methylKit：DNA甲基化分析的R包工具

简介：
methylKit是一款用于高通量DNA甲基化数据分析的R语言软件包。它为研究人员提供了一套全面的功能，包括数据预处理、位点和区域水平上的甲基化模式识别以及差异甲基化区域检测等服务，助力深入理解表观遗传学机制。 methylKit是一个用于DNA甲基化分析及高通量亚硫酸氢盐测序数据注释的软件包。它可以处理不同类型的测序数据，并支持靶标捕获方法，如序列捕捉技术等。此外，该工具还能够解析5hmC（5-羟甲基胞嘧啶）在碱基对分辨率上的信息，适用于Tab-seq或oxBS-seq获得的数据。如果提供正确的输入格式，它同样可以处理全基因组亚硫酸氢盐测序数据。 methylKit的主要功能包括： 1. 覆盖率统计 2. 甲基化统计分析 3. 样本相关性和聚类差异甲基化分析 4. 功能注释和访问器/强制功能应用 5. 多种可视化选项，如区域和平铺窗口分析 该软件包还具备以下特性： - 支持从对齐文件中直接读取甲基化调用数据。 - 提供批量效果控制、多线程支持（以加快差异甲基化计算）等功能。 - 兼容GenomicRanges对象，可以从通用文本段落件中导入甲基化百分比数据。 用户可以通过订阅googlegroups页面来获取关于新版本和功能更新的最新信息。