
KEGGTools: 一套用于下载及处理KEGG数据库的工具
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简介:
KEGGTools是一套专为科研人员设计的软件工具包,它能够高效地从KEGG数据库中下载和处理数据,极大地简化了生物信息学研究中的数据分析流程。
KEGG工具是一组用于下载和处理KEGG数据库的工具。KEGG是研究生物蛋白质功能和代谢途径的重要资源,但其序列数据不能免费获取。开发KEGGTools旨在解决这一问题。
使用前需要安装Python 3.5及以上版本,并且要安装git。可以通过以下命令克隆代码库:
```
git clone https://github.com/FlyPythons/KEGGTools.git
```
或者下载压缩包:
```
wget https://github.com/FlyPythons/KEGGTools/archive/master.zip
unzip master.zip
```
示例:从KEGG数据库中下载信息。要获取特定生物的KEGG数据,可以使用如下命令:
```shell
python3 download_organism.py --url http://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html --out KEGG.org
```
这将帮助你从KEGG网站上下载所需的生物信息。
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