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使用matlab齿轮代码，执行FreeSurfer对皮质进行重建，包括全部或部分步骤。

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简介：
该构建上下文将生成一个预构建的镜像，该镜像可用于在内部或本地执行Freesurfer的recon-all（v6.0.1）。为了使用此镜像，您需要仔细阅读并同意相关的许可协议，并获得必要的许可证。在构建容器之前，请务必编辑manifest.json文件，其中包含详细的许可证信息。若未获取许可证，则代码的执行将无法成功完成。此镜像是由包含MatlabMCRv84的构建环境创建的。为了充分利用MCR提供的功能，您可以选择运行可选的海马子域和脑干结构处理模块（请参考相关文档）。生成的图像文件大小约为12GB，构建过程预计需要大约15分钟。配置选项用于定制算法的运行方式以及添加许可证信息，这些配置细节都已在manifest.json文件中明确定义，并详细描述了可用的选项及其默认值。如果您希望在本地环境中以特定配置运行此设备，您可以修改manifest.json文件中的相应default键，这些键将在本地运行期间生效——在通过Docker执行时则会应用这些修改后的设置。以下是本地运行示例：该Gear的设计目标是能够在内部环境中使用，但您也可以选择将其在本地环境中执行。要从该镜像中启动recon-all程序，您可以执行以下步骤：

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  • MATLAB齿轮代码-FreeSurfer recon-all: 执行皮质重建全过程或任意阶段
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    这段简介涉及两个不同的主题，一个是关于MATLAB中的齿轮设计与分析代码，另一个是神经影像处理软件FreeSurfer的recon-all命令。鉴于要求的是50字左右且标题中两者结合不明确，这里仅针对FreeSurfer部分提供说明： 简介：本资源介绍如何使用FreeSurfer工具包执行recon-all命令进行完整的皮质重建流程或特定阶段操作，适用于神经影像学研究。 在MATLAB环境中使用scitran/freesurfer-recon-all构建的上下文将创建一个映像，该映像可以在内部或本地执行Freesurfer的recon-all（v6.0.1）。您需要阅读并同意许可协议后才能继续。获得许可证之后，您可以编辑manifest.json文件以包含必要的许可证信息；否则代码无法正常运行。此图像是基于Matlab MCR v84构建而成，并且需要MCR来执行可选的海马子域和脑干结构处理功能（请参阅相关资料）。生成的映像大小约为12GB，构建时间大约为15分钟。 配置选项用于定义在运行算法时所需的设置以及添加许可证信息。这些选项及其默认值均已在manifest.json文件中详细列出。如果您希望使用特定参数进行本地执行，则可以在default键下修改相应内容；当使用Docker容器来执行时，也会应用同样的更改。 该Gear设计为内部环境运行，但也可以在外部环境中部署和操作。要从这个映像启动recon-all命令，请遵循以下步骤：（此处省略了具体的代码示例）。
     
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