通过连接多个独立运行的进程来创建复杂数据流，简化编程任务，提高开发效率。适用于各类编程场景，是开发者必备的利器。 在VMware里安装FreeBSD和Junos，并添加串口，在此过程中使用Pipe管道软件建立串口与环回地址之间的连接。通过CRT工具或telnet（使用环回地址及端口号）登录设备的控制台界面。
     
  • Pipe Flow Expert V7.40 管道分析计算工具.rar
    优质
    Pipe Flow Expert V7.40是一款专业的管道系统分析和设计软件，适用于工程师进行流体动力学计算、泵选型及系统优化。该版本包含多项改进与增强功能，帮助用户高效完成复杂管道工程项目的评估与规划。 Pipe Flow Expert 是一款英文原版软件安装包，适用于进行各种管道分析计算，包括流体分析、管道水力分析、水锤效应评估以及管道压降计算等功能。
     
  • 单细胞RNA测序数据的分析（scRNA-Seq）
    优质
    简介：单细胞RNA测序(scRNA-Seq)技术能够解析复杂组织中每个细胞的基因表达情况，为生物学研究提供前所未有的详细信息。本专题探讨了如何有效处理和解读这些海量且复杂的单细胞转录组数据，以揭示细胞异质性和发育轨迹等关键问题。 为期2天的单细胞RNA-Seq分析课程将涵盖从scRNA-seq实验获取的数据计算分析方法。我们非常欢迎所有有助于改进本课程的贡献！如果您在过程中遇到任何疑问、疑虑或困难，维护人员会尽力提供帮助。 请熟悉我们的规定，并了解如何以正确的格式呈现本地课程内容以及编写新章节的方法。您可以查看当前列表来获得为该存储库做出贡献的想法。为了进行您的贡献，我们使用GitHub流，在相关章节中对此有详细解释。 本课程的当前维护者是 [此处应填写维护者的姓名或联系方式] ，如果您想引用此课程，请向他们咨询。 作者可以在“找到参与者列表”部分查看参与本课程的人士名单。
     
  • MATLAB中用于管道中心线拟合的代码-PIPE
    优质
    本段代码为在MATLAB环境中使用的PIPE工具，专门针对三维空间中的点云数据进行处理，通过优化算法精确提取出管道的中心线，适用于工业检测与自动化分析场景。 在Matlab环境中用于分析光电转换电影的软件包包括了一段拟合中心线的代码。这段代码是由Rotem Gura Sadovsky在麻省理工学院Jeremy England博士实验室开发，旨在为科学界提供帮助。 该软件名为光转换强度分布扩展（PIPE），能够测量活细胞中的蛋白质扩散情况。其工作原理是通过使用可光转换荧光蛋白产生的脉冲信号，在产生峰值荧光区域后分析随着扩散而变化的空间信号宽度。此信号的宽度直接反映了分子集合体在均方位移上的特性，进而可以计算出该集合体的扩散系数。 软件的主要执行文件包括： - PIPE.m：这是主程序，接收输入数据的形式为文件夹路径或由PIPE_read_2d_movie.m读取的Matlab矩阵。 - PIPE_read_2d_movie.m：这个脚本用于从原始的数据文件创建二维电影格式的数据矩阵。通常情况下用户无需直接运行此脚本。 分析的核心功能包括： - PIPE_calc_gaussian_widths.m：该函数使每个强度轮廓拟合高斯分布，并从中提取宽度信息。 -PIPE_calc_D_of_expanding_gaussians.m: 这个脚本进一步处理，计算扩散系数。
     
  • ncPRO-seq：基于 sRNA-seq 的非编码 RNA 分析——开源
    优质
    ncPRO-seq是一款基于sRNA-seq数据进行非编码RNA分析的开源工具，旨在简化和增强对复杂转录组中非编码RNA的研究。 ncPRO-seq 是一种用于从 smallRNA 测序数据中注释和分析 ncRNA 的工具。它旨在对来自 miRBase、piRBase、Rfam 和 repeatMasker 中注释的非编码区域以及用户定义的区域的小 RNA 进行查询和详细分析。ncPRO 管道还有一个模块，用于识别明显富含短读长的区域，这些区域不能归类为已知的 ncRNA 家族。
     
  • Pipe Viewer: 监视和控制管道中数据的进度 - 开源
    优质
    Pipe Viewer（pv）是一款开源工具，用于监视和控制Linux系统中命令管道的数据传输过程，显示实时进度、计数器等信息。 PV（“管道查看器”）是一种工具，用于监视通过管道的数据进度。它可以插入两个进程之间的常规管道中，以直观地显示数据传输的速度、所需时间、完成时间和剩余估计时间。